PDB-8dg0: Crystal Structure of EcDsbA in a complex with Urea

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8dg0

タイトル

Crystal Structure of EcDsbA in a complex with Urea

要素

Thiol:disulfide interchange protein DsbA

キーワード

OXIDOREDUCTASE / DISULFIDE OXIDOREDUCTASE / REDOX PROTEIN / Microfrag screening / FBDD / Fragment / ANTIMICROBIAL PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

protein disulfide isomerase activity / cellular response to antibiotic / Secretion of toxins / protein-disulfide reductase activity / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Whitehouse, R.L. / Ilyichova, O.V. / Taylor, A.J.

資金援助

オーストラリア, 2件

引用

ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2023
タイトル: Fragment screening libraries for the identification of protein hot spots and their minimal binding pharmacophores.
著者: Whitehouse, R.L. / Alwan, W.S. / Ilyichova, O.V. / Taylor, A.J. / Chandrashekaran, I.R. / Mohanty, B. / Doak, B.C. / Scanlon, M.J.

履歴

登録	2022年6月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年2月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8dg0.cif.gz	185 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8dg0.ent.gz	122.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8dg0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/8dg0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/8dg0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8cxdC 8cxeC 8czmC 8cznC 8d10C 8d11C 8d12C 8dg1C 8dg2C 1fvkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (2) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

B: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

ヘテロ分子

42.7 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
21.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	116.341, 64.324, 75.346
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 125.318, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 7 through 15 or (resid 16...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 7 through 20 or (resid 21...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	LYS	LYS	A	1 - 182
d_1	2	ens_1	URE	URE	D
d_2	1	ens_1	LYS	LYS	F	6 - 187
d_2	2	ens_1	URE	URE	I

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.95984303869, 0.0653676849272, 0.272815701244), (-0.276936482067, -0.0654642513176, -0.95865562988), (-0.044805423538, -0.995711553396, 0.0809381026149)ベクター: ...

#1: タンパク質	Thiol:disulfide interchange protein DsbA 分子量: 21155.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: dsbA, dsf, ppfA, b3860, JW3832 / プラスミド: B0013 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AEG4
#2: 化合物	ChemComp-URE / UREA 分子量: 60.055 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₄N₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.75 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 詳細: 11-13 % PEG 8000, 5-7.5% GLYCEROL, 100MM NA CACODYLATE PH6.1, 1MM CuCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→48.85 Å / Num. obs: 17916 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 47.12 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.099 / R_pim(I) all: 0.061 / R_rim(I) all: 0.117 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I): 13.6
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 1.497 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1847 / CC_1/2: 0.8 / R_pim(I) all: 0.869 / Χ²: 0.99 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4092	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1FVK

1fvk

解像度: 2.5→47.46 Å / SU ML: 0.4051 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.3869
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2573	807	5.09 %
R_work	0.2024	15053	-
obs	0.2051	15860	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→47.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2771	0	22	26	2819

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0079	2849
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9256	3876
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0524	437
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0072	509
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.1683	385

