PDB-8cxd: Crystal Structure of EcDsbA in a complex with phenylmethanol

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cxd

タイトル

Crystal Structure of EcDsbA in a complex with phenylmethanol

要素

Thiol:disulfide interchange protein DsbA

キーワード

OXIDOREDUCTASE / DISULFIDE OXIDOREDUCTASE / REDOX PROTEIN / Microfrag screening / FBDD / Fragment

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to antibiotic / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Whitehouse, R.L. / Ilyichova, O.V. / Taylor, A.J.

資金援助

オーストラリア, 2件

引用

ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2023
タイトル: Fragment screening libraries for the identification of protein hot spots and their minimal binding pharmacophores.
著者: Whitehouse, R.L. / Alwan, W.S. / Ilyichova, O.V. / Taylor, A.J. / Chandrashekaran, I.R. / Mohanty, B. / Doak, B.C. / Scanlon, M.J.

履歴

登録	2022年5月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年2月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cxd.cif.gz	197.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cxd.ent.gz	130.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cxd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/8cxd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/8cxd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8cxeC 8czmC 8cznC 8d10C 8d11C 8d12C 8dg0C 8dg1C 8dg2C 1fvkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (2) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

B: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

ヘテロ分子

43 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
21.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.725, 62.577, 74.722
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 126.347, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 1 through 10 or (resid 11...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 1 through 6 or (resid 7...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	ALA	VAL	A	1 - 46
d_1	2	ens_1	LYS	THR	A	48 - 57
d_1	3	ens_1	TYR	ILE	A	59 - 113
d_1	4	ens_1	ALA	GLY	A	115 - 116
d_1	5	ens_1	LYS	LYS	A	118 - 132
d_1	6	ens_1	LEU	MET	A	134 - 166
d_1	7	ens_1	THR	GLN	A	168 - 176
d_1	8	ens_1	TYR	LYS	A	178 - 188
d_1	9	ens_1	CU	CU	B
d_1	10	ens_1	F3	F3	C
d_2	1	ens_1	ALA	VAL	D	1 - 46
d_2	2	ens_1	LYS	THR	D	48 - 57
d_2	3	ens_1	TYR	ILE	D	59 - 113
d_2	4	ens_1	ALA	GLY	D	115 - 116
d_2	5	ens_1	LYS	LYS	D	118 - 132
d_2	6	ens_1	LEU	MET	D	134 - 166
d_2	7	ens_1	THR	GLN	D	168 - 176
d_2	8	ens_1	TYR	LYS	D	178 - 188
d_2	9	ens_1	CU	CU	E
d_2	10	ens_1	F3	F3	F

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.970678171827, 0.0458432901932, 0.235970929316), (-0.233493526728, 0.0535178777006, -0.970884447163), (-0.0571372007914, -0.997514024719, -0.0412445241824) ...

#1: タンパク質	Thiol:disulfide interchange protein DsbA 分子量: 21155.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: dsbA, dsf, ppfA, b3860, JW3832 / プラスミド: B0013 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AEG4
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物	ChemComp-010 / phenylmethanol / ベンジルアルコ-ル分子量: 108.138 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₇H₈O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.34 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 詳細: 11-13 % PEG 8000, 5-7.5% GLYCEROL, 100MM NA CACODYLATE PH6.1, 1MM CuCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.67→47.95 Å / Num. obs: 50152 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 23.96 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.085 / R_pim(I) all: 0.053 / R_rim(I) all: 0.101 / Net I/σ(I): 8.6
反射シェル	解像度: 1.67→1.7 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 1.352 / Num. unique obs: 1792 / CC_1/2: 0.394 / R_pim(I) all: 0.932 / % possible all: 68.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4092	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1FVK

1fvk

解像度: 1.8→33.16 Å / SU ML: 0.2369 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.7166
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2001	774	1.9 %
R_work	0.1751	39856	-
obs	0.1756	40630	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→33.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2876	0	42	246	3164

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3046
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7784	4135
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0531	450
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0054	586
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.5739	457

Refine LS restraints NCS

タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.40743897733 Å

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.91	0.2699	125	0.2349	6609	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.91-2.06	0.2378	125	0.1894	6609	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.06-2.27	0.2157	133	0.1757	6622	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.27-2.6	0.2268	137	0.1773	6605	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.6-3.27	0.2004	121	0.1846	6676	X-RAY DIFFRACTION	99.99
3.27-33.16	0.171	133	0.1583	6735	X-RAY DIFFRACTION	99.67

