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- PDB-8g26: Crystal Structure of Cathepsin-G and Neutrophil Elastase Inhibite... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8g26
タイトルCrystal Structure of Cathepsin-G and Neutrophil Elastase Inhibited by S. aureus EapH2 at pH 8.5
要素
  • Cathepsin-G
  • MAP domain-containing protein
  • Neutrophil elastase
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / Protease Inhibitor / Immune Evasion / Neutrophil / S. aureus / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cathepsin G / biofilm matrix disassembly / neutrophil-mediated killing of gram-positive bacterium / leukocyte elastase / biosynthetic process of antibacterial peptides active against Gram-negative bacteria / Expression of NOTCH2NL genes / acute inflammatory response to antigenic stimulus / neutrophil-mediated killing of fungus / negative regulation of chemotaxis / positive regulation of leukocyte tethering or rolling ...cathepsin G / biofilm matrix disassembly / neutrophil-mediated killing of gram-positive bacterium / leukocyte elastase / biosynthetic process of antibacterial peptides active against Gram-negative bacteria / Expression of NOTCH2NL genes / acute inflammatory response to antigenic stimulus / neutrophil-mediated killing of fungus / negative regulation of chemotaxis / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / purinergic nucleotide receptor signaling pathway / caspase binding / response to yeast / negative regulation of T cell activation / leukocyte migration involved in inflammatory response / negative regulation of interleukin-8 production / negative regulation of chemokine production / neutrophil activation / Suppression of apoptosis / Interleukin-1 processing / positive regulation of platelet aggregation / Antimicrobial peptides / pyroptotic inflammatory response / Activation of Matrix Metalloproteinases / cytokine binding / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / positive regulation of MAP kinase activity / monocyte chemotaxis / Collagen degradation / extracellular matrix disassembly / Pyroptosis / phagocytosis / defense response to fungus / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / response to UV / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / angiotensin maturation / phagocytic vesicle / Degradation of the extracellular matrix / transcription repressor complex / serine-type peptidase activity / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / secretory granule / protein maturation / Regulation of Complement cascade / positive regulation of interleukin-8 production / protein catabolic process / positive regulation of immune response / protein processing / platelet activation / negative regulation of inflammatory response / specific granule lumen / intracellular calcium ion homeostasis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / cytokine-mediated signaling pathway / cytoplasmic stress granule / azurophil granule lumen / antibacterial humoral response / transcription corepressor activity / peptidase activity / heparin binding / : / cellular response to lipopolysaccharide / protease binding / response to lipopolysaccharide / endopeptidase activity / defense response to Gram-negative bacterium / lysosome / protein phosphorylation / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / immune response / receptor ligand activity / serine-type endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / cell surface / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MAP domain / MAP domain / MAP repeat profile. / : / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. ...MAP domain / MAP domain / MAP repeat profile. / : / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
MAP domain-containing protein / Neutrophil elastase / Cathepsin G
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Mishra, N.B. / Geisbrecht, B.V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM140852 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Simultaneous inhibition of two neutrophil serine proteases by the S. aureus innate immune evasion protein EapH2.
著者: Mishra, N. / Herdendorf, T.J. / Prakash, O. / Geisbrecht, B.V.
履歴
登録2023年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _pdbx_initial_refinement_model.details
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cathepsin-G
B: Neutrophil elastase
C: MAP domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,4865
ポリマ－61,8403
非ポリマー6462
水3,945219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, Functional assay for enzyme inhibition
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4410 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area24120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.459, 68.923, 82.524
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.38, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Cathepsin-G


分子量: 25397.131 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal truncation (UNP residues 21-243) / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 組織: neutrophil / 参照: UniProt: P08311
#2: タンパク質 Neutrophil elastase / Bone marrow serine protease / Elastase-2 / Human leukocyte elastase / HLE / Medullasin / PMN elastase


分子量: 23318.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 組織: neutrophil / 参照: UniProt: P08246, leukocyte elastase
#3: タンパク質 MAP domain-containing protein


分子量: 13123.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: SAV0981 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3JUK5

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糖 , 2種, 2分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 1種, 219分子

#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris, 0.2 M magnesium chloride, 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 46050 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.984 / Rpim(I) all: 0.063 / Χ2: 0.092 / Net I/σ(I): 11.7 / Num. measured all: 293741
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible all
1.85-1.92389760.560.6570.89899.4
1.92-1.993.289100.7230.4421.07399.7
1.99-2.083.389580.8260.3260.97499.6
2.08-2.193.389270.9050.211.04299.4
2.19-2.333.389590.9350.1511.0699.1
2.33-2.513.287220.9580.1111.03697.2
2.51-2.763.386470.9750.0811.00496.2
2.76-3.163.689960.9820.0641.07199.9
3.16-3.993.589250.990.0471.16299.6
3.99-503.488200.9920.0381.09597.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.19.2精密化
SCALEPACKデータスケーリング
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 1AU8, 1HNE, & 1YN5

