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万見
- PDB-8h3u: Inhibitor-bound EP, polyA model -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8h3u
タイトルInhibitor-bound EP, polyA model
要素
  • Enteropeptidase catalytic light chain
  • Enteropeptidase non-catalytic heavy chain
キーワードMEMBRANE PROTEIN / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


enteropeptidase / brush border / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1A, enteropeptidase / Scavenger receptor cysteine-rich domain / Domain found in sea urchin sperm protein, enterokinase, agrin / MAM domain signature. / SEA domain superfamily / Domain in meprin, A5, receptor protein tyrosine phosphatase mu (and others) / SEA domain profile. / SEA domain / SEA domain / SRCR domain profile. ...Peptidase S1A, enteropeptidase / Scavenger receptor cysteine-rich domain / Domain found in sea urchin sperm protein, enterokinase, agrin / MAM domain signature. / SEA domain superfamily / Domain in meprin, A5, receptor protein tyrosine phosphatase mu (and others) / SEA domain profile. / SEA domain / SEA domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / SRCR domain / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者Ding, Z.Y. / Huang, H.J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structures reveal the activation and substrate recognition mechanism of human enteropeptidase.
著者: Xiaoli Yang / Zhanyu Ding / Lisi Peng / Qiuyue Song / Deyu Zhang / Fang Cui / Chuanchao Xia / Keliang Li / Hua Yin / Shiyu Li / Zhaoshen Li / Haojie Huang /
要旨: Enteropeptidase (EP) initiates intestinal digestion by proteolytically processing trypsinogen, generating catalytically active trypsin. EP dysfunction causes a series of pancreatic diseases including ...Enteropeptidase (EP) initiates intestinal digestion by proteolytically processing trypsinogen, generating catalytically active trypsin. EP dysfunction causes a series of pancreatic diseases including acute necrotizing pancreatitis. However, the molecular mechanisms of EP activation and substrate recognition remain elusive, due to the lack of structural information on the EP heavy chain. Here, we report cryo-EM structures of human EP in inactive, active, and substrate-bound states at resolutions from 2.7 to 4.9 Å. The EP heavy chain was observed to clamp the light chain with CUB2 domain for substrate recognition. The EP light chain N-terminus induced a rearrangement of surface-loops from inactive to active conformations, resulting in activated EP. The heavy chain then served as a hinge for light-chain conformational changes to recruit and subsequently cleave substrate. Our study provides structural insights into rearrangements of EP surface-loops and heavy chain dynamics in the EP catalytic cycle, advancing our understanding of EP-associated pancreatitis.
履歴
登録2022年10月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
改定 1.22025年7月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enteropeptidase non-catalytic heavy chain
B: Enteropeptidase catalytic light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,9312
ポリマ－92,9312
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: 抗体 Enteropeptidase non-catalytic heavy chain


分子量: 66652.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TMPRSS15, ENTK, PRSS7 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P98073
#2: タンパク質 Enteropeptidase catalytic light chain


分子量: 26277.760 Da / 分子数: 1 / Mutation: H825A,D876A,S971A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TMPRSS15, ENTK, PRSS7 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P98073
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: inhibitor-bound EP, polyA model / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 52 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 119676 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0016543
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.3758904
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.7592340
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04961
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031179

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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