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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8s9d | ||||||
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タイトル | C143S variant of Citrate Synthase (CitA) in Mycobacterium tuberculosis | ||||||
要素 | citrate synthaseクエン酸シンターゼ | ||||||
キーワード | CYTOSOLIC PROTEIN (細胞質基質) / Citrate Synthesis / TCA cycle / C143S variant | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.57 Å | ||||||
データ登録者 | Pathirage, R. / Ronning, D. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2023 タイトル: Mycobacterium tuberculosis CitA activity is modulated by cysteine oxidation and pyruvate binding. 著者: Pathirage, R. / Favrot, L. / Petit, C. / Yamsek, M. / Singh, S. / Mallareddy, J.R. / Rana, S. / Natarajan, A. / Ronning, D.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8s9d.cif.gz | 85.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8s9d.ent.gz | 63.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8s9d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s9/8s9d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s9/8s9d | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41003.539 Da / 分子数: 1 / 変異: C143S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: citA, SAMEA2683035_02214 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A045JB88, citrate synthase (unknown stereospecificity) | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | ChemComp-FLC / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 7.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 84.57 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Sodium Acetate pH 4.5, 3 M NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年8月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9786 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.57→50.85 Å / Num. obs: 42440 / % possible obs: 99.89 % / 冗長度: 15 % / CC1/2: 0.991 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1836 / Rpim(I) all: 0.04913 / Rrim(I) all: 0.1902 / Net I/σ(I): 9.63 |
反射 シェル | 解像度: 2.57→2.662 Å / 冗長度: 15.1 % / Rmerge(I) obs: 2.962 / Num. unique obs: 4186 / CC1/2: 0.63 / CC star: 0.879 / Rpim(I) all: 0.787 / Rrim(I) all: 3.065 / % possible all: 99.62 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.57→50.85 Å / SU ML: 0.56 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 36.52 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.57→50.85 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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