Refine LS restraints NCS

タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.93449717038 Å

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.66	0.3426	120	0.2932	2513	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.66-2.86	0.3478	144	0.2711	2463	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.86-3.15	0.2976	167	0.257	2474	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.15-3.61	0.2894	94	0.2337	2525	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.61-4.54	0.2436	132	0.1709	2521	X-RAY DIFFRACTION	100
4.54-47.46	0.2048	150	0.1595	2557	X-RAY DIFFRACTION	99.89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.56042413164	-0.242241425145	2.27643849482	5.87653991511	-0.833668057166	6.95536932929	-0.518312600312	0.369649849644	-0.540752609087	-2.26606820037	0.55705401968	-1.20625434618	-0.948114284055	0.734112636056	-0.00338295127093	1.13455201304	-0.261543397701	0.213818229128	0.724725161852	-0.16621067358	0.692274737568	33.669294202	-5.61231400634	-9.36592002583
2	1.66507865282	1.17793563069	0.975318978176	4.10522312934	1.02523098414	3.00335707746	0.119168705158	-0.288910222287	-0.0945537293856	0.120732378253	-0.00881832966696	-0.226826330322	0.30376013908	-0.0484522081373	-0.100145825231	0.463450020823	-0.0676066076433	-0.00174754989686	0.400807708375	-0.0496214034772	0.437311749087	29.8466618628	-10.8600663904	6.79505973642
3	2.34316789031	0.409631057893	0.258890724493	1.23686552737	-0.243266912182	3.6984180481	0.0116264906257	0.000620009813505	0.165928598285	-0.0593545267554	-0.0229662790037	-0.057590860457	-0.159513602385	0.161621255594	0.0204002251557	0.34267624426	-0.0380891429402	-0.000200047533136	0.241695729369	-0.0329828078784	0.345931696591	36.219975117	0.0811564490156	16.1442161221
4	2.22876304144	1.83601320514	-0.234680010792	4.73797202857	0.956352100278	2.70613050176	-0.356482412501	0.381737394819	-0.445671122349	-1.00262117826	0.233025206739	-0.130451562259	0.20949019204	0.063776702349	0.0739259748358	0.671619495864	-0.0620941627466	0.0139852703987	0.529701370859	-0.0621401152278	0.502864796069	27.3085001956	-12.1872925561	-3.28179175276
5	0.834124036607	0.490931589378	0.516312177032	0.508983084456	0.79330999363	3.63813037303	-0.751819077179	0.304775321434	0.837006158243	-0.295481169252	-0.629837026618	0.178307898758	-2.37687203622	-0.540486977561	1.19137036807	1.40434474238	0.266484493715	0.252592176923	0.632080593946	0.156906882699	1.34012310212	5.45626545588	13.7750212326	23.8346910409
6	3.40085117087	1.71611839516	0.264104371664	2.98362569507	0.515449548761	0.489896312864	0.344896857337	0.546117355321	1.07850031581	-0.244698177357	-0.332415374702	0.869946310371	-0.662984230686	-0.655610616118	0.0425790609839	0.920103019295	0.40017294846	0.0188816067174	1.12917358646	0.0154787713052	0.818447331183	-5.19495793964	5.65943794852	14.8233792949
7	2.89767922314	1.54252587631	0.691158693763	2.87589550369	0.445700465908	4.53662964637	0.171583816469	-0.0315057666127	-0.13150596324	0.268489055575	-0.0832685599841	0.074409423386	-0.314948792119	-0.418888705039	-0.0799444170842	0.422929316722	-0.0405203310235	0.0262720573127	0.456322484185	0.0259214680162	0.418523674811	10.3004101077	-6.70990950339	19.4539220361
8	5.99542737656	1.76755623094	-0.937252098794	2.99562599266	-0.254110323347	2.72447161412	0.310800853296	-0.763209431114	-0.367261027581	0.616686359311	-0.181966099169	1.04579227621	0.227975993919	-0.398114491279	0.02713902417	0.491856704813	-0.0395282292119	0.145610248854	0.504320537661	-0.0558730512069	0.540513326228	6.11176662594	-4.1829795264	31.1118837915
9	1.59775307341	0.4162575984	1.81037214655	5.80895301758	2.4815867096	2.74941678321	-0.0249692870459	-0.228603690549	0.362214340261	0.0384316374371	-0.373077904425	0.443929442544	0.0066309824083	-0.538418895382	0.464057912261	0.422550423042	-0.0213126184264	-0.0629079513773	0.565910070652	-0.00251501085668	0.515529909112	2.00477937527	-5.65378998315	18.181210491
10	3.34188163906	1.72397452778	-2.00493513065	4.05815031815	-0.908667808545	3.0846693485	-0.0266285147253	0.314029268199	-0.340114409268	-0.0434581770864	-0.0868933068903	0.0713379475619	0.0738015373273	-0.311664741486	0.153412986329	0.330860661505	-0.0523304565716	0.0146162588907	0.431502948521	0.0123760427685	0.292729175542	4.15714082912	-18.0559819104	13.7163715676
11	1.22422603609	0.748362494215	-0.181451115391	3.0426945463	0.701752577051	5.56709491412	-0.0358555927075	-0.231055833765	0.869599768401	0.00594220579103	0.134247907365	0.263047753296	-1.43203404487	-0.828309264263	-0.0213709660238	0.741671311204	0.135058907581	0.196406285433	0.515854784429	0.0309204175934	0.80011051459	7.33912746238	5.21629902207	20.7082866058
12	2.54821463849	1.51752548074	0.559858816226	2.88589946417	0.21443820904	4.94603529653	0.537279116506	-0.0175653206439	1.02829608465	0.174060331254	-0.324653962979	0.0946962930192	-0.88955584268	-0.782737737746	-0.260929590822	0.705632835022	0.154726063574	0.225027289381	0.620300936098	-0.119763396845	0.757172251924	5.25392417855	5.63482303936	30.2769572519

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 7 through 21 )	A	A	7 - 21	1 - 15
2	2	chain 'A' and (resid 22 through 55 )	A	A	22 - 55	16 - 49
3	3	chain 'A' and (resid 56 through 144 )	A	A	56 - 144	50 - 138
4	4	chain 'A' and (resid 145 through 188 )	A	A	145 - 188	139 - 182
5	5	chain 'B' and (resid 2 through 11 )	B	F	2 - 11	1 - 10
6	6	chain 'B' and (resid 12 through 21 )	B	F	12 - 21	11 - 20
7	7	chain 'B' and (resid 22 through 38 )	B	F	22 - 38	21 - 37
8	8	chain 'B' and (resid 39 through 49 )	B	F	39 - 49	38 - 48
9	9	chain 'B' and (resid 50 through 66 )	B	F	50 - 66	49 - 65
10	10	chain 'B' and (resid 67 through 145 )	B	F	67 - 145	66 - 144
11	11	chain 'B' and (resid 146 through 170 )	B	F	146 - 170	145 - 169
12	12	chain 'B' and (resid 171 through 188 )	B	F	171 - 188	170 - 187

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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