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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33927 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Nse1/3/4 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | CELL CYCLE (細胞周期) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Smc5-Smc6 complex / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Platelet degranulation / chromatin looping / postreplication repair / regulation of telomere maintenance / protein sumoylation / double-strand break repair via homologous recombination / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity ...Smc5-Smc6 complex / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Platelet degranulation / chromatin looping / postreplication repair / regulation of telomere maintenance / protein sumoylation / double-strand break repair via homologous recombination / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / chromosome, telomeric region / DNA修復 / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.176 Å | |||||||||
データ登録者 | Qian L / Jun Z / Zhenguo C / Lanfeng W | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of Nse1/3/4 著者: Qian L / Jun Z / Zhenguo C / Lanfeng W | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33927.map.gz | 9.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-33927-v30.xml emd-33927.xml | 15.4 KB 15.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_33927.png | 79.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-33927.cif.gz | 5.7 KB | ||
その他 | emd_33927_half_map_1.map.gz emd_33927_half_map_2.map.gz | 7.9 MB 7.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33927 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33927 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7ymdMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33927.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 10.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.044 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33927_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33927_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM structure of Nse1/3/4
全体 | 名称: Cryo-EM structure of Nse1/3/4 |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-EM structure of Nse1/3/4
超分子 | 名称: Cryo-EM structure of Nse1/3/4 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c |
-分子 #1: Non-structural maintenance of chromosome element 4
分子 | 名称: Non-structural maintenance of chromosome element 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c |
分子量 | 理論値: 46.195945 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSSTVISRKR RNSTVTEPDS SGETRKQKKS RSDEKSSSSK DGDPQLEFKV LQGYRDLESE MHKGRAQVTR TGDIGVAMDN LNAVDSLFN KVIGIKNNGL FAHDARAMVS ISELAQISVR NLKFDDSRSM VNLENIVNSL KRYMLKEHFK LNNIAENRND L TLAADEQS ...文字列: MSSTVISRKR RNSTVTEPDS SGETRKQKKS RSDEKSSSSK DGDPQLEFKV LQGYRDLESE MHKGRAQVTR TGDIGVAMDN LNAVDSLFN KVIGIKNNGL FAHDARAMVS ISELAQISVR NLKFDDSRSM VNLENIVNSL KRYMLKEHFK LNNIAENRND L TLAADEQS AADQQEESDG DIDRTPDDNH TDKATSSFKA TSMRHSYLQQ FSHYNEFSQF NWFRIGALYN TISKNAPITD HL MGPLSIE KKPRVLTQRR RNNDQVGEKI TAEKITQHSL NSTQQETTPE QVKKCFKKLS KKLGPEGSIN LFKFIIDPNS FSR SIENLF YTSFLIKEGK LLMEHDEEGL PTIKIKQSIS HTDSRSKEIE RQRRRAAHQN HIIFQMDMPT WRKLIKKYNI TSPF LD UniProtKB: Non-structural maintenance of chromosome element 4 |
-分子 #2: Non-structural maintenance of chromosomes element 1
分子 | 名称: Non-structural maintenance of chromosomes element 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RING-type E3 ubiquitin transferase |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c |
分子量 | 理論値: 38.373387 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MEVHEEQVSA PVTGDATAKY LLQYILSARG ICHENALILA LMRLETDAST LNTEWSIQQW VDKLNDYINA INVKLNLLGY KIIRINHGI GRNAVTLKAK QNFESFEDNT AIRAHNNDYA VLQSIVLPES NRFFVYVNLA STEETKLATR FNQNEIEFMK W AIEQFMIS ...文字列: MEVHEEQVSA PVTGDATAKY LLQYILSARG ICHENALILA LMRLETDAST LNTEWSIQQW VDKLNDYINA INVKLNLLGY KIIRINHGI GRNAVTLKAK QNFESFEDNT AIRAHNNDYA VLQSIVLPES NRFFVYVNLA STEETKLATR FNQNEIEFMK W AIEQFMIS GETIVEGPAL ETSIIVKEVN RILVAATGDS NLAKWRKFST FTVGSTNLFQ FQELTATDIE DLLLRLCELK WF YRTQEGK FGIDLRCIAE LEEYLTSMYN LNTCQNCHKL AIQGVRCGNE SCREENEETG ENSLSQIWHV DCFKHYITHV SKN CDRCGS SLITEGVYVI UniProtKB: Non-structural maintenance of chromosomes element 1 |
-分子 #3: Non-structural maintenance of chromosome element 3
分子 | 名称: Non-structural maintenance of chromosome element 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c |
分子量 | 理論値: 34.005531 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSSIDNDSDV DLTEDLAVAK IVKENPVARK MVRYILSRGE SQNSIITRNK LQSVIHEAAR EENIAKPSFS KMFMDINAIL YNVYGFELQ GLPSKNNMNA GGNGSNSNTN KSMPEPLGHR AQKFILLNNV PHSKNFDDFK ILQSAHTYEE LIVTGEYIGD D IASGTSNT ...文字列: MSSIDNDSDV DLTEDLAVAK IVKENPVARK MVRYILSRGE SQNSIITRNK LQSVIHEAAR EENIAKPSFS KMFMDINAIL YNVYGFELQ GLPSKNNMNA GGNGSNSNTN KSMPEPLGHR AQKFILLNNV PHSKNFDDFK ILQSAHTYEE LIVTGEYIGD D IASGTSNT LESKLSTDRD LVYKGVLSVI LCIVFFSKNN ILHQELIKFL ETFGIPSDGS KIAILNITIE DLIKSLEKRE YI VRLEEKS DTDGEVISYR IGRRTQAELG LESLEKLVQE IMGLEKEQTK SLHDDIIKSI GDSYSI UniProtKB: Non-structural maintenance of chromosome element 3 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.176 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 610732 |