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- PDB-8gll: R149E variant of Citrate Synthase (CitA) in Mycobacterium tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gll
タイトルR149E variant of Citrate Synthase (CitA) in Mycobacterium tuberculosis
要素citrate synthase
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / Citrate Synthesis / TCA cycle / R149E variant
機能・相同性
機能・相同性情報


citrate synthase (unknown stereospecificity) / citrate synthase activity / tricarboxylic acid cycle / carbohydrate metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Citrate synthase active site / Citrate synthase signature. / Citrate synthase-like, large alpha subdomain / Citrate synthase / Citrate synthase-like, small alpha subdomain / Citrate synthase superfamily / Citrate synthase, C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Putative citrate synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Pathirage, R. / Ronning, D. / Petit, C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)CA260749 米国
引用ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2023
タイトル: Mycobacterium tuberculosis CitA activity is modulated by cysteine oxidation and pyruvate binding.
著者: Pathirage, R. / Favrot, L. / Petit, C. / Yamsek, M. / Singh, S. / Mallareddy, J.R. / Rana, S. / Natarajan, A. / Ronning, D.R.
履歴
登録2023年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: citrate synthase
B: citrate synthase
C: citrate synthase
D: citrate synthase
E: citrate synthase
F: citrate synthase
G: citrate synthase
H: citrate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)335,196109
ポリマ－327,9328
非ポリマー7,263101
水10,467581
1
A: citrate synthase
B: citrate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,51123
ポリマ－81,9832
非ポリマー1,52821
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12370 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area28700 Å2
手法PISA
2
C: citrate synthase
D: citrate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,87642
ポリマ－81,9832
非ポリマー2,89340
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15610 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area28220 Å2
手法PISA
3
E: citrate synthase
F: citrate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,50123
ポリマ－81,9832
非ポリマー1,51721
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12220 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area27950 Å2
手法PISA
4
G: citrate synthase
H: citrate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,30821
ポリマ－81,9832
非ポリマー1,32519
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11410 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area28390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.933, 129.679, 270.153
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
citrate synthase


分子量: 40991.523 Da / 分子数: 8 / 変異: R149E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: citA, SAMEA2683035_02214 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A045JB88, citrate synthase (unknown stereospecificity)
#2: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 581 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.93 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M Lithium Sulfate, and 25 % PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 100077 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.6 % / CC1/2: 0.952 / CC star: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.249 / Rpim(I) all: 0.083 / Rrim(I) all: 0.264 / Χ2: 1.415 / Net I/σ(I): 4 / Num. measured all: 1056001
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.65-2.710.51.37249790.3310.7050.4661.4570.797100
2.7-2.7410.61.21849550.4880.810.4091.290.826100
2.74-2.810.61.11149700.4920.8120.3731.1770.83199.9
2.8-2.8510.50.99549900.5540.8450.3361.0550.853100
2.85-2.9210.60.91949290.5850.8590.3090.9740.884100
2.92-2.9810.60.81449550.6750.8980.2720.8630.91799.9
2.98-3.0610.60.66949930.7410.9230.2250.7090.96299.8
3.06-3.1410.50.59449830.7640.9310.1980.6291.00999.8
3.14-3.2310.60.51549420.8140.9470.1710.5451.02599.8
3.23-3.3410.60.4349890.8520.9590.1430.4551.08599.8
3.34-3.4610.60.34949790.9120.9770.1160.3691.16799.7
3.46-3.610.60.28549840.920.9790.0950.3011.25699.8
3.6-3.7610.60.24849830.9490.9870.0820.2621.35999.7
3.76-3.9610.60.20950060.9490.9870.0690.2211.68699.7
3.96-4.2110.60.18950110.9490.9870.0630.22.04299.4
4.21-4.5310.60.16450300.9720.9930.0540.1742.37799.5
4.53-4.9910.60.13650050.9820.9950.0450.1432.05399.2
4.99-5.7110.60.12250360.9860.9970.040.1291.54699.1
5.71-7.1910.50.10350960.9910.9980.0340.1091.6598.6
7.19-50100.07352620.9780.9940.0250.0783.94897.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158:000精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.65→47.53 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2443 1999 2 %
Rwork0.19 --
obs0.1911 99930 97.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→47.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22176 0 452 581 23209
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00223031
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.42731187
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.363358
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0373415
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044117
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.65-2.720.37521010.26784935X-RAY DIFFRACTION70
2.72-2.790.30681440.24737089X-RAY DIFFRACTION100
2.79-2.870.32891460.24567134X-RAY DIFFRACTION100
2.87-2.960.2981440.23977064X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.070.3371450.24647092X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.190.30871460.24967109X-RAY DIFFRACTION100
3.19-3.340.30911450.23047150X-RAY DIFFRACTION100
3.34-3.510.28341450.20727092X-RAY DIFFRACTION100
3.51-3.730.2791460.19327143X-RAY DIFFRACTION100
3.73-4.020.23511460.17067144X-RAY DIFFRACTION100
4.02-4.430.1951460.15567180X-RAY DIFFRACTION100
4.43-5.070.19021460.14717172X-RAY DIFFRACTION99
5.07-6.380.19561480.17297226X-RAY DIFFRACTION99
6.38-47.530.18341510.15737401X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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