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万見
- EMDB-28768: Sec39:Use1:Sec20:Tip20 Local Refinement of the Dsl1:Qb:Qc Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28768
タイトルSec39:Use1:Sec20:Tip20 Local Refinement of the Dsl1:Qb:Qc Complex
マップデータSharpened map, Local Refinement #3, of the Dsl1:Qb:Qc complex
試料
  • 複合体: Dsl1 complex bound to SNARE proteins Sec20 and Use1
    • 複合体: Dsl1 Complex
キーワードTether / SNARE / Complex / TRANSPORT PROTEIN
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.5 Å
データ登録者DAmico KA / Jeffrey PD / Hughson FM
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM071574 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM007388 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structure of a membrane tethering complex incorporating multiple SNAREs.
著者: Kevin A DAmico / Abigail E Stanton / Jaden D Shirkey / Sophie M Travis / Philip D Jeffrey / Frederick M Hughson /
要旨: Most membrane fusion reactions in eukaryotic cells are mediated by multisubunit tethering complexes (MTCs) and SNARE proteins. MTCs are much larger than SNAREs and are thought to mediate the initial ...Most membrane fusion reactions in eukaryotic cells are mediated by multisubunit tethering complexes (MTCs) and SNARE proteins. MTCs are much larger than SNAREs and are thought to mediate the initial attachment of two membranes. Complementary SNAREs then form membrane-bridging complexes whose assembly draws the membranes together for fusion. Here we present a cryo-electron microscopy structure of the simplest known MTC, the 255-kDa Dsl1 complex of Saccharomyces cerevisiae, bound to the two SNAREs that anchor it to the endoplasmic reticulum. N-terminal domains of the SNAREs form an integral part of the structure, stabilizing a Dsl1 complex configuration with unexpected similarities to the 850-kDa exocyst MTC. The structure of the SNARE-anchored Dsl1 complex and its comparison with exocyst reveal what are likely to be common principles underlying MTC function. Our structure also implies that tethers and SNAREs can work together as a single integrated machine.
履歴
登録2022年11月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月8日-
マップ公開2023年11月8日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28768.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28768.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map, Local Refinement #3, of the Dsl1:Qb:Qc complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.11 Å/pix.
x 400 pix.
= 445.6 Å		1.11 Å/pix.
x 400 pix.
= 445.6 Å		1.11 Å/pix.
x 400 pix.
= 445.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.114 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.18
最小 - 最大-0.6738735 - 1.0751058
平均 (標準偏差)0.00023535299 (±0.018340178)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 445.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_28768_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened map, Local Refinement #3, of the Dsl1:Qb:Qc complex

ファイルemd_28768_additional_1.map
注釈Unsharpened map, Local Refinement #3, of the Dsl1:Qb:Qc complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B, Local Refinement #3, of the Dsl1:Qb:Qc complex

ファイルemd_28768_half_map_1.map
注釈Half map B, Local Refinement #3, of the Dsl1:Qb:Qc complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A, Local Refinement #3, of the Dsl1:Qb:Qc complex

ファイルemd_28768_half_map_2.map
注釈Half map A, Local Refinement #3, of the Dsl1:Qb:Qc complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Dsl1 complex bound to SNARE proteins Sec20 and Use1

全体名称: Dsl1 complex bound to SNARE proteins Sec20 and Use1
要素
  • 複合体: Dsl1 complex bound to SNARE proteins Sec20 and Use1
    • 複合体: Dsl1 Complex

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超分子 #1: Dsl1 complex bound to SNARE proteins Sec20 and Use1

超分子名称: Dsl1 complex bound to SNARE proteins Sec20 and Use1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508/S288c
分子量理論値: 255.41261 KDa

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超分子 #2: Dsl1 Complex

超分子名称: Dsl1 Complex / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508/S288c

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClSodium Chloride
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
1.0 mMC4H10O2S2DTT
0.05 %H(C2H4O)nO(C6H4)C9H19NP40

詳細: Buffer was made fresh from concentrated components and sterile filtered. NP40 was not present during protein purification but was an additive during the grid preparation.
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 10
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Force=0 Wait Time=0 Blot Time=6s Drain Time=0.
詳細Sample was consistently in the thickest regions of ice only, often close to the edges of the carbon hole

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5857 / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.25 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 469193
詳細: Particles were template-picked utilizing a low-resolution density map of the complex, generated from an initial subset of the data.
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.1)
詳細: correction was performed using the Patch CTF Estimation tool in CryoSPARC
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
詳細: EM density was built without a reference model, and was generated only from refining classes of selected particles
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Coot (ver. 0.8.9.1) / 使用した粒子像数: 49947
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.1)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 13070 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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