PDB-8cxx: CamA Adenine Methyltransferase Complexed to Cognate Substrate DNA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cxx

タイトル

CamA Adenine Methyltransferase Complexed to Cognate Substrate DNA and Compound 6

要素

DNA Strand 1
DNA Strand 2
Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

キーワード

DNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA Adenine Methylation / PROTEIN-DNA COMPLEX / TRANSFERASE / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / DNA restriction-modification system / methylation / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridioides difficile 630 (バクテリア)

Clostridioides difficile (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.34 Å

データ登録者

Horton, J.R. / Zhou, J. / Cheng, X.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Systematic Design of Adenosine Analogs as Inhibitors of a Clostridioides difficile- Specific DNA Adenine Methyltransferase Required for Normal Sporulation and Persistence.
著者: Zhou, J. / Horton, J.R. / Menna, M. / Fiorentino, F. / Ren, R. / Yu, D. / Hajian, T. / Vedadi, M. / Mazzoccanti, G. / Ciogli, A. / Weinhold, E. / Huben, M. / Blumenthal, R.M. / Zhang, X. / ...

履歴

登録	2022年5月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年1月18日	Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.2	2023年1月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cxx.cif.gz	888.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cxx.ent.gz	645.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cxx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/8cxx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/8cxx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8cxsC 8cxtC 8cxuC 8cxvC 8cxwC 8cxyC 8cxzC 8cy0C 8cy1C 8cy2C 8cy3C 8cy4C 8cy5C 7lnjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
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類似性 (1)
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チミン２量体 (Thymine Dimers)
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カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
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エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (1)
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Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
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#135 - 2011年3月
インテグラーゼ (Integrase)
類似性 (1)
#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (1)
#180 - 2014年12月
TALエフェクター (TAL Effectors)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#48 - 2003年12月
異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein)
類似性 (1)
#84 - 2006年12月
トランスポザーゼ (Transposase)
類似性 (1)
#139 - 2011年7月
DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
類似性 (1)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (1)
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DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase)
類似性 (1)
#40 - 2003年4月
RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
類似性 (1)
#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
#119 - 2009年11月
人工設計DNA結晶 (Designed DNA Crystal)
類似性 (1)
#125 - 2010年5月
パルボウイルス (Parvoviruses)
類似性 (1)
#131 - 2010年11月
インテイン (Inteins)
類似性 (1)
#160 - 2013年4月
アクチノマイシン (Actinomycin)
類似性 (1)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (1)
#23 - 2001年11月
DNA (DNA)
類似性 (1)
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低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
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胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
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糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
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p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#33 - 2002年9月
HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#7 - 2000年7月
ヌクレオソーム (Nucleosome)
類似性 (1)
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制限酵素 (Restriction Enzymes)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

B: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

C: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

D: DNA Strand 1

E: DNA Strand 2

F: DNA Strand 1

G: DNA Strand 2

H: DNA Strand 1

I: DNA Strand 2

ヘテロ分子

235 kDa, 9 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

D: DNA Strand 1

E: DNA Strand 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry
78.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

F: DNA Strand 1

G: DNA Strand 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

H: DNA Strand 1

I: DNA Strand 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.757, 161.469, 230.266
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / CamA methyltransferase 分子量: 68887.172 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridioides difficile 630 (バクテリア) 株: 630 / 遺伝子: CD630_27580 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 参照: UniProt: Q183J3, site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

#1: タンパク質

Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / CamA methyltransferase

分子量: 68887.172 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Clostridioides difficile 630 (バクテリア)
株: 630 / 遺伝子: CD630_27580 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta
参照: UniProt: Q183J3, site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

-
DNA鎖 , 2種, 6分子 DFHEGI

#2: DNA鎖	DNA Strand 1 分子量: 4232.795 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Clostridioides difficile (バクテリア)
#3: DNA鎖	DNA Strand 2 分子量: 4325.825 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Clostridioides difficile (バクテリア)

-
非ポリマー , 4種, 546分子

#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-T9I / N-[(1R)-2,3-dihydro-1H-inden-1-yl]adenosine / CI-947 分子量: 383.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₁N₅O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 523 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.4 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 21~24% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.1 M Tris-HCl pH 7.0~7.5, 0.28 M potassium citrate PH範囲: 7.0-7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.34→44.29 Å / Num. obs: 123740 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 12.1 % / B_iso Wilson estimate: 42.23 Å² / R_merge(I) obs: 0.165 / R_pim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 14.4
反射シェル	解像度: 2.34→2.43 Å / 冗長度: 8.1 % / R_merge(I) obs: 1.46 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 9585 / CC_1/2: 0.503 / CC star: 0.818 / R_pim(I) all: 0.499

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
SERGUI		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 7LNJ

7lnj

解像度: 2.34→44.29 Å / SU ML: 0.2909 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.6385
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2076	1996	1.62 %
R_work	0.1807	121424	-
obs	0.1811	123420	96.19 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.34→44.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13447	1704	143	523	15817

