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- PDB-8dzm: Crystal structure of human Sar1a in complex with ppGpp and Magnesium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dzm
タイトルCrystal structure of human Sar1a in complex with ppGpp and Magnesium
要素GTP-binding protein SAR1a
キーワードSIGNALING PROTEIN / Sar1a / ppGpp / COPII / small GTPase
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid sensor activity / regulation of COPII vesicle coating / regulation of TORC1 signaling / cellular response to leucine starvation / COPII-coated vesicle cargo loading / vesicle organization / COPII vesicle coating / COPII vesicle coat / membrane organization / Golgi cisterna membrane ...amino acid sensor activity / regulation of COPII vesicle coating / regulation of TORC1 signaling / cellular response to leucine starvation / COPII-coated vesicle cargo loading / vesicle organization / COPII vesicle coating / COPII vesicle coat / membrane organization / Golgi cisterna membrane / endoplasmic reticulum exit site / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / negative regulation of TORC1 signaling / small monomeric GTPase / intracellular protein transport / G protein activity / lysosomal membrane / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
small GTPase SAR1 family profile. / Small GTPase superfamily, SAR1-type / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE / Small COPII coat GTPase SAR1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.648 Å
データ登録者Huang, Q.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM040654 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 CA163255 米国
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2023
タイトル: The alarmone ppGpp selectively inhibits the isoform A of the human small GTPase Sar1.
著者: Huang, Q. / Szebenyi, D.M.E.
履歴
登録2022年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTP-binding protein SAR1a
B: GTP-binding protein SAR1a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0898
ポリマ－44,7862
非ポリマー1,3046
水5,080282
1
A: GTP-binding protein SAR1a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0454
ポリマ－22,3931
非ポリマー6523
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: GTP-binding protein SAR1a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0454
ポリマ－22,3931
非ポリマー6523
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)136.125, 35.933, 76.118
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.520, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 GTP-binding protein SAR1a / COPII-associated small GTPase


分子量: 22392.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SAR1A, SAR1, SARA, SARA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NR31
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-G4P / GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE / guanosine tetraphosphate;ppGpp / ppGpp


タイプ: RNA linking / 分子量: 603.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N5O17P4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 12% PEG6000 (w/v), 1.0M LiCl, 0.1M MgCl2, 0.1M sodium acetate buffer, pH4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9778 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→50 Å / Num. obs: 43805 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.4 % / Rrim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 1.648→1.68 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.15 / Num. unique obs: 2066 / Rrim(I) all: 0.683 / % possible all: 95.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1F6B

1f6b


解像度: 1.648→45.415 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1968 2000 4.57 %
Rwork0.1699 41801 -
obs0.1711 43801 99.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 109.29 Å2 / Biso mean: 29.7167 Å2 / Biso min: 12.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.648→45.415 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2621 0 76 283 2980
Biso mean--16.83 39.11 -
残基数----334
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072811
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9563823
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056441
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004469
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.2241648
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.648-1.68880.29631300.2687273192
1.6888-1.73450.27481420.23032951100
1.7345-1.78550.24551440.20833011100
1.7855-1.84320.22911410.19062948100
1.8432-1.90910.20091450.18433041100
1.9091-1.98550.211430.17052969100
1.9855-2.07590.19951420.15822978100
2.0759-2.18530.19171430.15872997100
2.1853-2.32220.17971440.15773001100
2.3222-2.50150.19441440.16633021100
2.5015-2.75320.20431450.16663023100
2.7532-3.15150.19931440.16333006100
3.1515-3.97020.18981460.1468305399
3.9702-45.410.1731470.1788307197
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.72521.23562.67264.02271.04458.62770.3852-0.2811-0.08410.4739-0.1438-0.2620.36530.2059-0.22790.1375-0.019-0.00930.20170.0040.1648279.078640.531492.9241
27.7091-2.94526.09944.6021-4.11367.88-0.11920.1638-0.02420.08160.0273-0.1688-0.27510.28950.04230.13990.00340.01490.1683-0.02190.1452280.824842.329777.7353
39.3178-0.80612.37783.0605-1.09772.0960.17140.4261-0.1115-0.09350.2505-0.30060.08930.529-0.48870.2196-0.0017-0.00760.1896-0.03690.2259283.803835.195985.0288
42.6935-0.2662-2.32595.9427-1.01182.2703-0.2721-0.0347-0.7278-0.2133-0.07970.22031.24920.33820.27930.36680.0090.01370.2211-0.0120.3375272.551730.105180.5465
52.29041.4081-0.42362.2604-1.37024.48210.07930.1188-0.0408-0.0890.00850.18560.0054-0.1764-0.09330.11770.0433-0.00440.1543-0.01610.1752267.467243.386773.8139
63.52211.167-0.30914.5481-1.06942.70320.0778-0.1597-0.0769-0.0834-0.07980.1094-0.0389-0.1004-0.02090.09720.0344-0.02150.1342-0.02350.1047269.028645.208979.5456
74.08140.3981-1.8781.80590.07896.6458-0.0146-0.01660.24470.0330.15270.2284-0.2585-0.3623-0.11930.12040.065-0.00070.1722-0.02260.2252261.276951.364180.5277
82.37610.3317-1.54325.81860.77962.5973-0.222-0.8457-0.13961.2723-0.4911.311-0.1663-1.33030.60130.41420.06430.14010.71680.00260.406259.286943.63795.6764
99.37560.2769-2.7271.8837-0.80415.511-0.0633-0.060.4551-0.12860.0422-0.1008-0.1754-0.0283-0.10030.19280.0245-0.00450.1172-0.03490.171274.736751.128283.3115
102.16590.6726-2.46522.61760.48136.70190.1327-0.4068-0.16640.161-0.1204-0.16250.0089-0.17510.03580.1509-0.0011-0.03040.22030.00880.1671272.34745.440192.5856
112.31990.47461.06862.67940.7087.20130.1026-0.2370.00440.4651-0.0858-0.3022-0.09150.5423-0.05270.1784-0.042-0.05010.20470.01340.1826307.482263.0277103.5342
122.18470.9117-0.68210.47330.10771.8630.1006-0.2727-0.87230.55030.078-1.00591.81111.2738-0.19850.68440.1827-0.13640.38410.06420.5306308.454449.958599.5876
131.1490.06680.03222.6108-0.31451.626-0.01650.0359-0.06370.1221-0.00410.16070.146-0.11290.01040.1393-0.01410.01170.1108-0.0110.1483293.116456.0394.2094
143.20390.8335-0.94624.2655-2.10715.63630.0424-0.2657-0.0510.4978-0.09780.12070.0883-0.09060.00360.2233-0.00290.03120.1171-0.03270.1162294.180161.4392106.0539
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 13 through 31 )A13 - 31
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 32 through 45 )A32 - 45
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 46 through 73 )A46 - 73
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 74 through 94 )A74 - 94
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 95 through 119 )A95 - 119
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 120 through 143 )A120 - 143
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 144 through 161 )A144 - 161
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 162 through 171 )A162 - 171
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 172 through 185 )A172 - 185
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 186 through 198 )A186 - 198
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 13 through 73 )B13 - 73
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 74 through 94 )B74 - 94
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 95 through 160 )B95 - 160
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 161 through 198 )B161 - 198

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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