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万見
- PDB-8fpj: Co-structure of the Human Metapneunomovirus RNA-dependent RNA pol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fpj
タイトルCo-structure of the Human Metapneunomovirus RNA-dependent RNA polymerase with MRK-1
要素
  • Phosphoprotein
  • RNA-directed RNA polymerase L
キーワードREPLICATION / RNA-BINDING PROTEIN / HMPV / RDRP / RNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE / PRNTASE / POLYRIBONUCLEOTIDYL TRANSFERASE / RNA CAPPING / VIRAL REPLICATION / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


NNS virus cap methyltransferase / GDP polyribonucleotidyltransferase / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / virion component / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase activity / GTPase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phosphoprotein, pneumoviral / Pneumovirus phosphoprotein / RNA-directed RNA polymerase L methyltransferase domain, rhabdovirus / Virus-capping methyltransferase, MT domain / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / Mononegavirales mRNA-capping domain V / RNA-directed RNA polymerase L, C-terminal / Mononegavirales RNA dependent RNA polymerase / Mononegavirales mRNA-capping region V ...Phosphoprotein, pneumoviral / Pneumovirus phosphoprotein / RNA-directed RNA polymerase L methyltransferase domain, rhabdovirus / Virus-capping methyltransferase, MT domain / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / Mononegavirales mRNA-capping domain V / RNA-directed RNA polymerase L, C-terminal / Mononegavirales RNA dependent RNA polymerase / Mononegavirales mRNA-capping region V / RdRp of negative ssRNA viruses with non-segmented genomes catalytic domain profile. / Mononegavirus L protein 2'-O-ribose methyltransferase domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-Y6L / RNA-directed RNA polymerase L / Phosphoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human metapneumovirus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Fischmann, T.O.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: Conserved allosteric inhibitory site on the respiratory syncytial virus and human metapneumovirus RNA-dependent RNA polymerases.
著者: Victoria A Kleiner / Thierry O Fischmann / John A Howe / Douglas C Beshore / Michael J Eddins / Yan Hou / Todd Mayhood / Daniel Klein / Debbie D Nahas / Bob J Lucas / He Xi / Edward Murray / ...著者: Victoria A Kleiner / Thierry O Fischmann / John A Howe / Douglas C Beshore / Michael J Eddins / Yan Hou / Todd Mayhood / Daniel Klein / Debbie D Nahas / Bob J Lucas / He Xi / Edward Murray / Daphne Y Ma / Krista Getty / Rachel Fearns /
要旨: Respiratory syncytial virus (RSV) and human metapneumovirus (HMPV) are related RNA viruses responsible for severe respiratory infections and resulting disease in infants, elderly, and ...Respiratory syncytial virus (RSV) and human metapneumovirus (HMPV) are related RNA viruses responsible for severe respiratory infections and resulting disease in infants, elderly, and immunocompromised adults. Therapeutic small molecule inhibitors that bind to the RSV polymerase and inhibit viral replication are being developed, but their binding sites and molecular mechanisms of action remain largely unknown. Here we report a conserved allosteric inhibitory site identified on the L polymerase proteins of RSV and HMPV that can be targeted by a dual-specificity, non-nucleoside inhibitor, termed MRK-1. Cryo-EM structures of the inhibitor in complexes with truncated RSV and full-length HMPV polymerase proteins provide a structural understanding of how MRK-1 is active against both viruses. Functional analyses indicate that MRK-1 inhibits conformational changes necessary for the polymerase to engage in RNA synthesis initiation and to transition into an elongation mode. Competition studies reveal that the MRK-1 binding pocket is distinct from that of a capping inhibitor with an overlapping resistance profile, suggesting that the polymerase conformation bound by MRK-1 may be distinct from that involved in mRNA capping. These findings should facilitate optimization of dual RSV and HMPV replication inhibitors and provide insights into the molecular mechanisms underlying their polymerase activities.
履歴
登録2023年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年6月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年6月14日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年6月14日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年6月14日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02023年6月14日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年6月14日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02023年6月14日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年6月14日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年6月14日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年6月14日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.32025年5月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年5月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-directed RNA polymerase L
B: Phosphoprotein
C: Phosphoprotein
D: Phosphoprotein
E: Phosphoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)374,9626
ポリマ－374,4835
非ポリマー4791
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase L / Protein L / Large structural protein / Replicase / Transcriptase


分子量: 235226.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human metapneumovirus (ウイルス) / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q6WB93, RNA-directed RNA polymerase, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用, GDP polyribonucleotidyltransferase, NNS virus cap methyltransferase
#2: タンパク質
Phosphoprotein / Protein P


分子量: 34814.141 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human metapneumovirus (ウイルス) / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8B9Q8
#3: 化合物 ChemComp-Y6L / 4-(2-aminopropan-2-yl)-N'-[4-(cyclopropyloxy)-3-methoxybenzoyl]-6-(4-fluorophenyl)pyridine-2-carbohydrazide


分子量: 478.515 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H27FN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: HUMAN METAPNEUMOVIRUS POLYMERASE (L) PROTEIN BOUND BY THE TETRAMERIC PHOSPHOPROTEIN (P) AND COMPLEXED WITH MRK-1
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #2 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Human metapneumovirus CAN97-83 (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 0.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 45 e/Å2 / 検出モード: COUNTING / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 524654 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
精密化最高解像度: 2.74 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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