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- PDB-8d5o: Crystal structure of theophylline aptamer in complex with TAL4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d5o
タイトルCrystal structure of theophylline aptamer in complex with TAL4
要素RNA (33-MER)
キーワードRNA / aptamer / theophylline
機能・相同性Chem-QEU / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Menichelli, E. / Spraggon, G.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Discovery of small molecules that target a tertiary-structured RNA.
著者: Menichelli, E. / Lam, B.J. / Wang, Y. / Wang, V.S. / Shaffer, J. / Tjhung, K.F. / Bursulaya, B. / Nguyen, T.N. / Vo, T. / Alper, P.B. / McAllister, C.S. / Jones, D.H. / Spraggon, G. / ...著者: Menichelli, E. / Lam, B.J. / Wang, Y. / Wang, V.S. / Shaffer, J. / Tjhung, K.F. / Bursulaya, B. / Nguyen, T.N. / Vo, T. / Alper, P.B. / McAllister, C.S. / Jones, D.H. / Spraggon, G. / Michellys, P.Y. / Joslin, J. / Joyce, G.F. / Rogers, J.
履歴
登録2022年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (33-MER)
B: RNA (33-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9684
ポリマ－21,2752
非ポリマー6932
水00
1
A: RNA (33-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9842
ポリマ－10,6371
非ポリマー3461
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: RNA (33-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9842
ポリマ－10,6371
非ポリマー3461
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)23.081, 29.535, 79.975
Angle α, β, γ (deg.)84.720, 90.030, 70.650
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 1 through 33)
21(chain B and resid 1 through 33)

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: G / Beg label comp-ID: G / End auth comp-ID: C / End label comp-ID: C / Auth seq-ID: 1 - 33 / Label seq-ID: 1 - 33

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1(chain A and resid 1 through 33)AA
2(chain B and resid 1 through 33)BB

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要素

#1: RNA鎖 RNA (33-MER)


分子量: 10637.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-QEU / 4-[4-(6,7-dimethoxyquinazolin-4-yl)piperazin-1-yl]butan-1-ol


分子量: 346.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H26N4O3
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.54 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: sodium cacodylate, PEG 8000, 2-methyl-2,4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→39.96 Å / Num. obs: 4549 / % possible obs: 86.93 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 23.86 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04389 / Rpim(I) all: 0.02679 / Rrim(I) all: 0.05151 / Net I/σ(I): 18.13
反射 シェル解像度: 2.7→2.797 Å / Num. unique obs: 365 / CC1/2: 0.989

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1O15

1o15


解像度: 2.7→39.8 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 28.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2722 465 10.34 %
Rwork0.2378 4033 -
obs0.2413 4498 82.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 78.01 Å2 / Biso mean: 25.1637 Å2 / Biso min: 0.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→39.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1408 102 0 1510
Biso mean--25.52 --
残基数----66
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A784X-RAY DIFFRACTION1.351TORSIONAL
12B784X-RAY DIFFRACTION1.351TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7-3.090.36141470.32261257140477
3.09-3.890.27581540.25431351150582
3.89-39.80.23021640.18771425158988
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.87990.46111.2342.8346-0.58742.3185-0.08650.1722-0.0384-0.28660.1376-0.10520.0610.2430.02950.0762-0.02210.00480.08520.02620.1927-1.32379.2658-14.2594
20.4622-0.0721-0.3440.2371-0.43521.3150.05730.04070.0786-0.0331-0.0906-0.0842-0.17170.2370.05350.7956-0.20930.05130.49310.11050.25575.175915.423-32.8994
30.489-0.19110.03120.3883-0.15690.95270.14620.1475-0.1557-0.2025-0.16060.02480.10460.08470.03810.11740.0674-0.01050.10190.03870.277-1.0774.9826-12.186
41.62651.1692-0.25671.44920.18330.26210.105-0.1962-0.19080.2109-0.0352-0.05240.00120.0384-0.06990.0803-0.00670.0360.07440.01030.2110.62118.735910.3451
50.4850.08-0.44940.3233-0.37310.7044-0.0504-0.1395-0.0957-0.0303-0.0893-0.04630.18970.25270.17230.8696-0.22710.05940.47070.06570.24820.631210.436129.4368
61.56220.00490.88170.67150.25893.12540.0745-0.22350.25520.1233-0.0709-0.0003-0.07260.1040.0190.0576-0.04970.0240.11290.02130.22353.466521.88938.5504
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 10 )A1 - 10
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 11 through 20 )A11 - 20
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 21 through 33 )A21 - 33
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 10 )B1 - 10
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 11 through 20 )B11 - 20
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 21 through 33 )B21 - 33

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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