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Yorodumi- PDB-8d11: Crystal Structure of EcDsbA in a complex with 1-methyl-1H-pyrazol... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8d11 | |||||||||
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Title | Crystal Structure of EcDsbA in a complex with 1-methyl-1H-pyrazol-5-amine | |||||||||
Components | Thiol:disulfide interchange protein DsbA | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / DISULFIDE OXIDOREDUCTASE / REDOX PROTEIN / Microfrag screening / FBDD / Fragment / ANTIMICROBIAL PROTEIN | |||||||||
Function / homology | Function and homology information cellular response to antibiotic / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity / outer membrane-bounded periplasmic space Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Escherichia coli K-12 (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85 Å | |||||||||
Authors | Whitehouse, R.L. / Ilyichova, O.V. / Taylor, A.J. | |||||||||
Funding support | Australia, 2items
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Citation | Journal: Rsc Med Chem / Year: 2023 Title: Fragment screening libraries for the identification of protein hot spots and their minimal binding pharmacophores. Authors: Whitehouse, R.L. / Alwan, W.S. / Ilyichova, O.V. / Taylor, A.J. / Chandrashekaran, I.R. / Mohanty, B. / Doak, B.C. / Scanlon, M.J. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8d11.cif.gz | 201.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8d11.ent.gz | 132.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8d11.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/8d11 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/8d11 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8cxdC 8cxeC 8czmC 8cznC 8d10C 8d12C 8dg0C 8dg1C 8dg2C 1fvkS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.94816199838, 0.0797332525766, 0.307622224915), (-0.313332539172, -0.0730436387915, -0.946830157276), (-0.0530240013963, -0.994136426888, 0.0942402250118)Vector: 34. ...NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.94816199838, 0.0797332525766, 0.307622224915), Vector: |
-Components
#1: Protein | Mass: 21155.025 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli K-12 (bacteria) / Strain: K12 / Gene: dsbA, dsf, ppfA, b3860, JW3832 / Plasmid: B0013 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P0AEG4 #2: Chemical | ChemComp-Q2O / #3: Chemical | ChemComp-CU / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.73 Å3/Da / Density % sol: 54.88 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.1 Details: 11-13 % PEG 8000, 5-7.5% GLYCEROL, 100MM NA CACODYLATE PH6.1, 1MM CuCl2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.95365 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Sep 24, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.95365 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.69→48.85 Å / Num. obs: 50848 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 25.54 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.105 / Χ2: 0.49 / Net I/σ(I): 9.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.69→1.72 Å / Redundancy: 6 % / Rmerge(I) obs: 1.408 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 2383 / CC1/2: 0.485 / Rpim(I) all: 0.927 / Χ2: 0.33 / % possible all: 89.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1FVK Resolution: 1.85→37.11 Å / SU ML: 0.2791 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / Phase error: 25.1005 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 30.73 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→37.11 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Type: Torsion NCS / Rms dev position: 2.76561865338 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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