PDB-8eaa: NKG2D complexed with inhibitor 4e

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8eaa

タイトル

NKG2D complexed with inhibitor 4e

要素

NKG2-D type II integral membrane protein

キーワード

IMMUNOSUPPRESSANT/INHIBITOR / NKG2D / Immune System / IMMUNOSUPPRESSANT / IMMUNOSUPPRESSANT-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of natural killer cell chemotaxis / MHC class Ib receptor activity / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell activation / negative regulation of GTPase activity / natural killer cell mediated cytotoxicity / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / MHC class I protein binding / T cell costimulation / nitric oxide biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.57 Å

データ登録者

Thompson, A.A. / Grant, J.C. / Karpowich, N.K. / Sharma, S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: Identification of small-molecule protein-protein interaction inhibitors for NKG2D.
著者: Thompson, A.A. / Harbut, M.B. / Kung, P.P. / Karpowich, N.K. / Branson, J.D. / Grant, J.C. / Hagan, D. / Pascual, H.A. / Bai, G. / Zavareh, R.B. / Coate, H.R. / Collins, B.C. / Cote, M. / ...

履歴

登録	2022年8月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年5月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年5月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8eaa.cif.gz	121.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8eaa.ent.gz	92.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8eaa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8eaa_validation.pdf.gz	954.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8eaa_full_validation.pdf.gz	955.9 KB	表示
XML形式データ	8eaa_validation.xml.gz	14.4 KB	表示
CIF形式データ	8eaa_validation.cif.gz	20 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/8eaa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/8eaa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ea5C 8ea6C 8ea7C 8ea8C 8ea9C 8eabC 1mpuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (6) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (6) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (6) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

B: NKG2-D type II integral membrane protein

A: NKG2-D type II integral membrane protein

ヘテロ分子

30.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.013, 43.338, 67.109
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.49, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-505- HOH

#1: タンパク質	NKG2-D type II integral membrane protein / Killer cell lectin-like receptor subfamily K member 1 / NK cell receptor D / NKG2-D-activating NK receptor 分子量: 14880.832 Da / 分子数: 2 / 変異: S117E,I173S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLRK1, D12S2489E, NKG2D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P26718
#2: 化合物	ChemComp-VMW / N-{(1S)-2-(dimethylamino)-1-[3-methyl-5-(trifluoromethyl)phenyl]-2-oxoethyl}-4-[4-(trifluoromethyl)phenyl]pyridine-3-carboxamide 分子量: 509.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂₅H₂₁F₆N₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.15 - 0.22 M NaNO3 20 - 31 % (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.57→64.35 Å / Num. obs: 37722 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 13.481 Å² / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 13.1 / Num. measured all: 117470

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.57-1.6	1.9	4.2	2870	1491	0.11	0.17	76.3
4.26-64.4	3.4	21.3	6839	2030	0.031	0.058	99.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.17.1_3660: ???)	精密化
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
DIALS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1MPU

1mpu

解像度: 1.57→32.03 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.62 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2038	1947	5.16 %
R_work	0.1719	-	-
obs	0.1735	37714	97.27 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.57→32.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1963	0	56	210	2229

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2094
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.899	2838
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.363	278
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.089	283
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	364

