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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 8cy3 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | CamA Adenine Methyltransferase Complexed to Cognate Substrate DNA and Compound 15 | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA Adenine Methylation / PROTEIN-DNA COMPLEX / TRANSFERASE / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / DNA restriction-modification system / methylation / hydrolase activity / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
| 生物種 | Clostridioides difficile (バクテリア) | ||||||
| 手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.65 Å | ||||||
データ登録者 | Zhou, J. / Horton, J.R. / Cheng, X. | ||||||
| 資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023タイトル: Systematic Design of Adenosine Analogs as Inhibitors of a Clostridioides difficile- Specific DNA Adenine Methyltransferase Required for Normal Sporulation and Persistence. 著者: Zhou, J. / Horton, J.R. / Menna, M. / Fiorentino, F. / Ren, R. / Yu, D. / Hajian, T. / Vedadi, M. / Mazzoccanti, G. / Ciogli, A. / Weinhold, E. / Huben, M. / Blumenthal, R.M. / Zhang, X. / ...著者: Zhou, J. / Horton, J.R. / Menna, M. / Fiorentino, F. / Ren, R. / Yu, D. / Hajian, T. / Vedadi, M. / Mazzoccanti, G. / Ciogli, A. / Weinhold, E. / Huben, M. / Blumenthal, R.M. / Zhang, X. / Mai, A. / Rotili, D. / Cheng, X. | ||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 8cy3.cif.gz | 934.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb8cy3.ent.gz | 643.7 KB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 8cy3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| 文書・要旨 | 8cy3_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | 8cy3_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
| XML形式データ | 8cy3_validation.xml.gz | 58.6 KB | 表示 | |
| CIF形式データ | 8cy3_validation.cif.gz | 81.7 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/8cy3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/8cy3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
| 関連構造データ | ![]() 8cxsC ![]() 8cxtC ![]() 8cxuC ![]() 8cxvC ![]() 8cxwC ![]() 8cxxC ![]() 8cxyC ![]() 8cxzC ![]() 8cy0C ![]() 8cy1C ![]() 8cy2C ![]() 8cy4C ![]() 8cy5C ![]() 7lnjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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| 類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 F&H 検索 |
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| 単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
| #1: タンパク質 | 分子量: 68887.172 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア)遺伝子: BN1095_20232, BN1096_690041, BN1097_700039, E5F26_07025, E5F27_14470, E5F28_16275, E5F29_09620, E5F30_09400, E5F31_14185, E5F32_03810, E5F33_08870, E5F36_00990, E5F37_03060, E5F38_04245, ...遺伝子: BN1095_20232, BN1096_690041, BN1097_700039, E5F26_07025, E5F27_14470, E5F28_16275, E5F29_09620, E5F30_09400, E5F31_14185, E5F32_03810, E5F33_08870, E5F36_00990, E5F37_03060, E5F38_04245, E5F39_00835, E5F40_02785, E5F41_17405, E5F42_11180, E5F43_12285, E5F44_14865, E5F45_19095 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: A0A031WG99, site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) |
|---|
-DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*GP*TP*CP*CP*CP*A)- ... , 2種, 6分子 DFHEGI
| #2: DNA鎖 | 分子量: 4232.795 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Clostridioides difficile (バクテリア)#3: DNA鎖 | 分子量: 4325.825 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Clostridioides difficile (バクテリア) |
|---|
-非ポリマー , 4種, 287分子 






| #4: 化合物 | ChemComp-K / #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
| 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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試料調製
| 結晶 | マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.84 % |
|---|---|
| 結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 21-24% PEG 3350, 0.1 M Tris-HCl pH 7-7.5, 0.28M Potassium Citrate PH範囲: 7.0-7.5 |
-データ収集
| 回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| 放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
| 検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月26日 |
| 放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
| 放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
| 反射 | 解像度: 2.65→46.9 Å / Num. obs: 86741 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 62.12 Å2 / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 8.6 |
| 反射 シェル | 解像度: 2.65→2.74 Å / Num. unique obs: 7430 / CC1/2: 0.387 / Rpim(I) all: 0.65 |
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解析
| ソフトウェア |
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| 精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成開始モデル: 7LNJ 解像度: 2.65→46.88 Å / SU ML: 0.3525 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.3158 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| 溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 原子変位パラメータ | Biso mean: 76.73 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.65→46.88 Å
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| 拘束条件 |
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| LS精密化 シェル |
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| 精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| 精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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ムービー
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