+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8dzn | |||||||||
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Title | Crystal structure of human Sar1a in complex with GDP | |||||||||
Components | GTP-binding protein SAR1a | |||||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / Sar1a / GDP / COPII / small GTPase | |||||||||
Function / homology | Function and homology information regulation of COPII vesicle coating / COPII-coated vesicle cargo loading / vesicle organization / COPII vesicle coat / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / membrane organization / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / endoplasmic reticulum exit site / intracellular protein transport / GTPase activity ...regulation of COPII vesicle coating / COPII-coated vesicle cargo loading / vesicle organization / COPII vesicle coat / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / membrane organization / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / endoplasmic reticulum exit site / intracellular protein transport / GTPase activity / GTP binding / Golgi apparatus Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.107 Å | |||||||||
Authors | Huang, Q. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Proteins / Year: 2023 Title: The alarmone ppGpp selectively inhibits the isoform A of the human small GTPase Sar1. Authors: Huang, Q. / Szebenyi, D.M.E. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8dzn.cif.gz | 156.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8dzn.ent.gz | 124 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8dzn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/8dzn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/8dzn | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8dzmSC 8dzoC 8dztC 8e0aC 8e0bC 8e0cC 8e0dC 8e0hC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 22392.773 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: SAR1A, SAR1, SARA, SARA1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9NR31 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.44 Å3/Da / Density % sol: 49.66 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 1.5M NaH2PO4/K2HPO4 and 0.1M sodium citrate, pH5.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CHESS / Beamline: A1 / Wavelength: 0.978 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: May 9, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.978 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. obs: 24060 / % possible obs: 95.8 % / Redundancy: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.066 / Rrim(I) all: 0.136 / Net I/σ(I): 17.57 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.14 Å / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.236 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Num. unique obs: 1138 / CC1/2: 0.951 / Rpim(I) all: 0.159 / Rrim(I) all: 0.324 / % possible all: 88.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 8DZM Resolution: 2.107→28.208 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / Phase error: 30.23 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 131.92 Å2 / Biso mean: 43.8389 Å2 / Biso min: 21.48 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.107→28.208 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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