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万見
- EMDB-29365: Co-structure of the Respiratory Syncytial Virus RNA-dependent RNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29365
タイトルCo-structure of the Respiratory Syncytial Virus RNA-dependent RNA polymerase with MRK-1
マップデータsharpened map used for model building and real space refinement
試料
  • 複合体: RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS POLYMERASE (L) PROTEIN BOUND BY THE TETRAMERIC PHOSPHOPROTEIN (P) AND COMPLEXED WITH MRK-1
    • タンパク質・ペプチド: Phosphoprotein
  • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
  • リガンド: 4-(2-aminopropan-2-yl)-N'-[4-(cyclopropyloxy)-3-methoxybenzoyl]-6-(4-fluorophenyl)pyridine-2-carbohydrazide
キーワードRNA-BINDING PROTEIN / RSV / RDRP / RNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE / PRNTASE / POLYRIBONUCLEOTIDYL TRANSFERASE / RNA CAPPING / VIRAL REPLICATION / VIRAL PROTEIN / REPLICATION
機能・相同性
機能・相同性情報


NNS virus cap methyltransferase / Respiratory syncytial virus genome transcription / GDP polyribonucleotidyltransferase / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / negative stranded viral RNA replication / Respiratory syncytial virus genome replication / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry ...NNS virus cap methyltransferase / Respiratory syncytial virus genome transcription / GDP polyribonucleotidyltransferase / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / negative stranded viral RNA replication / Respiratory syncytial virus genome replication / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / viral life cycle / virion component / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase activity / GTPase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phosphoprotein, pneumoviral / Pneumovirus phosphoprotein / RNA-directed RNA polymerase L methyltransferase domain, rhabdovirus / Virus-capping methyltransferase, MT domain / RNA-directed RNA polymerase, paramyxovirus / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / Mononegavirales mRNA-capping domain V / RNA-directed RNA polymerase L, C-terminal / Mononegavirales RNA dependent RNA polymerase ...Phosphoprotein, pneumoviral / Pneumovirus phosphoprotein / RNA-directed RNA polymerase L methyltransferase domain, rhabdovirus / Virus-capping methyltransferase, MT domain / RNA-directed RNA polymerase, paramyxovirus / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / Mononegavirales mRNA-capping domain V / RNA-directed RNA polymerase L, C-terminal / Mononegavirales RNA dependent RNA polymerase / Mononegavirales mRNA-capping region V / RdRp of negative ssRNA viruses with non-segmented genomes catalytic domain profile. / Mononegavirus L protein 2'-O-ribose methyltransferase domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphoprotein / RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Human orthopneumovirus (ウイルス) / Human respiratory syncytial virus A2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Fischmann TO
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Other private 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: Conserved allosteric inhibitory site on the respiratory syncytial virus and human metapneumovirus RNA-dependent RNA polymerases.
著者: Victoria A Kleiner / Thierry O Fischmann / John A Howe / Douglas C Beshore / Michael J Eddins / Yan Hou / Todd Mayhood / Daniel Klein / Debbie D Nahas / Bob J Lucas / He Xi / Edward Murray / ...著者: Victoria A Kleiner / Thierry O Fischmann / John A Howe / Douglas C Beshore / Michael J Eddins / Yan Hou / Todd Mayhood / Daniel Klein / Debbie D Nahas / Bob J Lucas / He Xi / Edward Murray / Daphne Y Ma / Krista Getty / Rachel Fearns /
要旨: Respiratory syncytial virus (RSV) and human metapneumovirus (HMPV) are related RNA viruses responsible for severe respiratory infections and resulting disease in infants, elderly, and ...Respiratory syncytial virus (RSV) and human metapneumovirus (HMPV) are related RNA viruses responsible for severe respiratory infections and resulting disease in infants, elderly, and immunocompromised adults. Therapeutic small molecule inhibitors that bind to the RSV polymerase and inhibit viral replication are being developed, but their binding sites and molecular mechanisms of action remain largely unknown. Here we report a conserved allosteric inhibitory site identified on the L polymerase proteins of RSV and HMPV that can be targeted by a dual-specificity, non-nucleoside inhibitor, termed MRK-1. Cryo-EM structures of the inhibitor in complexes with truncated RSV and full-length HMPV polymerase proteins provide a structural understanding of how MRK-1 is active against both viruses. Functional analyses indicate that MRK-1 inhibits conformational changes necessary for the polymerase to engage in RNA synthesis initiation and to transition into an elongation mode. Competition studies reveal that the MRK-1 binding pocket is distinct from that of a capping inhibitor with an overlapping resistance profile, suggesting that the polymerase conformation bound by MRK-1 may be distinct from that involved in mRNA capping. These findings should facilitate optimization of dual RSV and HMPV replication inhibitors and provide insights into the molecular mechanisms underlying their polymerase activities.
履歴
登録2023年1月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月14日-
マップ公開2023年6月14日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29365.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29365.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map used for model building and real space refinement
投影像・断面図

