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- PDB-8hjf: Crystal structure of glycosyltransferase SgUGT94-289-3 in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hjf
タイトルCrystal structure of glycosyltransferase SgUGT94-289-3 in complex with M5, state 2
要素glycosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / mogroside / UGT / Siraitia grosvenorii
機能・相同性: / Chem-POG / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE
機能・相同性情報
生物種Siraitia grosvenorii (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Li, M. / Zhang, S. / Cui, S.
資金援助 中国, 英国, 4件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesXDB27020106 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)U20A2004 中国
Chinese Academy of Sciences#YSBR-015 中国
CAMS Innovation Fund for Medical Sciences (CIFMS)2021-I2M-1-071 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the catalytic selectivity of glycosyltransferase SgUGT94-289-3 towards mogrosides.
著者: Cui, S. / Zhang, S. / Wang, N. / Su, X. / Luo, Z. / Ma, X. / Li, M.
履歴
登録2022年11月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: glycosyltransferase
B: glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,72210
ポリマ－103,2462
非ポリマー4,4778
水11,385632
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area740 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area19050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.955, 76.814, 81.459
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.246, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 glycosyltransferase


分子量: 51622.820 Da / 分子数: 2 / 変異: G152A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Siraitia grosvenorii (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 640分子

#2: 化合物 ChemComp-M1K / (2S,3S,4S,5R,6R)-2-(hydroxymethyl)-6-[[(2R,3S,4S,5R,6R)-6-[[(3S,8S,9R,10R,11R,13R,14S,17R)-17-[(2S,5R)-5-[(2S,3R,4S,5S,6R)-3-[(2R,3R,4S,5S,6S)-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-6-[[(2R,3R,4S,5S,6S)-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxymethyl]-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-6-methyl-6-oxidanyl-heptan-2-yl]-4,4,9,13,14-pentamethyl-11-oxidanyl-2,3,7,8,10,11,12,15,16,17-decahydro-1H-cyclopenta[a]phenanthren-3-yl]oxy]-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]methoxy]oxane-3,4,5-triol


分子量: 1287.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C60H102O29 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-POG / (20S)-2,5,8,11,14,17-HEXAMETHYL-3,6,9,12,15,18-HEXAOXAHENICOSANE-1,20-DIOL / POLYPROPYLENE GLYCOL / HEPTAPROPYLENE GLYCOL


分子量: 424.569 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H44O8
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 632 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.13 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Tris-HCl, polyethylene glycol 3350, NaCl, Polypropylene glycol P400.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→19.66 Å / Num. obs: 64729 / % possible obs: 99.62 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 24.88 Å2 / CC1/2: 0.987 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 2→2.071 Å / Num. unique obs: 6412 / CC1/2: 0.46

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
Blu-Iceデータ収集
autoPROCdata processing
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6JTD

6jtd


解像度: 2→19.66 Å / SU ML: 0.2737 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.3166
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2403 3426 5.29 %
Rwork0.198 61302 -
obs0.1996 64705 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 27.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6813 0 278 632 7723
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00527301
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97249946
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.20021122
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00641213
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.47872575
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.030.39571390.32922505X-RAY DIFFRACTION99.66
2.03-2.060.29151410.30112533X-RAY DIFFRACTION99.48
2.06-2.090.31661240.28852550X-RAY DIFFRACTION99.55
2.09-2.130.33561510.29022519X-RAY DIFFRACTION99.93
2.13-2.160.29031240.2792557X-RAY DIFFRACTION99.55
2.16-2.20.29351540.26512554X-RAY DIFFRACTION99.71
2.2-2.240.3011170.2742544X-RAY DIFFRACTION99.59
2.24-2.290.32881460.25382533X-RAY DIFFRACTION99.63
2.29-2.340.2561440.23182558X-RAY DIFFRACTION99.78
2.34-2.390.26541400.22942554X-RAY DIFFRACTION99.85
2.39-2.450.26881350.21872528X-RAY DIFFRACTION99.78
2.45-2.520.26981310.2142571X-RAY DIFFRACTION99.74
2.52-2.590.26161310.20962554X-RAY DIFFRACTION99.81
2.59-2.680.24151280.20192599X-RAY DIFFRACTION99.85
2.68-2.770.2411440.21122528X-RAY DIFFRACTION99.74
2.77-2.880.26621350.20872555X-RAY DIFFRACTION99.93
2.88-3.010.24341410.19692563X-RAY DIFFRACTION99.96
3.01-3.170.22761470.19152545X-RAY DIFFRACTION99.96
3.17-3.370.23651860.18672539X-RAY DIFFRACTION99.93
3.37-3.630.19891700.17372555X-RAY DIFFRACTION100
3.63-3.990.21411290.15942579X-RAY DIFFRACTION99.96
3.99-4.560.18151750.13422554X-RAY DIFFRACTION99.89
4.56-5.730.1881590.14352575X-RAY DIFFRACTION100
5.73-19.660.2531350.15852650X-RAY DIFFRACTION99.46

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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