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.57-1.61	0.2068	104	0.1847	2069	X-RAY DIFFRACTION	78
1.61-1.65	0.241	120	0.1753	2276	X-RAY DIFFRACTION	88
1.65-1.7	0.1842	139	0.1624	2554	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7-1.76	0.2208	151	0.174	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.82	0.195	141	0.1713	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.89	0.2065	145	0.175	2565	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.98	0.2056	159	0.172	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.08	0.1923	137	0.1716	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.21	0.2034	123	0.1643	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.38	0.1824	152	0.1769	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.62	0.1842	137	0.1737	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.62-3	0.2252	145	0.186	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
3-3.78	0.2243	145	0.1754	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
3.78-32.03	0.194	149	0.1614	2727	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.769	0.1992	0.8858	1.8004	-0.7315	1.5439	-0.0117	0.0882	0.1978	-0.0206	-0.0539	-0.0291	-0.1996	0.1666	0.0126	0.1441	0.0051	0.0096	0.1359	-0.0019	0.1056	0.5918	-11.3299	10.2647
2	2.3004	0.2095	-0.4669	2.1714	-0.5432	1.6423	-0.0326	-0.0511	-0.1041	-0.068	0.0286	0.0286	-0.0183	-0.0874	0.0073	0.1068	-0.0019	-0.0051	0.1158	-0.0151	0.0885	-4.3218	-22.9066	16.1125
3	2.5755	-0.202	1.0038	2.886	0.2961	3.4157	-0.1306	0.7438	-0.7105	-0.4832	0.0055	0.3973	0.4599	-0.2991	-0.0299	0.2817	-0.0573	-0.0352	0.2344	-0.091	0.2577	-6.6237	-33.6492	8.5345
4	1.6238	-0.3206	-0.323	2.2891	0.3912	1.0765	-0.0155	0.0315	-0.1799	-0.0869	0.0116	-0.0647	0.073	-0.0055	-0.0085	0.1166	-0.0028	-0.0029	0.1341	-0.0115	0.138	-3.3395	-29.6537	18.0948
5	3.6298	-0.0359	1.837	3.0925	-0.2115	2.7632	-0.0459	0.1842	-0.1018	-0.4908	0.1527	0.1342	-0.2181	0.1366	-0.0819	0.1933	-0.019	-0.0127	0.1743	-0.0149	0.1448	4.8228	-7.2962	6.6866
6	3.5993	-0.8968	1.3626	2.7699	0.0857	1.9618	0.0031	0.1561	-0.0533	-0.0475	-0.0487	0.0287	-0.0505	-0.0021	0.0643	0.1538	-0.0031	0.0034	0.1492	-0.0035	0.1095	8.876	-8.5966	14.0303
7	2.9068	0.8926	1.8261	1.0723	0.7399	3.1203	0.0285	0.6285	-0.4526	-0.1438	0.1157	-0.1694	0.0568	0.1855	-0.0493	0.1264	-0.01	0.028	0.2321	-0.0564	0.1949	24.508	-11.075	16.2729
8	2.663	0.0869	0.5213	1.3968	0.4442	1.3692	-0.0712	0.066	-0.1067	-0.0479	-0.024	0.0456	-0.0864	-0.0627	0.0533	0.1282	-0.0065	0.0049	0.1049	-0.0049	0.1152	11.2024	-7.0051	22.2226
9	3.3522	0.6007	0.9945	2.0128	1.9503	3.1519	-0.2243	-0.2737	0.9871	0.6017	0.0948	-0.4237	-0.8246	0.386	-0.0139	0.3379	-0.0566	-0.0832	0.2044	-0.0335	0.2673	22.4505	1.8065	27.8702
10	2.501	0.5992	-0.0636	1.2978	0.716	1.7238	-0.1254	-0.244	0.1186	0.0092	-0.0267	-0.2089	-0.2775	0.1661	0.0587	0.188	-0.0149	-0.0449	0.1446	-0.0269	0.2081	18.069	-1.7891	30.4801
11	2.7218	0.2142	0.1223	0.9609	0.6637	1.7031	-0.0454	-0.0408	-0.1191	-0.0625	0.0315	-0.0763	-0.1443	0.0877	0.0664	0.1111	-0.0052	-0.0035	0.0992	0.0017	0.1354	17.8798	-8.9385	24.2957

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 91 through 114 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 115 through 156 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 157 through 179 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 180 through 216 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 93 through 103 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 104 through 114 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 115 through 130 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 131 through 156 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 157 through 168 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 169 through 188 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 189 through 215 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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