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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8cxv | ||||||
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タイトル | CamA Adenine Methyltransferase Complexed to Cognate Substrate DNA and Compound 3 | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA Adenine Methylation / PROTEIN-DNA COMPLEX / TRANSFERASE / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 macromolecule modification / N-methyltransferase activity / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / methylation / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Clostridioides difficile 630 (バクテリア) Clostridioides difficile (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.26 Å | ||||||
データ登録者 | Horton, J.R. / Zhou, J. / Cheng, X. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023 タイトル: Systematic Design of Adenosine Analogs as Inhibitors of a Clostridioides difficile- Specific DNA Adenine Methyltransferase Required for Normal Sporulation and Persistence. 著者: Zhou, J. / Horton, J.R. / Menna, M. / Fiorentino, F. / Ren, R. / Yu, D. / Hajian, T. / Vedadi, M. / Mazzoccanti, G. / Ciogli, A. / Weinhold, E. / Huben, M. / Blumenthal, R.M. / Zhang, X. / ...著者: Zhou, J. / Horton, J.R. / Menna, M. / Fiorentino, F. / Ren, R. / Yu, D. / Hajian, T. / Vedadi, M. / Mazzoccanti, G. / Ciogli, A. / Weinhold, E. / Huben, M. / Blumenthal, R.M. / Zhang, X. / Mai, A. / Rotili, D. / Cheng, X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8cxv.cif.gz | 945.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8cxv.ent.gz | 644.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8cxv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8cxv_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8cxv_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8cxv_validation.xml.gz | 63.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8cxv_validation.cif.gz | 90.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/8cxv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/8cxv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8cxsC 8cxtC 8cxuC 8cxwC 8cxxC 8cxyC 8cxzC 8cy0C 8cy1C 8cy2C 8cy3C 8cy4C 8cy5C 7lnjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 68887.172 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Clostridioides difficile 630 (バクテリア) 株: 630 / 遺伝子: CD630_27580 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 参照: UniProt: Q183J3, site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) |
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-DNA鎖 , 2種, 6分子 DFHEGI
#2: DNA鎖 | 分子量: 4232.795 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Clostridioides difficile (バクテリア) #3: DNA鎖 | 分子量: 4325.825 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Clostridioides difficile (バクテリア) |
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-非ポリマー , 4種, 706分子
#4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 化合物 | ChemComp-K / #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.15 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 21~24% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.1 M Tris-HCl pH 7.0~7.5, 0.28 M potassium citrate PH範囲: 7.0-7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.26→44.88 Å / Num. obs: 133608 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 37.33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.244 / Rpim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 10.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.26→2.37 Å / Rmerge(I) obs: 2.09 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 12562 / CC1/2: 0.344 / CC star: 0.715 / Rpim(I) all: 0.788 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 7LNJ 解像度: 2.26→44.88 Å / SU ML: 0.2777 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.7475 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.81 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.26→44.88 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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