画像のコントロール

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 200 pix.
= 212. Å		1.06 Å/pix.
x 200 pix.
= 212. Å		1.06 Å/pix.
x 200 pix.
= 212. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-3.718707 - 5.608296
平均 (標準偏差)0.0010533391 (±0.17637102)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 211.99998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map

ファイルemd_29365_half_map_1.map
注釈half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map

ファイルemd_29365_half_map_2.map
注釈half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS POLYMERASE (L) PROTEIN BOUND BY THE T...

全体名称: RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS POLYMERASE (L) PROTEIN BOUND BY THE TETRAMERIC PHOSPHOPROTEIN (P) AND COMPLEXED WITH MRK-1
要素
  • 複合体: RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS POLYMERASE (L) PROTEIN BOUND BY THE TETRAMERIC PHOSPHOPROTEIN (P) AND COMPLEXED WITH MRK-1
    • タンパク質・ペプチド: Phosphoprotein
  • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
  • リガンド: 4-(2-aminopropan-2-yl)-N'-[4-(cyclopropyloxy)-3-methoxybenzoyl]-6-(4-fluorophenyl)pyridine-2-carbohydrazide

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超分子 #1: RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS POLYMERASE (L) PROTEIN BOUND BY THE T...

超分子名称: RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS POLYMERASE (L) PROTEIN BOUND BY THE TETRAMERIC PHOSPHOPROTEIN (P) AND COMPLEXED WITH MRK-1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Human orthopneumovirus (ウイルス)

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分子 #1: RNA-directed RNA polymerase L

