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- PDB-8hjl: Crystal structure of glycosyltransferase SgUGT94-289-3 in complex... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8hjl | |||||||||||||||
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Title | Crystal structure of glycosyltransferase SgUGT94-289-3 in complex with M3E | |||||||||||||||
![]() | Glycosyltransferase | |||||||||||||||
![]() | TRANSFERASE / mogroside / UGT / biosynthesis | |||||||||||||||
Function / homology | : / Chem-POG / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE![]() | |||||||||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Li, M. / Zhang, S. / Cui, S. | |||||||||||||||
Funding support | ![]() ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural insights into the catalytic selectivity of glycosyltransferase SgUGT94-289-3 towards mogrosides. Authors: Cui, S. / Zhang, S. / Wang, N. / Su, X. / Luo, Z. / Ma, X. / Li, M. | |||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 407.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 313.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8hjfC ![]() 8hjgC ![]() 8hjhC ![]() 8hjkC ![]() 8hjnC ![]() 8hjoC ![]() 8hjpC ![]() 8hjqC ![]() 8j66C ![]() 6jtdS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 51608.793 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 1262 molecules ![](data/chem/img/UDP.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/POG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/POG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-POG / ( #5: Chemical | ChemComp-M7F / ( Mass: 963.153 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Formula: C48H82O19 / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 48.51 % |
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Crystal grow | Temperature: 289.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: Tris-HCl, polyethylene glycol 3350, NaCl, Polypropylene glycol P400. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Dec 20, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.72→50 Å / Num. obs: 101044 / % possible obs: 90.88 % / Redundancy: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 13.19 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 25.55 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.071 Å / Num. unique obs: 5425 / CC1/2: 0.998 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6JTD Resolution: 1.72→24.63 Å / SU ML: 0.2147 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.5654 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 20.05 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.72→24.63 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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