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- PDB-8cr8: human Interleukin-23 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cr8
タイトルhuman Interleukin-23
要素
  • Interleukin-12 subunit beta
  • Interleukin-23 subunit alpha
キーワードCYTOKINE / heterodimer / EXTRACELLULAR / INFLAMMATION / FIBRONECTIN TYPE III
機能・相同性
機能・相同性情報


late endosome lumen / interleukin-23 receptor binding / interleukin-12 alpha subunit binding / interleukin-12 complex / interleukin-23 complex / natural killer cell activation involved in immune response / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of natural killer cell activation / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis ...late endosome lumen / interleukin-23 receptor binding / interleukin-12 alpha subunit binding / interleukin-12 complex / interleukin-23 complex / natural killer cell activation involved in immune response / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of natural killer cell activation / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of lymphocyte proliferation / positive regulation of tissue remodeling / tissue remodeling / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / positive regulation of NK T cell activation / positive regulation of T-helper 1 type immune response / sexual reproduction / positive regulation of mononuclear cell proliferation / interleukin-12 receptor binding / T-helper cell differentiation / positive regulation of memory T cell differentiation / Interleukin-23 signaling / positive regulation of T-helper 17 type immune response / interleukin-12-mediated signaling pathway / positive regulation of NK T cell proliferation / positive regulation of osteoclast differentiation / negative regulation of interleukin-17 production / Interleukin-12 signaling / cytokine receptor activity / cell surface receptor signaling pathway via STAT / positive regulation of neutrophil chemotaxis / natural killer cell activation / response to UV-B / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / T-helper 1 type immune response / negative regulation of interleukin-10 production / defense response to protozoan / Interleukin-10 signaling / positive regulation of interleukin-17 production / positive regulation of natural killer cell proliferation / positive regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of protein secretion / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / T cell proliferation / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of defense response to virus by host / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of cell adhesion / regulation of cytokine production / cytokine activity / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to type II interferon / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor production / cell migration / cellular response to lipopolysaccharide / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to virus / inflammatory response / endoplasmic reticulum lumen / protein heterodimerization activity / innate immune response / protein-containing complex binding / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Interleukin-23 alpha / Interleukin 23 subunit alpha / Interleukin-12 beta / Interleukin-12 beta, central domain / : / Cytokine interleukin-12p40 C-terminus / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Four-helical cytokine-like, core / Immunoglobulin subtype 2 ...Interleukin-23 alpha / Interleukin 23 subunit alpha / Interleukin-12 beta / Interleukin-12 beta, central domain / : / Cytokine interleukin-12p40 C-terminus / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Four-helical cytokine-like, core / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
TERBIUM(III) ION / Interleukin-12 subunit beta / Interleukin-23 subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Bloch, Y. / Savvides, S.N.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO)12S0519N ベルギー
引用
ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structures of complete extracellular receptor assemblies mediated by IL-12 and IL-23.
著者: Yehudi Bloch / Jan Felix / Romain Merceron / Mathias Provost / Royan Alipour Symakani / Robin De Backer / Elisabeth Lambert / Ahmad R Mehdipour / Savvas N Savvides /
要旨: Cell-surface receptor complexes mediated by pro-inflammatory interleukin (IL)-12 and IL-23, both validated therapeutic targets, are incompletely understood due to the lack of structural insights into ...Cell-surface receptor complexes mediated by pro-inflammatory interleukin (IL)-12 and IL-23, both validated therapeutic targets, are incompletely understood due to the lack of structural insights into their complete extracellular assemblies. Furthermore, there is a paucity of structural details describing the IL-12-receptor interaction interfaces, in contrast to IL-23-receptor complexes. Here we report structures of fully assembled mouse IL-12/human IL-23-receptor complexes comprising the complete extracellular segments of the cognate receptors determined by electron cryo-microscopy. The structures reveal key commonalities but also surprisingly diverse features. Most notably, whereas IL-12 and IL-23 both utilize a conspicuously presented aromatic residue on their α-subunit as a hotspot to interact with the N-terminal Ig domain of their high-affinity receptors, only IL-12 juxtaposes receptor domains proximal to the cell membrane. Collectively, our findings will help to complete our understanding of cytokine-mediated assemblies of tall cytokine receptors and will enable a cytokine-specific interrogation of IL-12/IL-23 signaling in physiology and disease.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
履歴
登録2023年3月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-12 subunit beta
B: Interleukin-23 subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5914
ポリマ－58,3592
非ポリマー1,2322
水1,51384
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering, heterodimer has been observed multiple times in crystal structures and EM structures. Mass also measured on MALS.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3600 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area23380 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)67.748, 59.842, 69.989
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.060, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-12 subunit beta / IL-12B / Cytotoxic lymphocyte maturation factor 40 kDa subunit / CLMF p40 / IL-12 subunit p40 / NK ...IL-12B / Cytotoxic lymphocyte maturation factor 40 kDa subunit / CLMF p40 / IL-12 subunit p40 / NK cell stimulatory factor chain 2 / NKSF2


