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- PDB-8dwa: Crystal structure of neutralizing antibody P1D9 Fab in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dwa
タイトルCrystal structure of neutralizing antibody P1D9 Fab in complex with SARS-CoV-2 spike receptor binding domain (RBD)
要素
  • P1D9 Heavy chain
  • P1D9 Light chain
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / COVID-19 / SARS-CoV-2 / Viral protein / Spike glycoprotein / Receptor Binding Protein / RBD / Neutralizing antibody / 10-28 / Fab / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Reddem, E.R. / Shapiro, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Jack Ma Foundation 中国
引用ジャーナル: Emerg Microbes Infect / 年: 2023
タイトル: Structural insights into broadly neutralizing antibodies elicited by hybrid immunity against SARS-CoV-2.
著者: Mengxiao Luo / Biao Zhou / Eswar R Reddem / Bingjie Tang / Bohao Chen / Runhong Zhou / Hang Liu / Lihong Liu / Phinikoula S Katsamba / Ka-Kit Au / Hiu-On Man / Kelvin Kai-Wang To / Kwok-Yung ...著者: Mengxiao Luo / Biao Zhou / Eswar R Reddem / Bingjie Tang / Bohao Chen / Runhong Zhou / Hang Liu / Lihong Liu / Phinikoula S Katsamba / Ka-Kit Au / Hiu-On Man / Kelvin Kai-Wang To / Kwok-Yung Yuen / Lawrence Shapiro / Shangyu Dang / David D Ho / Zhiwei Chen /
要旨: Increasing spread by SARS-CoV-2 Omicron variants challenges existing vaccines and broadly reactive neutralizing antibodies (bNAbs) against COVID-19. Here we determine the diversity, potency, breadth ...Increasing spread by SARS-CoV-2 Omicron variants challenges existing vaccines and broadly reactive neutralizing antibodies (bNAbs) against COVID-19. Here we determine the diversity, potency, breadth and structural insights of bNAbs derived from memory B cells of BNT162b2-vaccinee after homogeneous Omicron BA.1 breakthrough infection. The infection activates diverse memory B cell clonotypes for generating potent class I/II and III bNAbs with new epitopes mapped to the receptor-binding domain (RBD). The top eight bNAbs neutralize wildtype and BA.1 potently but display divergent IgH/IgL sequences and neuralization profiles against other variants of concern (VOCs). Two of them (P2D9 and P3E6) belonging to class III NAbs display comparable potency against BA.4/BA.5, although structural analysis reveals distinct modes of action. P3E6 neutralizes all variants tested through a unique bivalent interaction with two RBDs. Our findings provide new insights into hybrid immunity on BNT162b2-induced diverse memory B cells in response to Omicron breakthrough infection for generating diverse bNAbs with distinct structural basis.
履歴
登録2022年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike protein S1
H: P1D9 Heavy chain
L: P1D9 Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,4634
ポリマ－66,2423
非ポリマー2211
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5320 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area26720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.136, 147.136, 80.108
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 20467.893 Da / 分子数: 1 / 断片: receptor binding domain (UNP residues 335-515) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#2: 抗体 P1D9 Heavy chain


分子量: 22660.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 P1D9 Light chain


分子量: 23113.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES, pH 6.5, 18% w/v PEG5000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.12→144.15 Å / Num. obs: 15333 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.6 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.516 / Rpim(I) all: 0.104 / Rrim(I) all: 0.527 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 392913
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs
3.12-3.3426.74.527212527040.4370.8874.6070.9
8.82-144.1521.10.168165367850.990.0380.17222.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 7SD5

7sd5


解像度: 3.2→63.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / SU B: 62.546 / SU ML: 0.479 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.554 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29747 747 5 %RANDOM
Rwork0.23478 ---
obs0.23788 14187 99.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 94.464 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.24 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.24 Å2-0 Å2
3----2.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→63.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4584 0 14 0 4598
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0174737
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0194311
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5391.8516448
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1872.6939945
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.4655595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.80322.76221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.28715738
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2761521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2360.2714
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025428
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021133
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6216.2562388
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6226.2572387
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.4369.3822980
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.4359.3822981
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8966.5362349
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.8966.5392350
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.9239.6963469
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.72618810
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.72618811
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 50 -
Rwork0.267 1024 -
obs--99.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5811-1.60551.12085.0015-0.7987.0339-0.3654-0.22760.00540.19560.27340.1504-0.1207-0.47330.0920.10350.07020.02390.0793-0.0080.167125.67915.73425.33
22.4499-3.12920.71424.7767-1.47010.7218-0.1734-0.1060.29330.21560.0084-0.5439-0.06960.01550.1650.2601-0.0886-0.1270.1105-0.01390.49557.957-11.00437.023
32.0325-2.9531.53844.5835-2.36091.364-0.00490.0121-0.1036-0.19760.08410.24230.0942-0.0116-0.07920.1415-0.0708-0.06070.05570.02220.357948.479-26.71233.319
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A335 - 515
2X-RAY DIFFRACTION2H2 - 214
3X-RAY DIFFRACTION3L1 - 211

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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