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- PDB-8eki: CryoEM structure of the Dsl1 complex bound to SNAREs Sec20 and Use1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8eki
タイトルCryoEM structure of the Dsl1 complex bound to SNAREs Sec20 and Use1
要素
  • Protein transport protein DSL1
  • Protein transport protein SEC20
  • Protein transport protein SEC39
  • Protein transport protein TIP20
  • Protein transport protein USE1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Tether / SNARE / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Golgi to ER transport vesicle membrane / vesicle fusion with endoplasmic reticulum / ER-dependent peroxisome organization / Dsl1/NZR complex / RZZ complex / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / SNAP receptor activity / SNARE complex / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum ...Golgi to ER transport vesicle membrane / vesicle fusion with endoplasmic reticulum / ER-dependent peroxisome organization / Dsl1/NZR complex / RZZ complex / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / SNAP receptor activity / SNARE complex / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / vesicle-mediated transport / autophagy / nuclear envelope / protein transport / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sec20 / Vesicle transport protein, Use1 / Sec20 / Membrane fusion protein Use1 / Sec39 domain / Secretory pathway protein Sec39 / RINT-1/Tip20 / Protein transport protein Tip20, domain E / Protein transport protein Tip20, domain A / Protein transport protein Tip20, domain B ...Sec20 / Vesicle transport protein, Use1 / Sec20 / Membrane fusion protein Use1 / Sec39 domain / Secretory pathway protein Sec39 / RINT-1/Tip20 / Protein transport protein Tip20, domain E / Protein transport protein Tip20, domain A / Protein transport protein Tip20, domain B / Protein transport protein Tip20, domain C / RINT-1/TIP-1 family / RINT1/TIP20 domain profile. / Retrograde transport protein Dsl1 N-terminal domain / Retrograde transport protein Dsl1, C-terminal domain / Dsl1, N-terminal domain superfamily / Retrograde transport protein Dsl1 N terminal / Retrograde transport protein Dsl1 C terminal / EXOC6/PINT-1/Sec15/Tip20, C-terminal, domain 2 / Zw10/DSL1, C-terminal / Endoplasmic reticulum targeting sequence.
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein transport protein SEC20 / Protein transport protein TIP20 / Protein transport protein USE1 / Protein transport protein DSL1 / Protein transport protein SEC39
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者DAmico, K.A. / Jeffrey, P.D. / Hughson, F.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM071574 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM007388 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structure of a membrane tethering complex incorporating multiple SNAREs.
著者: Kevin A DAmico / Abigail E Stanton / Jaden D Shirkey / Sophie M Travis / Philip D Jeffrey / Frederick M Hughson /
要旨: Most membrane fusion reactions in eukaryotic cells are mediated by multisubunit tethering complexes (MTCs) and SNARE proteins. MTCs are much larger than SNAREs and are thought to mediate the initial ...Most membrane fusion reactions in eukaryotic cells are mediated by multisubunit tethering complexes (MTCs) and SNARE proteins. MTCs are much larger than SNAREs and are thought to mediate the initial attachment of two membranes. Complementary SNAREs then form membrane-bridging complexes whose assembly draws the membranes together for fusion. Here we present a cryo-electron microscopy structure of the simplest known MTC, the 255-kDa Dsl1 complex of Saccharomyces cerevisiae, bound to the two SNAREs that anchor it to the endoplasmic reticulum. N-terminal domains of the SNAREs form an integral part of the structure, stabilizing a Dsl1 complex configuration with unexpected similarities to the 850-kDa exocyst MTC. The structure of the SNARE-anchored Dsl1 complex and its comparison with exocyst reveal what are likely to be common principles underlying MTC function. Our structure also implies that tethers and SNAREs can work together as a single integrated machine.
履歴
登録2022年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein transport protein SEC20
B: Protein transport protein USE1
C: Protein transport protein TIP20
D: Protein transport protein SEC39
E: Protein transport protein DSL1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)311,6815
ポリマ－311,6815
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Five proteins migrate as a single pentamer when co-expressed and purified over size-exclusion chromatography., 電子顕微鏡法, Particles of the five-protein complex assume ...根拠: gel filtration, Five proteins migrate as a single pentamer when co-expressed and purified over size-exclusion chromatography., 電子顕微鏡法, Particles of the five-protein complex assume a conformation that is not accessible in the absence of any given subunit.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Protein transport protein SEC20


分子量: 32244.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SEC20, YDR498C, D9719.4 / プラスミド: pQLink / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P28791
#2: タンパク質 Protein transport protein USE1 / SNARE-like tail-anchored protein 1 / Unconventional SNARE in the endoplasmic reticulum protein 1


分子量: 24254.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: USE1, SLT1, YGL098W / プラスミド: pQLink / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P53146
#3: タンパク質 Protein transport protein TIP20


分子量: 81253.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: TIP20, TIP1, YGL145W / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P33891
#4: タンパク質 Protein transport protein SEC39 / Dependent on SLY1-20 protein 3


分子量: 82483.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SEC39, DSL3, YLR440C / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12745
#5: タンパク質 Protein transport protein DSL1 / Dependent on SLY1-20 protein 1


分子量: 91445.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: DSL1, YNL258C, N0842 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P53847

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Dsl1 complex bound to SNARE proteins Sec20 and Use1COMPLEXall0RECOMBINANT
2Dsl1 ComplexCOMPLEX#3-#51RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.31234826 MDaNO
210.25541261 MDaNO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
11Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)559292ATCC 204508/S288c
22Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)559292ATCC 204508/S288c
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
11Escherichia coli (大腸菌)511693BL21
22Escherichia coli (大腸菌)511693BL21
緩衝液pH: 7.5
詳細: Buffer was made fresh from concentrated components and sterile filtered. NP40 was not present during protein purification but was an additive during the grid preparation.
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMSodium ChlorideNaCl1
220 mMHEPESC8H18N2O4S1
31 mMDTTC4H10O2S21
40.05 %NP40H(C2H4O)nO(C6H4)C9H191
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Sample was consistently in the thickest regions of ice only, often close to the edges of the carbon hole
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K / 詳細: Force=0 Wait Time=0 Blot Time=6s Drain Time=0

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1250 nm
撮影電子線照射量: 45 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5857

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17_3644: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.1.1粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARC4.1.1CTF補正
9PHENIXモデル精密化
10cryoSPARC4.1.1初期オイラー角割当
11cryoSPARC4.1.1最終オイラー角割当
12cryoSPARC4.1.1分類
13Coot0.8.9.1３次元再構成
CTF補正詳細: correction was performed using the Patch CTF Estimation tool in CryoSPARC
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 469193
詳細: Particles were template-picked utilizing a low-resolution density map of the complex, generated from an initial subset of the data.
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 49947 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00519148
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.69325820
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.4022453
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0432917
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0043290

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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