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0037	15786
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6252	21611
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0444	2361
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0043	2469
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.9726	6062

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.34-2.4	0.4106	104	0.3382	6363	X-RAY DIFFRACTION	71.47
2.4-2.47	0.3722	123	0.2775	7457	X-RAY DIFFRACTION	83.65
2.47-2.54	0.2718	137	0.2666	8341	X-RAY DIFFRACTION	93.61
2.54-2.62	0.2841	145	0.2602	8836	X-RAY DIFFRACTION	98.93
2.62-2.72	0.3068	146	0.2556	8905	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.72-2.83	0.2724	148	0.2308	8931	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.83-2.95	0.2658	147	0.2123	8915	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.95-3.11	0.2409	147	0.2052	8962	X-RAY DIFFRACTION	99.78
3.11-3.3	0.2216	147	0.1979	8988	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.3-3.56	0.1939	149	0.1654	9009	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.56-3.92	0.2001	149	0.1557	9027	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.92-4.48	0.1454	149	0.136	9073	X-RAY DIFFRACTION	99.9
4.48-5.65	0.1557	150	0.141	9158	X-RAY DIFFRACTION	99.97
5.65-44.29	0.1732	155	0.1601	9459	X-RAY DIFFRACTION	99.76

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.61521514611	0.118167345948	-0.372419537287	7.39114851681	5.34306593722	7.65469187925	-0.0749178700204	-0.0192068566069	-0.0291725682066	0.583272001118	-0.0463583007153	0.232611964293	0.123157196602	-0.300214107827	0.140009797274	0.361517898965	0.0531716985311	0.0530390634421	0.255120905873	-0.00932393048654	0.311415623551	-32.0781831805	1.1368513033	35.7391647635
2	0.823528511265	0.443350540297	0.180957544174	1.19818846029	0.333356529069	6.17522610871	0.0488668037861	-0.0167168053858	0.30710671074	-0.186545219356	-0.0683807313485	0.219683355584	-1.09791813769	-0.706619698994	-0.0301838779746	0.600645796861	0.140719262312	-0.000234167273172	0.383788542318	-0.0422372115987	0.456186983719	-34.7255013479	11.2094222118	29.2233764373
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24	1.70302313152	-2.27551882844	-1.36443978444	3.08028096841	1.01987557723	6.19882147476	-0.129217931981	-0.594922060548	0.696653392477	0.108546661252	-0.266768075452	-1.03384036387	-0.857647117694	1.07621165501	0.282167743704	0.398778305533	-0.131244728687	-0.139234745098	0.491758395624	0.136265429634	0.815638249772	34.744352534	36.7759569196	-41.4208788989

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 28 through 90 )	A	A	28 - 90	1 - 63
2	2	chain 'A' and (resid 91 through 160 )	A	A	91 - 160	64 - 129
3	3	chain 'A' and (resid 161 through 259 )	A	A	161 - 259	130 - 228
4	4	chain 'A' and (resid 260 through 333 )	A	A	260 - 333	229 - 302
5	5	chain 'A' and (resid 334 through 428 )	A	A	334 - 428	303 - 397
6	6	chain 'A' and (resid 429 through 577 )	A	A	429 - 577	398 - 546
7	7	chain 'B' and (resid 28 through 130 )	B	B	28 - 130	1 - 103
8	8	chain 'B' and (resid 131 through 273 )	B	B	131 - 273	104 - 246
9	9	chain 'B' and (resid 274 through 311 )	B	B	274 - 311	247 - 284
10	10	chain 'B' and (resid 312 through 577 )	B	B	312 - 577	285 - 550
11	11	chain 'C' and (resid 28 through 128 )	C	C	28 - 128	1 - 101
12	12	chain 'C' and (resid 129 through 246 )	C	C	129 - 246	102 - 209
13	13	chain 'C' and (resid 247 through 273 )	C	C	247 - 273	210 - 236
14	14	chain 'C' and (resid 274 through 311 )	C	C	274 - 311	237 - 274
15	15	chain 'C' and (resid 312 through 399 )	C	C	312 - 399	275 - 362
16	16	chain 'C' and (resid 400 through 428 )	C	C	400 - 428	363 - 391
17	17	chain 'C' and (resid 429 through 535 )	C	C	429 - 535	392 - 498
18	18	chain 'C' and (resid 536 through 577 )	C	C	536 - 577	499 - 540
19	19	chain 'D' and (resid 1 through 14 )	D	D	1 - 14
20	20	chain 'E' and (resid 1 through 14 )	E	E	1 - 14
21	21	chain 'F' and (resid 1 through 14 )	F	F	1 - 14
22	22	chain 'G' and (resid 1 through 14 )	G	G	1 - 14
23	23	chain 'H' and (resid 1 through 14 )	H	H	1 - 14
24	24	chain 'I' and (resid 1 through 14 )	I	I	1 - 14

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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