1au8

1hne

1yn5


解像度: 1.85→39.56 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2376 1918 4.38 %
Rwork0.2028 --
obs0.2043 43792 95.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→39.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4235 0 42 219 4496
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074353
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8885889
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2861636
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057663
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009773
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.90.35931130.31532550X-RAY DIFFRACTION81
1.9-1.950.33081330.29142774X-RAY DIFFRACTION90
1.95-2.010.31241350.26282880X-RAY DIFFRACTION92
2.01-2.070.27031390.24932926X-RAY DIFFRACTION93
2.07-2.150.26041300.23893003X-RAY DIFFRACTION95
2.15-2.230.29261490.23553008X-RAY DIFFRACTION96
2.23-2.340.26731250.21423043X-RAY DIFFRACTION97
2.34-2.460.26771500.20793037X-RAY DIFFRACTION97
2.46-2.610.24991250.22042932X-RAY DIFFRACTION94
2.61-2.820.28771410.21483108X-RAY DIFFRACTION99
2.82-3.10.26211470.20543174X-RAY DIFFRACTION100
3.1-3.550.20851370.1943145X-RAY DIFFRACTION100
3.55-4.470.19241470.16423141X-RAY DIFFRACTION99
4.47-39.560.20741470.18733153X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.2188-0.95672.79877.6238-3.30223.49740.2498-0.37190.20670.71050.14461.1422-0.4418-0.8136-0.54150.3105-0.01420.11850.1538-0.01810.3909-13.792929.117145.3668
21.9241-0.6855-0.42115.761-0.78481.53510.1323-0.08990.17610.3758-0.2134-0.1639-0.20660.2640.07650.2211-0.02430.00210.1188-0.00070.2045-1.266227.834345.3091
32.54181.4681-0.62444.70940.21213.5723-0.48930.4681-0.0329-0.55470.6241-0.2832-0.05330.1508-0.08280.7777-0.1163-0.01221.1137-0.24970.4679-6.43913.833-5.5541
40.3860.6074-0.58221.2739-1.15181.0651-0.04730.8364-0.2691-1.11930.5584-0.5364-0.26821.2422-0.39960.7921-0.24240.09651.6061-0.30320.5728-0.6489.7245-5.3858
51.02310.2772-0.22681.8096-0.00311.5198-0.15620.66190.027-0.81830.28640.0877-0.59240.3163-0.07940.9723-0.198-0.13931.08650.04910.4821-11.575214.2611-8.931
69.2006-0.77293.73879.92081.96648.1347-0.0859-0.7049-0.33680.66470.8975-1.020.9230.4212-0.70150.5690.0592-0.04510.9948-0.28480.5456-7.4307-2.38984.3797
75.09010.3605-0.19253.85820.35782.416-0.3220.6421-0.0911-0.29680.33730.57980.11010.04060.10330.4499-0.1068-0.02830.9538-0.15490.3887-24.62126.6923-0.8623
81.4501-1.97180.28063.010.07233.8926-0.61020.6753-0.1159-0.48060.34260.6513-0.4956-0.03680.23840.6032-0.1785-0.07350.8615-0.1310.468-19.85335.71420.9449
91.13630.3542-2.27643.113-2.09735.2290.10310.75820.5665-0.5927-0.117-0.3046-1.27140.80130.08581.2784-0.3287-0.24781.23170.34980.6052-16.760118.8788-10.3534
106.32181.0589-0.56557.14671.64186.2520.11150.7413-0.2453-0.4348-0.2275-0.39940.37620.21650.14460.35250.0945-0.0090.28640.02550.2221-0.781516.305226.4085
116.7357-2.62930.37921.3989-0.52183.22030.2857-0.62990.7628-0.10.2161-0.8783-0.4291.7574-0.67420.6229-0.11820.151.3432-0.39880.57130.75937.818112.3194
125.9215-0.3618-1.66934.47770.60352.4415-0.18020.7531-0.1511-0.0504-0.1569-0.26510.24830.60860.22940.2330.0486-0.01580.2761-0.01440.2481-9.990711.878124.324
133.17921.2663-4.76124.3314-2.53047.46060.06071.06080.4635-0.49550.04171.11010.1142-0.3001-0.06940.30060.0993-0.15750.43120.10710.2151-15.550418.493123.1249
144.22134.0357-3.00825.0654-3.11144.26960.18540.7625-0.0613-0.4304-0.5188-0.88480.10620.68790.31410.55270.2694-0.05711.0630.25410.3776-6.24122.532712.7743
153.5852.69420.75874.16022.8782.6025-0.19761.12690.1267-0.37520.10.0558-0.2542-0.03520.12550.38650.0517-0.0580.55950.03020.2204-9.79317.372917.044
163.1617-1.98441.73464.6025-4.02376.33440.13580.11930.58470.2436-0.2405-0.9665-0.31950.68410.16890.288-0.0430.01130.25510.03410.532314.820230.648241.9238
173.63210.0559-0.24462.85870.2991.99230.11080.0206-0.08370.1232-0.1364-0.41440.2060.27490.03280.21030.0283-0.01140.13130.05650.27865.759714.941741.4196
185.00891.1182-1.09183.44771.16943.1355-0.1985-0.5464-0.20030.4039-0.0548-1.03540.12030.82040.24870.3848-0.0002-0.15680.35570.15190.545313.742315.737550.9576
193.3492-2.85350.58396.40471.29370.9042-0.0349-0.6644-0.02360.95810.06260.11620.00730.021-0.01360.4529-0.1008-0.05360.22860.04170.32630.373732.858553.284
208.4692-3.0584.83117.0076-3.31433.18960.08721.13620.4059-1.2529-0.2887-0.93530.12660.29120.23030.38810.00310.12150.37630.08920.41739.741928.540129.9125
215.032-3.6166-1.80943.14411.89292.22110.0017-0.21530.25310.108-0.0266-0.1813-0.1608-0.010.03720.3267-0.05040.01420.12080.05540.327-2.852537.023944.3596
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 169 through 178 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 179 through 238 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 29 through 60 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 61 through 95 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 96 through 154 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 155 through 168 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 169 through 183 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 184 through 228 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 229 through 246 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 42 through 68 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 69 through 74 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 75 through 90 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 91 through 109 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 110 through 118 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 119 through 144 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 16 through 29 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 30 through 104 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'A' and (resid 105 through 124 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'A' and (resid 125 through 141 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'A' and (resid 142 through 154 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'A' and (resid 155 through 168 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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