[日本語] English
万見
- PDB-8cr5: Murine Interleukin-12 receptor beta 1 domain 1 in complex with mu... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cr5
タイトルMurine Interleukin-12 receptor beta 1 domain 1 in complex with murine Interleukin-12 beta.
要素
  • Interleukin-12 receptor subunit beta-1
  • Interleukin-12 subunit beta
キーワードCYTOKINE / complex / inflammation / glycoprotein / immunity
機能・相同性
機能・相同性情報


Interleukin-12 signaling / Interleukin-23 signaling / interleukin-23 receptor binding / interleukin-12 alpha subunit binding / interleukin-12 complex / interleukin-23 complex / natural killer cell activation involved in immune response / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis ...Interleukin-12 signaling / Interleukin-23 signaling / interleukin-23 receptor binding / interleukin-12 alpha subunit binding / interleukin-12 complex / interleukin-23 complex / natural killer cell activation involved in immune response / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / positive regulation of T-helper 1 type immune response / interleukin-23 receptor complex / interleukin-12-mediated signaling pathway / positive regulation of NK T cell proliferation / T-helper cell differentiation / positive regulation of natural killer cell proliferation / positive regulation of osteoclast differentiation / negative regulation of interleukin-17 production / cytokine receptor activity / natural killer cell activation / response to UV-B / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / negative regulation of interleukin-10 production / defense response to protozoan / positive regulation of interleukin-17 production / positive regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / negative regulation of protein secretion / positive regulation of T cell proliferation / T cell proliferation / positive regulation of defense response to virus by host / positive regulation of interleukin-12 production / cytokine activity / endosome lumen / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / growth factor activity / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to type II interferon / Golgi lumen / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of tumor necrosis factor production / cell migration / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to virus / cell population proliferation / cell surface receptor signaling pathway / endoplasmic reticulum lumen / protein heterodimerization activity / external side of plasma membrane / protein-containing complex binding / cell surface / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Interleukin-12 beta / Interleukin-12 beta, central domain / : / Cytokine interleukin-12p40 C-terminus / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type ...Interleukin-12 beta / Interleukin-12 beta, central domain / : / Cytokine interleukin-12p40 C-terminus / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-12 subunit beta / Interleukin-12 receptor subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Merceron, R. / Bloch, Y. / Felix, J. / Savvides, S.N.
資金援助 ベルギー, 2件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO)12S0519N ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO)G0B4918N ベルギー
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structures of complete extracellular receptor assemblies mediated by IL-12 and IL-23.
著者: Yehudi Bloch / Jan Felix / Romain Merceron / Mathias Provost / Royan Alipour Symakani / Robin De Backer / Elisabeth Lambert / Ahmad R Mehdipour / Savvas N Savvides /
要旨: Cell-surface receptor complexes mediated by pro-inflammatory interleukin (IL)-12 and IL-23, both validated therapeutic targets, are incompletely understood due to the lack of structural insights into ...Cell-surface receptor complexes mediated by pro-inflammatory interleukin (IL)-12 and IL-23, both validated therapeutic targets, are incompletely understood due to the lack of structural insights into their complete extracellular assemblies. Furthermore, there is a paucity of structural details describing the IL-12-receptor interaction interfaces, in contrast to IL-23-receptor complexes. Here we report structures of fully assembled mouse IL-12/human IL-23-receptor complexes comprising the complete extracellular segments of the cognate receptors determined by electron cryo-microscopy. The structures reveal key commonalities but also surprisingly diverse features. Most notably, whereas IL-12 and IL-23 both utilize a conspicuously presented aromatic residue on their α-subunit as a hotspot to interact with the N-terminal Ig domain of their high-affinity receptors, only IL-12 juxtaposes receptor domains proximal to the cell membrane. Collectively, our findings will help to complete our understanding of cytokine-mediated assemblies of tall cytokine receptors and will enable a cytokine-specific interrogation of IL-12/IL-23 signaling in physiology and disease.
履歴
登録2023年3月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Interleukin-12 subunit beta
B: Interleukin-12 receptor subunit beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,9644
ポリマ－68,9942
非ポリマー9702
水2,036113
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, Part of larger complex imaged by single particle cryo EM as well as crystallography.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3330 Å2
ΔGint17 kcal/mol
Surface area21900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.220, 165.090, 51.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.435, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb

