[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-8hjk: Crystal structure of glycosyltransferase SgUGT94-289-3 in complex... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8hjk | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of glycosyltransferase SgUGT94-289-3 in complex with SIA, state 1 | |||||||||||||||
![]() | glycosyltranseferease | |||||||||||||||
![]() | TRANSFERASE / mogroside / UGT / Siraitia grosvenorii | |||||||||||||||
Function / homology | : / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE![]() | |||||||||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Li, M. / Zhang, S. / Cui, S. | |||||||||||||||
Funding support | ![]() ![]()
| |||||||||||||||
![]() | ![]() Title: Structural insights into the catalytic selectivity of SgUGT94-289-3 towards mogrosides Authors: Cui, S. / Zhang, S. / Wang, N. / Luo, Z. / Su, X. / Ma, X. / Li, M. | |||||||||||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 219 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 163.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.4 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 1.4 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 23.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 33.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8hjgC ![]() 8hjhC ![]() 8hjlC ![]() 8hjnC ![]() 8hjoC ![]() 8hjpC ![]() 8hjqC ![]() 8j66C ![]() 6jtdS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 51566.711 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: Chemical | Mass: 1125.294 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Formula: C54H92O24 / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #3: Chemical | ChemComp-UDP / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.61 Å3/Da / Density % sol: 52.94 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 289.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: TacsimateTM, Polyethylene glycol 3,350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 24, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979183 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.833→18.61 Å / Num. obs: 47496 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 27.79 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 11.01 |
Reflection shell | Resolution: 1.833→1.899 Å / Num. unique obs: 4684 / CC1/2: 0.777 |
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6JTD Resolution: 1.833→18.61 Å / SU ML: 0.1631 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 20.7742 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 32.6 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.833→18.61 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
|