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- PDB-8ei2: Crystal structure of the N-terminal domain of CUL5 in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ei2
タイトルCrystal structure of the N-terminal domain of CUL5 in complex with H314, a Helicon Polypeptide
要素
  • Cullin-5
  • H314
キーワードLIGASE / E3 ligase / complex / stapled peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


ERBB2 signaling pathway / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / SCF ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / site of DNA damage / intrinsic apoptotic signaling pathway / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / calcium channel activity / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Evasion by RSV of host interferon responses ...ERBB2 signaling pathway / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / SCF ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / site of DNA damage / intrinsic apoptotic signaling pathway / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / calcium channel activity / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Evasion by RSV of host interferon responses / Downregulation of ERBB2 signaling / G1/S transition of mitotic cell cycle / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / protein-macromolecule adaptor activity / Neddylation / signaling receptor activity / protein ubiquitination / ubiquitin protein ligase binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cullin protein neddylation domain / Cullin, conserved site / Cullin family signature. / Cullin / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Cullin protein, neddylation domain / Cullin protein neddylation domain / Cullin / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain ...Cullin protein neddylation domain / Cullin, conserved site / Cullin family signature. / Cullin / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Cullin protein, neddylation domain / Cullin protein neddylation domain / Cullin / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family / Cullin family profile. / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
N,N'-(1,4-phenylene)diacetamide / Cullin-5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Li, K. / Tokareva, O.S. / Thomson, T.M. / Verdine, G.L. / McGee, J.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Recognition and reprogramming of E3 ubiquitin ligase surfaces by alpha-helical peptides.
著者: Tokareva, O.S. / Li, K. / Travaline, T.L. / Thomson, T.M. / Swiecicki, J.M. / Moussa, M. / Ramirez, J.D. / Litchman, S. / Verdine, G.L. / McGee, J.H.
履歴
登録2022年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cullin-5
C: H314
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0373
ポリマ－46,8452
非ポリマー1921
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1110 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area20040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)173.030, 173.030, 57.480
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number168
Space group name H-MP6
Space group name HallP6

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要素

#1: タンパク質 Cullin-5 / CUL-5 / Vasopressin-activated calcium-mobilizing receptor 1 / VACM-1


分子量: 44972.461 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CUL5, VACM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93034
#2: タンパク質・ペプチド H314


分子量: 1872.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-WHL / N,N'-(1,4-phenylene)diacetamide / N,N′-(1,4-フェニレン)ビスアセトアミド


分子量: 192.214 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N2O2
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.8 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% w/v PEG 8000, 0.1M MES Sodium Salt pH6.5, 0.2M Ammonium Sulfate, 4% v/v 1,3-Propanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.85
反射解像度: 2.8→47.88 Å / Num. obs: 24154 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: -4.64 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.322 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 13.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 3518 / CC1/2: 0.888 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WZK

2wzk


解像度: 2.8→47.88 Å / SU ML: 0.4852 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 33.6178
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3575 845 5.11 %
Rwork0.3389 15697 -
obs0.3398 16542 67.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→47.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3053 0 14 0 3067
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00893125
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.00874212
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0538462
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063540
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.34661174
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.980.507490.3976886X-RAY DIFFRACTION23.14
2.98-3.210.42421310.35911618X-RAY DIFFRACTION43.11
3.21-3.530.37521370.33892338X-RAY DIFFRACTION61.14
3.53-4.040.34642000.33363116X-RAY DIFFRACTION81.31
4.04-5.090.2971610.32443839X-RAY DIFFRACTION97.21
5.09-47.880.34641670.34133900X-RAY DIFFRACTION96.72

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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