PDB-8cxz: CamA Adenine Methyltransferase Complexed to Cognate Substrate DNA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cxz

タイトル

CamA Adenine Methyltransferase Complexed to Cognate Substrate DNA and Inhibitor N6-(3-Phenylpropyl)adenosine (Compound 14)

要素

(DNA (5'-D(*AP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*A)- ...) x 2
Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

キーワード

DNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA Adenine Methylation / PROTEIN-DNA COMPLEX / TRANSFERASE / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / DNA restriction-modification system / methylation / hydrolase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridioides difficile (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Zhou, J. / Horton, J.R. / Cheng, X.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Systematic Design of Adenosine Analogs as Inhibitors of a Clostridioides difficile- Specific DNA Adenine Methyltransferase Required for Normal Sporulation and Persistence.
著者: Zhou, J. / Horton, J.R. / Menna, M. / Fiorentino, F. / Ren, R. / Yu, D. / Hajian, T. / Vedadi, M. / Mazzoccanti, G. / Ciogli, A. / Weinhold, E. / Huben, M. / Blumenthal, R.M. / Zhang, X. / ...

履歴

登録	2022年5月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年1月18日	Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.2	2023年1月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8cxz_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8cxz_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
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CIF形式データ	8cxz_validation.cif.gz	93.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/8cxz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/8cxz	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8cxsC 8cxtC 8cxuC 8cxvC 8cxwC 8cxxC 8cxyC 8cy0C 8cy1C 8cy2C 8cy3C 8cy4C 8cy5C C: 同じ文献を引用 (文献)
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lac転写抑制因子 (lac Repressor)
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エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
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ヌクレオソーム (Nucleosome)
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類似性 (1)
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タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

B: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

C: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

E: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*A)-3')

D: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*A)-3')

F: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*A)-3')

G: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*A)-3')

H: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*A)-3')

I: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*A)-3')

ヘテロ分子

234 kDa, 9 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

E: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*A)-3')

D: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*A)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry
77.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

F: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*A)-3')

G: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*A)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

H: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*A)-3')

I: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*A)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
77.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.440, 161.434, 229.712
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) 分子量: 68749.023 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア) 遺伝子: BN1095_20232, BN1096_690041, BN1097_700039, E5F26_07025, E5F27_14470, E5F28_16275, E5F29_09620, E5F30_09400, E5F31_14185, E5F32_03810, E5F33_08870, E5F36_00990, E5F37_03060, E5F38_04245, ...遺伝子: BN1095_20232, BN1096_690041, BN1097_700039, E5F26_07025, E5F27_14470, E5F28_16275, E5F29_09620, E5F30_09400, E5F31_14185, E5F32_03810, E5F33_08870, E5F36_00990, E5F37_03060, E5F38_04245, E5F39_00835, E5F40_02785, E5F41_17405, E5F42_11180, E5F43_12285, E5F44_14865, E5F45_19095 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A031WG99, site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

#1: タンパク質

Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

分子量: 68749.023 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Clostridioides difficile (バクテリア)
遺伝子: BN1095_20232, BN1096_690041, BN1097_700039, E5F26_07025, E5F27_14470, E5F28_16275, E5F29_09620, E5F30_09400, E5F31_14185, E5F32_03810, E5F33_08870, E5F36_00990, E5F37_03060, E5F38_04245, ...
発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A031WG99, site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

-
DNA (5'-D(APTPGPGPGPAPCPTPTPTPTPTPGPA)- ... , 2種, 6分子 EGIDFH

#2: DNA鎖	DNA (5'-D(APTPGPGPGPAPCPTPTPTPTPTPGPA)-3') 分子量: 4325.825 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成詳細: (DA)(DT)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DA) 由来: (合成) Clostridioides difficile (バクテリア)
#3: DNA鎖	DNA (5'-D(APTPGPGPGPAPCPTPTPTPTPTPGPA)-3') 分子量: 4232.795 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Clostridioides difficile (バクテリア)

-
非ポリマー , 4種, 828分子

#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION 分子量: 39.098 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物	ChemComp-Q8Y / N-(3-phenylpropyl)adenosine 分子量: 385.417 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₃N₅O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 810 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.22 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 21-24% PEG 3350, 0.1 M Tris-HCl pH 7-7.5, 0.28M Potassium Citrate PH範囲: 7.0-7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→45.89 Å / Num. obs: 125490 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 12.7 % / B_iso Wilson estimate: 40.43 Å² / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 12.4
反射シェル	解像度: 2.35→2.43 Å / Num. unique obs: 12141 / CC_1/2: 0.356

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.35→45.89 Å / SU ML: 0.3145 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.6003
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2041	1999	1.6 %
R_work	0.1744	123293	-
obs	0.1749	125292	99.13 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→45.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13424	1704	123	810	16061

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0029	15724
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5604	21537
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0426	2359
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0032	2463
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.9704	6021

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35-2.41	0.3687	133	0.3123	8098	X-RAY DIFFRACTION	91.94
2.41-2.48	0.323	140	0.2748	8719	X-RAY DIFFRACTION	99.19
2.48-2.55	0.3025	141	0.2608	8742	X-RAY DIFFRACTION	99.48
2.55-2.63	0.2678	141	0.2531	8609	X-RAY DIFFRACTION	98.2
2.63-2.72	0.2958	141	0.2333	8783	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.72-2.83	0.2523	143	0.2146	8816	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.83-2.96	0.2347	143	0.1977	8801	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.96-3.12	0.2457	144	0.1934	8870	X-RAY DIFFRACTION	100
3.12-3.31	0.1945	142	0.1859	8812	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.31-3.57	0.19	144	0.154	8885	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.57-3.93	0.193	145	0.1512	8884	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.93-4.5	0.1492	145	0.1293	8970	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5-5.66	0.1746	146	0.1358	8998	X-RAY DIFFRACTION	99.99
5.66-45.89	0.1601	151	0.1575	9306	X-RAY DIFFRACTION	99.46

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

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4	4	chain 'I' and (resid 1 through 14 )	I	I	1 - 14
5	5	chain 'A' and (resid 28 through 130 )	A	A	28 - 130	1 - 103
6	6	chain 'A' and (resid 131 through 273 )	A	A	131 - 273	104 - 242
7	7	chain 'A' and (resid 274 through 359 )	A	A	274 - 359	243 - 328
8	8	chain 'A' and (resid 360 through 428 )	A	A	360 - 428	329 - 397
9	9	chain 'A' and (resid 429 through 577 )	A	A	429 - 577	398 - 546
10	10	chain 'B' and (resid 28 through 129 )	B	B	28 - 129	1 - 102
11	11	chain 'B' and (resid 130 through 273 )	B	B	130 - 273	103 - 246
12	12	chain 'B' and (resid 274 through 311 )	B	B	274 - 311	247 - 284
13	13	chain 'B' and (resid 312 through 577 )	B	B	312 - 577	285 - 550
14	14	chain 'C' and (resid 28 through 66 )	C	C	28 - 66	1 - 39
15	15	chain 'C' and (resid 67 through 246 )	C	C	67 - 246	40 - 209
16	16	chain 'C' and (resid 247 through 311 )	C	C	247 - 311	210 - 274
17	17	chain 'C' and (resid 312 through 399 )	C	C	312 - 399	275 - 362
18	18	chain 'C' and (resid 400 through 428 )	C	C	400 - 428	363 - 391
19	19	chain 'C' and (resid 429 through 577 )	C	C	429 - 577	392 - 540
20	20	chain 'E' and (resid 1 through 14 )	E	D	1 - 14
21	21	chain 'D' and (resid 1 through 14 )	D	E	1 - 14

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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