-
要素

#1: タンパク質 Interleukin-12 subunit beta / IL-12B / Cytotoxic lymphocyte maturation factor 40 kDa subunit / CLMF p40 / IL-12 subunit p40


分子量: 39382.527 Da / 分子数: 1 / 変異: C197S / 由来タイプ: 組換発現
詳細: residues [M1-A22] encode the signal peptide which is most likely removed during translation/folding. residues [G336-H343] encode for cloning scar and purification tag.
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Il12b / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293S MGAT1-/- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P43432
#2: タンパク質 Interleukin-12 receptor subunit beta-1 / IL-12 receptor subunit beta-1 / IL-12R subunit beta-1 / IL-12R-beta-1 / IL-12 receptor beta component


分子量: 29611.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues [M1-C19] encode the signal peptide which is most likely removed during translation/folding. Residues [G259-H266] encode a cloning scar and purification tag. Serendipitous in-drop ...詳細: Residues [M1-C19] encode the signal peptide which is most likely removed during translation/folding. Residues [G259-H266] encode a cloning scar and purification tag. Serendipitous in-drop proteolysis removed the C-terminal half of the protein.
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Il12rb1, Il12rb / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293S MGat1-/- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q60837
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: (BCS E4) 20% PEG smear medium, 0.1M MgCl2, 0.1 M KCl, 0.1M PIPES pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.008 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.008 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→165 Å / Num. obs: 26490 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.558 % / Biso Wilson estimate: 38.3 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rrim(I) all: 0.172 / Net I/σ(I): 7.18
反射 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / 冗長度: 3.687 % / Mean I/σ(I) obs: 1.02 / Num. unique obs: 1969 / CC1/2: 0.641 / Rrim(I) all: 1.312 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→49.48 Å / SU ML: 0.3377 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 35.7455
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2821 1324 5 %
Rwork0.2412 25144 -
obs0.2432 26468 99.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 64.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→49.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3167 0 64 113 3344
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00353334
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.65444543
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0448513
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042574
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.54221195
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.240.411480.37792807X-RAY DIFFRACTION99.23
2.24-2.340.34961450.35182753X-RAY DIFFRACTION99.42
2.34-2.460.37051490.31622832X-RAY DIFFRACTION99.6
2.46-2.620.35851460.30512781X-RAY DIFFRACTION99.49
2.62-2.820.34351460.30832767X-RAY DIFFRACTION99.32
2.82-3.10.32221460.28182784X-RAY DIFFRACTION99.15
3.1-3.550.29331470.2442777X-RAY DIFFRACTION98.78
3.55-4.470.21361470.18232806X-RAY DIFFRACTION99.76
4.47-49.480.2421500.19232837X-RAY DIFFRACTION99.43
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.039063758641.014025725510.3880084410343.110218622351.106989765541.385274429090.0376099827183-0.1604087778250.3716034460360.05128027470450.0400137618633-0.0705876303281-0.309316265403-0.07067250136140.001116387925890.4049939812880.03429697074620.0306352587410.367872678165-0.0002792649315180.4157972370944.65451803187-35.677348460316.8432342411
23.514807819420.354524242806-0.6246097036422.83954804622-0.01883740353240.9558560304560.0145170069675-0.0369328938005-0.5779880641750.148841499975-0.0644462986694-0.1273785658370.247594467819-0.0786746632007-0.002422838331330.285566370891-0.0223121711728-0.02948342770490.312517572453-0.04870620853290.348911043481-9.03310664191-69.919535281420.2020938003
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Label seq-ID: 1

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-ID
11(chain 'A' )AA - E23 - 403
22(chain 'B' )BB - F46 - 180

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る