PDB-8hde: Brucella melitensis 7-alpha-Hydroxysteroid Dehydrogenase mutant: ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8hde

タイトル

Brucella melitensis 7-alpha-Hydroxysteroid Dehydrogenase mutant: 1-53 truncation/I258M

要素

7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SDR family / hydroxysteroid dehydrogenase

生物種

Brucella melitensis (マルタ熱菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Liu, Z.Y. / Zhang, R.Z.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of 7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase
著者: Liu, Z.Y. / Zhang, R.Z.

履歴

登録	2022年11月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年1月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8hde.cif.gz	102 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8hde.ent.gz	76.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8hde.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/8hde ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/8hde	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8hdiC 8hdnC 8hs4C 8hs5C 8hs6C 8hs9C 8hsaC 1fmcS 3gafS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase

B: 7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase

ヘテロ分子

51.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.260, 98.260, 92.456
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-505- HOH
2	1	A-576- HOH

#1: タンパク質	7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase 分子量: 25769.514 Da / 分子数: 2 / 断片: 1-53 truncation / 変異: I258M / 由来タイプ: 組換発現詳細: Sequence reference for Brucella melitensis is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from GenBank id QEX87556.1. 由来: (組換発現) Brucella melitensis (マルタ熱菌) 株: RM57 / 遺伝子: hdhA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: 7alpha-hydroxysteroid dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.8 % / 解説: orthorhombic
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 0.1M MIB buffer, 10% PEG3350 / PH範囲: 4.0-8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→23.6 Å / Num. obs: 27394 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.15 / R_pim(I) all: 0.05 / R_rim(I) all: 0.158 / Net I/σ(I): 13
反射シェル	解像度: 2.7→2.79 Å / Num. unique obs: 14529 / CC_1/2: 0.996

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
PDB_EXTRACT		データ抽出
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3GAF,1FMC

3gaf

1fmc

解像度: 2.7→23.6 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.27 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2673	2722	9.94 %	RANDOM
R_work	0.1753	-	-	-
obs	0.1842	27387	99.65 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→23.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3489	0	8	149	3646

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.968
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.663	503
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	550
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	634

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.75	0.3122	138	0.2649	1231	X-RAY DIFFRACTION	94
2.75-2.8	0.325	134	0.2544	1318	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-2.86	0.3496	144	0.229	1280	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-2.92	0.3434	148	0.2189	1298	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-2.99	0.3567	148	0.228	1327	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.06	0.3488	146	0.2383	1295	X-RAY DIFFRACTION	100
3.06-3.14	0.3433	148	0.2095	1284	X-RAY DIFFRACTION	100
3.14-3.23	0.2507	148	0.2118	1273	X-RAY DIFFRACTION	100
3.24-3.34	0.3018	140	0.2068	1319	X-RAY DIFFRACTION	100
3.34-3.46	0.31	150	0.175	1311	X-RAY DIFFRACTION	100
3.46-3.6	0.2746	141	0.1762	1287	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6-3.76	0.2729	144	0.1544	1311	X-RAY DIFFRACTION	100
3.76-3.96	0.2828	140	0.1603	1328	X-RAY DIFFRACTION	100
3.96-4.2	0.2284	142	0.142	1287	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2-4.53	0.1896	141	0.1292	1314	X-RAY DIFFRACTION	100
4.53-4.98	0.2272	146	0.1343	1297	X-RAY DIFFRACTION	100
4.98-5.69	0.2378	150	0.1484	1292	X-RAY DIFFRACTION	100
5.69-7.13	0.2189	138	0.1637	1308	X-RAY DIFFRACTION	100
7.14-23.6	0.1853	136	0.1416	1305	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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