分子名称: RNA-directed RNA polymerase L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Human respiratory syncytial virus A2 (ウイルス)
分子量理論値: 173.267922 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGSDYKDHDG DYKDHDIDYK DDDDKGSGSL EVLFQGPMDP IINGNSANVY LTDSYLKGVI SFSECNALGS YIFNGPYLKN DYTNLISRQ NPLIEHMNLK KLNITQSLIS KYHKGEIKLE EPTYFQSLLM TYKSMTSSEQ IATTNLLKKI IRRAIEISDV K VYAILNKL ...文字列:
MGSDYKDHDG DYKDHDIDYK DDDDKGSGSL EVLFQGPMDP IINGNSANVY LTDSYLKGVI SFSECNALGS YIFNGPYLKN DYTNLISRQ NPLIEHMNLK KLNITQSLIS KYHKGEIKLE EPTYFQSLLM TYKSMTSSEQ IATTNLLKKI IRRAIEISDV K VYAILNKL GLKEKDKIKS NNGQDEDNSV ITTIIKDDIL SAVKDNQSHL KADKNHSTKQ KDTIKTTLLK KLMCSMQHPP SW LIHWFNL YTKLNNILTQ YRSNEVKNHG FTLIDNQTLS GFQFILNQYG CIVYHKELKR ITVTTYNQFL TWKDISLSRL NVC LITWIS NCLNTLNKSL GLRCGFNNVI LTQLFLYGDC ILKLFHNEGF YIIKEVEGFI MSLILNITEE DQFRKRFYNS MLNN ITDAA NKAQKNLLSR VCHTLLDKTV SDNIINGRWI ILLSKFLKLI KLAGDNNLNN LSELYFLFRI FGHPMVDERQ AMDAV KINC NETKFYLLSS LSMLRGAFIY RIIKGFVNNY NRWPTLRNAI VLPLRWLTYY KLNTYPSLLE LTERDLIVLS GLRFYR EFR LPKKVDLEMI INDKAISPPK NLIWTSFPRN YMPSHIQNYI EHEKLKFSES DKSRRVLEYY LRDNKFNECD LYNCVVN QS YLNNPNHVVS LTGKERELSV GRMFAMQPGM FRQVQILAEK MIAENILQFF PESLTRYGDL ELQKILELKA GISNKSNR Y NDNYNNYISK CSIITDLSKF NQAFRYETSC ICSDVLDELH GVQSLFSWLH LTIPHVTIIC TYRHAPPYIG DHIVDLNNV DEQSGLYRYH MGGIEGWCQK LWTIEAISLL DLISLKGKFS ITALINGDNQ SIDISKPIRL MEGQTHAQAD YLLALNSLKL LYKEYAGIG HKLKGTETYI SRDMQFMSKT IQHNGVYYPA SIKKVLRVGP WINTILDDFK VSLESIGSLT QELEYRGESL L CSLIFRNV WLYNQIALQL KNHALCNNKL YLDILKVLKH LKTFFNLDNI DTALTLYMNL PMLFGGGDPN LLYRSFYRRT PD FLTEAIV HSVFILSYYT NHDLKDKLQD LSDDRLNKFL TCIITFDKNP NAEFVTLMRD PQALGSERQA KITSEINRLA VTE VLSTAP NKIFSKSAQH YTTTEIDLND IMQNIEPTYP HGLRVVYESL PFYKAEKIVN LISGTKSITN ILEKTSAIDL TDID RATEM MRKNITLLIR ILPLDCNRDK REILSMENLS ITELSKYVRE RSWSLSNIVG VTSPSIMYTM DIKYTTSTIS SGIII EKYN VNSLTRGERG PTKPWVGSST QEKKTMPVYN RQVLTKKQRD QIDLLAKLDW VYASIDNKDE FMEELSIGTL GLTYEK AKK LFPQYLSVNY LHRLTVSSRP CEFPASIPAY RTTNYHFDTS PINRILTEKY GDEDIDIVFQ NCISFGLSLM SVVEQFT NV CPNRIILIPK LNEIHLMKPP IFTGDVDIHK LKQVIQKQHM FLPDKISLTQ YVELF

UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase L

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分子 #2: Phosphoprotein

分子名称: Phosphoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human respiratory syncytial virus A2 (ウイルス)
分子量理論値: 29.062895 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MEKFAPEFHG EDANNRATKF LESIKGKFTS PKDPKKKDSI ISVNSIDIEV TKESPITSNS TIINPTNETD DTAGNKPNYQ RKPLVSFKE DPTPSDNPFS KLYKETIETF DNNEEESSYS YEEINDQTND NITARLDRID EKLSEILGML HTLVVASAGP T SARDGIRD ...文字列:
MEKFAPEFHG EDANNRATKF LESIKGKFTS PKDPKKKDSI ISVNSIDIEV TKESPITSNS TIINPTNETD DTAGNKPNYQ RKPLVSFKE DPTPSDNPFS KLYKETIETF DNNEEESSYS YEEINDQTND NITARLDRID EKLSEILGML HTLVVASAGP T SARDGIRD AMIGLREEMI EKIRTEALMT NDRLEAMARL RNEESEKMAK DTSDEVSLNP TSEKLNNLLE GNDSDNDLSL ED FKGENKY FQGHHHHHH

UniProtKB: Phosphoprotein

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分子 #3: 4-(2-aminopropan-2-yl)-N'-[4-(cyclopropyloxy)-3-methoxybenzoyl]-6...

分子名称: 4-(2-aminopropan-2-yl)-N'-[4-(cyclopropyloxy)-3-methoxybenzoyl]-6-(4-fluorophenyl)pyridine-2-carbohydrazide
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: Y6L
分子量理論値: 478.515 Da
Chemical component information

ChemComp-Y6L:
4-(2-aminopropan-2-yl)-N'-[4-(cyclopropyloxy)-3-methoxybenzoyl]-6-(4-fluorophenyl)pyridine-2-carbohydrazide

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.6 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 34.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6pzk

最終 再構成使用したクラス数: 13 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 589457
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-8fpi:
Co-structure of the Respiratory Syncytial Virus RNA-dependent RNA polymerase with MRK-1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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