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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8ea8 | ||||||
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Title | NKG2D complexed with inhibitor 4a | ||||||
![]() | NKG2-D type II integral membrane protein | ||||||
![]() | IMMUNOSUPPRESSANT/INHIBITOR / NKG2D / Immune System / IMMUNOSUPPRESSANT / IMMUNOSUPPRESSANT-INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | ![]() negative regulation of natural killer cell chemotaxis / MHC class Ib receptor activity / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell activation / negative regulation of GTPase activity / MHC class I protein binding / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / T cell costimulation / nitric oxide biosynthetic process ...negative regulation of natural killer cell chemotaxis / MHC class Ib receptor activity / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell activation / negative regulation of GTPase activity / MHC class I protein binding / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / T cell costimulation / nitric oxide biosynthetic process / DAP12 interactions / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of type II interferon production / DAP12 signaling / signaling receptor activity / carbohydrate binding / cellular response to lipopolysaccharide / adaptive immune response / cell differentiation / defense response to Gram-positive bacterium / external side of plasma membrane / cell surface / signal transduction / identical protein binding / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Thompson, A.A. / Grant, J.C. / Karpowich, N.K. / Sharma, S. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Identification of small-molecule protein-protein interaction inhibitors for NKG2D. Authors: Thompson, A.A. / Harbut, M.B. / Kung, P.P. / Karpowich, N.K. / Branson, J.D. / Grant, J.C. / Hagan, D. / Pascual, H.A. / Bai, G. / Zavareh, R.B. / Coate, H.R. / Collins, B.C. / Cote, M. / ...Authors: Thompson, A.A. / Harbut, M.B. / Kung, P.P. / Karpowich, N.K. / Branson, J.D. / Grant, J.C. / Hagan, D. / Pascual, H.A. / Bai, G. / Zavareh, R.B. / Coate, H.R. / Collins, B.C. / Cote, M. / Gelin, C.F. / Damm-Ganamet, K.L. / Gholami, H. / Huff, A.R. / Limon, L. / Lumb, K.J. / Mak, P.A. / Nakafuku, K.M. / Price, E.V. / Shih, A.Y. / Tootoonchi, M. / Vellore, N.A. / Wang, J. / Wei, N. / Ziff, J. / Berger, S.B. / Edwards, J.P. / Gardet, A. / Sun, S. / Towne, J.E. / Venable, J.D. / Shi, Z. / Venkatesan, H. / Rives, M.L. / Sharma, S. / Shireman, B.T. / Allen, S.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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Others | ![]() |
-Validation report
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8ea5C ![]() 8ea6C ![]() 8ea7C ![]() 8ea9C ![]() 8eaaC ![]() 8eabC ![]() 1mpuS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 14880.832 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: S117E,I173S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-PGE / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-VML / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.18 Å3/Da / Density % sol: 43.66 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.15 - 0.22 M NaNO3, 20- 31 % (w/v) PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 9M / Detector: PIXEL / Date: Mar 25, 2021 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.77→59.46 Å / Num. obs: 24445 / % possible obs: 96.7 % / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 13.71 Å2 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 12.2 / Num. measured all: 82281 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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Phasing MR | Packing: 2 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1MPU Resolution: 1.77→37.25 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 20.09 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 61.9 Å2 / Biso mean: 20.4367 Å2 / Biso min: 6.56 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.77→37.25 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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