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.89456030504	2.48142505567	-0.220035821377	9.22874331435	0.686824414483	2.98427290493	-0.103142102454	0.0883020079477	-0.0302264692605	-0.985380491406	0.148355536716	-0.2798944848	-0.276519586295	0.582571165049	-0.0528988196165	0.339928402178	-0.0218677234902	0.0231968163587	0.324342267074	-0.0339502235448	0.180167300926	31.0941290807	-2.44084804715	-11.7450398132
2	6.55479416459	1.58967148448	-4.20456389789	1.46926739839	-0.975777586774	4.62617053315	-0.0584869775595	0.141289887037	-0.0941241814508	-0.020230621646	0.0448199560509	0.122110323959	0.169865203364	-0.239684209172	0.0382700419746	0.249695739192	-0.0532518070403	-0.0239042415333	0.237243509808	0.00338946807059	0.204424630677	26.8728749814	-0.0567528945073	7.8961979274
3	1.1587282835	2.40968706479	1.00541401432	5.46866105969	1.63180577479	1.92656092315	0.0268209215466	0.0762272285938	-0.214883274129	0.0562088990554	0.168024750365	-0.412192200935	0.238484751609	0.249758051451	-0.201606426751	0.241431701324	0.0124852146794	-0.0325609147202	0.310106812846	0.0121558556158	0.244938269122	32.4780298301	-4.7590070988	4.28428819046
4	2.27486199276	0.316849451566	-0.237696981012	1.44499555611	-0.450346407311	3.36474472362	-0.00284621983197	0.0184648740356	0.00330582959594	-0.016796267024	0.0416368323173	-0.031798939759	-0.0245502119476	0.0759676086908	-0.0256130164029	0.126408358131	-0.0268328023279	-0.0155248085419	0.149103207452	-0.0120908167088	0.141816202579	36.706074693	5.04198743025	16.8064216369
5	1.74900975532	0.848708464859	0.424704817533	5.42830022713	0.756233665438	2.49672963071	-0.0653675134851	0.155622425855	-0.0538599736335	-0.153902889817	0.0987405992045	0.0908465180852	0.0879119098317	0.126096545394	-0.0414787156267	0.212610936614	-0.0208571973977	-0.0152907196524	0.26158077715	-0.0167729842405	0.175414967779	27.025197339	-5.60266659094	-4.99048477542
6	1.24725354465	0.21606418457	-0.669509930382	2.35696220824	1.32288245004	2.10803124546	-0.0257062134659	0.110234729928	0.0486503548228	-0.0939805109133	-0.0238257143666	0.24206898979	-0.1325281362	-0.190247399942	0.0357267225973	0.213739118424	-0.0250144909096	-0.0150188429587	0.22059731098	0.0129746956712	0.232310567084	6.24927611584	5.81109487391	22.7864562035
7	2.56619824246	-0.018357154906	0.331692430552	3.6043700665	0.718828416657	1.53152621863	-0.0862490064473	0.126456988058	0.0928836991955	-0.137448892025	0.0466884157604	-0.117827393301	-0.023650171858	0.0539304918146	0.0331270375775	0.171858560243	-0.0356397506531	-0.00963247208857	0.22774202559	0.00597865881934	0.158208543101	4.56649573823	-12.0576557312	14.8650395464
8	1.11992389652	1.07206047274	1.11324540621	3.69987860163	2.55080931866	3.6393382285	-0.0713329769858	0.0356269869782	0.283446825388	-0.252820026539	-0.036152013747	0.245511175192	-0.365428562157	-0.12726602363	0.121369448413	0.181151194627	0.00887889077305	0.0046099727014	0.197196161266	0.0353053134908	0.230538949663	3.95795115972	7.15592629338	20.7807271711

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 21 )	A	A	1 - 21	1 - 21
2	2	chain 'A' and (resid 22 through 38 )	A	A	22 - 38	22 - 38
3	3	chain 'A' and (resid 39 through 65 )	A	A	39 - 65	39 - 65
4	4	chain 'A' and (resid 66 through 144 )	A	A	66 - 144	66 - 144
5	5	chain 'A' and (resid 145 through 188 )	A	A	145 - 188	145 - 188
6	6	chain 'B' and (resid 1 through 49 )	B	D	1 - 49	1 - 49
7	7	chain 'B' and (resid 50 through 128 )	B	D	50 - 128	50 - 128
8	8	chain 'B' and (resid 129 through 188 )	B	D	129 - 188	129 - 188

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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