分子量: 36714.383 Da / 分子数: 1 / 変異: N303D / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues [1-17] encode a secretion signal that is most likely co-translationaly removed. Residues [18-19] encode a scar to mimic such found in pdb 3duh.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL12B, NKSF2 / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P29460
#2: タンパク質 Interleukin-23 subunit alpha / IL-23 subunit alpha / IL-23-A / Interleukin-23 subunit p19 / IL-23p19


分子量: 21644.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal MGWSCIILFLVATATGVHS encode the secretion signal which was most likely removed co-translationaly. Following SRN encode a cloning scar meant to mimick and improve upon the construct ...詳細: N-terminal MGWSCIILFLVATATGVHS encode the secretion signal which was most likely removed co-translationaly. Following SRN encode a cloning scar meant to mimick and improve upon the construct of pdb 3duh. C-terminal HHHHHH encode the purification tag which wasn't removed.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL23A, SGRF, UNQ2498/PRO5798 / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NPF7
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e2-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-TB / TERBIUM(III) ION


分子量: 158.925 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Tb
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.44 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: (Morpheus2 E7) 2mM Lanthanides, 0.1M BES/ TEA, 10% PEG8000,20% 1.5-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→69.3 Å / Num. obs: 35521 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 6.58 % / Biso Wilson estimate: 47 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.27-2.457.053.4152520.8980.55899.3
2.12-2.276.021.9153120.7610.89193.5
2-2.125.071.0244690.5161.41174.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDS20200131データ削減
XDS20200131データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→69.3 Å / SU ML: 0.2991 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.8866
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2559 2011 5.66 %
Rwork0.235 33495 -
obs0.2362 35506 94.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 65.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→69.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3405 0 73 84 3562
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00273598
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.52514903
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0402565
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0037617
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.01991308
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.050.37061010.38041708X-RAY DIFFRACTION67.78
2.05-2.110.35211060.341936X-RAY DIFFRACTION77.58
2.11-2.170.35161280.31972199X-RAY DIFFRACTION87.22
2.17-2.240.35691550.31612371X-RAY DIFFRACTION94.86
2.24-2.320.32011550.29012530X-RAY DIFFRACTION99.37
2.32-2.410.29311420.30922507X-RAY DIFFRACTION98.92
2.41-2.520.30381570.2922503X-RAY DIFFRACTION99.03
2.52-2.650.3161370.27242498X-RAY DIFFRACTION99.17
2.65-2.820.32541630.27322528X-RAY DIFFRACTION99.12
2.82-3.040.31281510.27212515X-RAY DIFFRACTION99.59
3.04-3.340.26071510.25542545X-RAY DIFFRACTION99.45
3.34-3.830.26231650.22152504X-RAY DIFFRACTION99.59
3.83-4.820.20521060.19382607X-RAY DIFFRACTION99.38
4.82-69.30.20531940.1982544X-RAY DIFFRACTION98.21
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.962205965930.4824116978531.380640373863.309919586791.914366861233.3523981244-0.08884077620710.1295659863070.0617884671230.0341364939188-0.6114113108440.8524660928140.458166895453-1.17754915225-0.4295686703220.467449603323-0.0681037513550.01393747708220.85588100775-0.309974713630.565613856289-20.3117.8-0.652
25.590562757780.5496206996963.559775870142.333886515641.408031671265.36865572463-0.001597356797640.1815834331650.196151301483-0.0989604020641-0.1609293539630.155129125363-0.0370647155859-0.171745149217-0.00493578801670.29601292489-0.04049853779370.05084553989390.378612020263-0.0232230780210.364639061739-4.03233.72215.364
33.312933695021.301822064660.6289051798495.5287386710.02710276508993.67977451523-0.0236090904703-0.3352982852170.6501112249540.2693437798-0.1807947817890.440389818812-0.514808287778-0.2806406677410.02128405693030.4067865181370.05900519171820.03564170814010.422094140447-0.120636970190.50287605077910.81353.0133.363
46.24975670147-1.303157989390.1860716031044.555979654160.2221878954773.311862326150.161394794730.358212738392-0.345197698345-0.156155586346-0.220460120003-0.286700829890.06522935534960.099722266159-0.1513134764350.3355350662520.0539092484941-0.03909653146920.271863293314-0.0239447569440.35689505690825.5728.54428.26
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 21:110 OR RESID 401:401 ) )A21 - 110
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 21:110 OR RESID 401:401 ) )A401
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 111:232 )A111 - 232
4X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 233:328 )A233 - 328
5X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 27:189 )B27 - 189

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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