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- PDB-8cy1: CamA Adenine Methyltransferase Complexed to Cognate Substrate DNA... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8cy1 | ||||||
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Title | CamA Adenine Methyltransferase Complexed to Cognate Substrate DNA and Compound 19 | ||||||
![]() |
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![]() | DNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA Adenine Methylation / PROTEIN-DNA COMPLEX / TRANSFERASE / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
Function / homology | ![]() N-methyltransferase activity / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / methylation / DNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhou, J. / Horton, J.R. / Cheng, X. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Systematic Design of Adenosine Analogs as Inhibitors of a Clostridioides difficile- Specific DNA Adenine Methyltransferase Required for Normal Sporulation and Persistence. Authors: Zhou, J. / Horton, J.R. / Menna, M. / Fiorentino, F. / Ren, R. / Yu, D. / Hajian, T. / Vedadi, M. / Mazzoccanti, G. / Ciogli, A. / Weinhold, E. / Huben, M. / Blumenthal, R.M. / Zhang, X. / ...Authors: Zhou, J. / Horton, J.R. / Menna, M. / Fiorentino, F. / Ren, R. / Yu, D. / Hajian, T. / Vedadi, M. / Mazzoccanti, G. / Ciogli, A. / Weinhold, E. / Huben, M. / Blumenthal, R.M. / Zhang, X. / Mai, A. / Rotili, D. / Cheng, X. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 949 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 647.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8cxsC ![]() 8cxtC ![]() 8cxuC ![]() 8cxvC ![]() 8cxwC ![]() 8cxxC ![]() 8cxyC ![]() 8cxzC ![]() 8cy0C ![]() 8cy2C ![]() 8cy3C ![]() 8cy4C ![]() 8cy5C ![]() 7lnjS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 68887.172 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q183J3, site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) |
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-DNA (5'-D(*AP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*A)- ... , 2 types, 6 molecules EGIDFH
#2: DNA chain | Mass: 4325.825 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() #3: DNA chain | Mass: 4232.795 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() |
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-Non-polymers , 4 types, 723 molecules ![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/QBU.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/QBU.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Chemical | ChemComp-K / #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.41 Å3/Da / Density % sol: 63.97 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 21-24% PEG 3350, 0.1 M Tris-HCl pH 7-7.5, 0.28M Potassium Citrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Nov 4, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.38→44.89 Å / Num. obs: 117552 / % possible obs: 96.2 % / Redundancy: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 45 Å2 / CC1/2: 0.982 / Net I/σ(I): 8 |
Reflection shell | Resolution: 2.39→2.48 Å / Num. unique obs: 9384 / CC1/2: 0.374 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 7LNJ Resolution: 2.38→44.89 Å / SU ML: 0.3615 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.5056 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 59.37 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.38→44.89 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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