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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8giw | ||||||
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タイトル | C143K variant of Citrate Synthase (CitA) in Mycobacterium tuberculosis | ||||||
要素 | citrate synthase (unknown stereospecificity) | ||||||
キーワード | CYTOSOLIC PROTEIN (細胞質基質) / Citrate Synthesis / TCA cycle / C143K variant | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å | ||||||
データ登録者 | Pathirage, R. / Ronning, D. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2023 タイトル: Mycobacterium tuberculosis CitA activity is modulated by cysteine oxidation and pyruvate binding. 著者: Pathirage, R. / Favrot, L. / Petit, C. / Yamsek, M. / Singh, S. / Mallareddy, J.R. / Rana, S. / Natarajan, A. / Ronning, D.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8giw.cif.gz | 287.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8giw.ent.gz | 234.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8giw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/8giw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/8giw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 41045.641 Da / 分子数: 4 / 変異: C143K / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: citA, SAMEA2683035_02214 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A045JB88, citrate synthase (unknown stereospecificity) |
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-非ポリマー , 5種, 56分子
#2: 化合物 | ChemComp-FLC / #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-PEG / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.74 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Ammonium Sulfate, 20 % (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年7月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.15→57.76 Å / Num. obs: 57957 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 7.5 % / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1102 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.1184 / Net I/σ(I): 12.7 |
反射 シェル | 解像度: 3.15→3.263 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.3562 / Mean I/σ(I) obs: 1.21 / Num. unique obs: 43843 / CC1/2: 0.952 / CC star: 0.988 / Rpim(I) all: 0.138 / Rrim(I) all: 0.3822 / % possible all: 99.95 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.15→57.76 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 22.44 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.15→57.76 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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