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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ea9 | ||||||
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タイトル | NKG2D complexed with inhibitor 4d | ||||||
要素 | NKG2-D type II integral membrane protein | ||||||
キーワード | IMMUNOSUPPRESSANT/INHIBITOR / NKG2D / Immune System (免疫系) / IMMUNOSUPPRESSANT (免疫抑制剤) / IMMUNOSUPPRESSANT-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of natural killer cell chemotaxis / MHC class Ib receptor activity / natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell activation / negative regulation of GTPase activity / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / MHC class I protein binding / T cell costimulation / nitric oxide biosynthetic process ...negative regulation of natural killer cell chemotaxis / MHC class Ib receptor activity / natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell activation / negative regulation of GTPase activity / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / MHC class I protein binding / T cell costimulation / nitric oxide biosynthetic process / DAP12 interactions / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of type II interferon production / DAP12 signaling / signaling receptor activity / carbohydrate binding / cellular response to lipopolysaccharide / 獲得免疫系 / 細胞分化 / defense response to Gram-positive bacterium / external side of plasma membrane / 細胞膜 / シグナル伝達 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å | ||||||
データ登録者 | Thompson, A.A. / Grant, J.C. / Karpowich, N.K. / Sharma, S. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023 タイトル: Identification of small-molecule protein-protein interaction inhibitors for NKG2D. 著者: Thompson, A.A. / Harbut, M.B. / Kung, P.P. / Karpowich, N.K. / Branson, J.D. / Grant, J.C. / Hagan, D. / Pascual, H.A. / Bai, G. / Zavareh, R.B. / Coate, H.R. / Collins, B.C. / Cote, M. / ...著者: Thompson, A.A. / Harbut, M.B. / Kung, P.P. / Karpowich, N.K. / Branson, J.D. / Grant, J.C. / Hagan, D. / Pascual, H.A. / Bai, G. / Zavareh, R.B. / Coate, H.R. / Collins, B.C. / Cote, M. / Gelin, C.F. / Damm-Ganamet, K.L. / Gholami, H. / Huff, A.R. / Limon, L. / Lumb, K.J. / Mak, P.A. / Nakafuku, K.M. / Price, E.V. / Shih, A.Y. / Tootoonchi, M. / Vellore, N.A. / Wang, J. / Wei, N. / Ziff, J. / Berger, S.B. / Edwards, J.P. / Gardet, A. / Sun, S. / Towne, J.E. / Venable, J.D. / Shi, Z. / Venkatesan, H. / Rives, M.L. / Sharma, S. / Shireman, B.T. / Allen, S.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ea9.cif.gz | 114.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ea9.ent.gz | 91.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ea9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/8ea9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/8ea9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 BA
#1: タンパク質 | 分子量: 14880.832 Da / 分子数: 2 / 変異: S117E,I173S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLRK1, D12S2489E, NKG2D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P26718 |
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-非ポリマー , 5種, 159分子
#2: 化合物 | ChemComp-PGE / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-VMQ / | ||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.43 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.15 - 0.22 M NaNO3 20 - 31 % (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月18日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.58→43.47 Å / Num. obs: 36337 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 17.15 Å2 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 13.3 / Num. measured all: 114849 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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Phasing MR | Packing: 0 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1MPU 解像度: 1.58→32.28 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.67 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.58→32.28 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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