PDB-8clb: Colchicine bound to tubulin (T2R-TTL) complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8clb

タイトル

Colchicine bound to tubulin (T2R-TTL) complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-Tyrosine Ligase

キーワード

CELL CYCLE / Drug-tubulin-complex Cell cycle inhibition

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of axon guidance / microtubule-based process / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / nervous system development / mitotic cell cycle / microtubule / protein heterodimerization activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

synthetic construct (人工物)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

自由電子レーザー /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Wranik, M. / Kepa, M.W. / Bertrand, Q. / Weinert, T. / Steinmetz, M. / Standfuss, J.

資金援助

スイス, 3件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: A multi-reservoir extruder for time-resolved serial protein crystallography and compound screening at X-ray free-electron lasers.
著者: Wranik, M. / Kepa, M.W. / Beale, E.V. / James, D. / Bertrand, Q. / Weinert, T. / Furrer, A. / Glover, H. / Gashi, D. / Carrillo, M. / Kondo, Y. / Stipp, R.T. / Khusainov, G. / Nass, K. / ...

履歴

登録	2023年2月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8clb.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8clb.ent.gz	1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8clb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8clb_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8clb_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	8clb_validation.xml.gz	49.2 KB	表示
CIF形式データ	8clb_validation.cif.gz	71.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/8clb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/8clb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8cl5C 8cl6C 8cl7C 8cl8C 8cl9C 8clcC 8cldC 8cleC 8clfC 8clgC 8clhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (19) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (19)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-Tyrosine Ligase

ヘテロ分子

250 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.710, 160.610, 180.730
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain 分子量: 48966.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 48391.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 分子量: 14336.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: タンパク質	Tubulin-Tyrosine Ligase 分子量: 37184.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 7種, 35分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物	ChemComp-LOC / N-[(7S)-1,2,3,10-tetramethoxy-9-oxo-6,7-dihydro-5H-benzo[d]heptalen-7-yl]ethanamide / COLCHICINE / コルヒチン分子量: 399.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 抗炎症剤*YM
#10: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#11: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.25 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 6.5 詳細: 6% PEG4000 (w/v), 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: 自由電子レーザー / サイト: SwissFEL ARAMIS / ビームライン: ESA / 波長: 1.03 Å
検出器	タイプ: PSI JUNGFRAU 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→15.81 Å / Num. obs: 85408 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 138.4 % / CC_1/2: 0.944 / Net I/σ(I): 4.56
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.64 / Num. unique obs: 8462 / CC_1/2: 0.207
Serial crystallography sample delivery	手法: injection
Serial crystallography sample delivery injection	Carrier solvent: Hydroxyethylcellulose / 解説: High-viscosity injection / Injector diameter: 75 µm

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20_4487	精密化
CrystFEL	0.8.0	データ削減
CrystFEL	0.8.0	データスケーリング
PHENIX	1.20_4487	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3→15.18 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.44 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2136	1141	1.84 %
R_work	0.163	-	-
obs	0.1639	62160	99.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→15.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17111	0	215	22	17348

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	17989
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.762	24471
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.018	2535
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	2682
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	3210

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3-3.14	0.328	140	0.2796	7461	X-RAY DIFFRACTION	99
3.14-3.3	0.2894	141	0.2359	7549	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3-3.5	0.2292	141	0.2023	7595	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5-3.77	0.2424	142	0.1724	7588	X-RAY DIFFRACTION	100
3.77-4.14	0.1982	142	0.1556	7603	X-RAY DIFFRACTION	100
4.14-4.73	0.1895	143	0.1339	7662	X-RAY DIFFRACTION	100
4.73-5.9	0.2249	144	0.1417	7715	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9-15.18	0.1612	148	0.1378	7846	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6945	0.0386	-0.205	3.1155	0.9207	2.2805	0.0539	0.0579	0.2226	-0.2748	0.1816	-0.3735	-0.4726	0.2635	-0.2063	0.408	-0.0497	0.0543	0.435	-0.1407	0.4605	29.183	87.589	55.9181
2	1.5468	1.3903	0.0359	1.9081	0.6728	7.6757	0.1367	0.083	0.2276	0.1668	-0.0329	0.8171	-0.5683	-0.3084	-0.1556	0.4081	0.0084	0.093	0.3963	-0.1276	0.6372	9.7267	86.5799	71.8907
3	1.1608	-0.7007	-0.256	3.943	1.4155	2.9541	-0.0504	-0.117	-0.0681	0.7757	0.1264	0.0699	0.2282	0.1996	-0.0857	0.3659	-0.0006	0.0171	0.3966	-0.0936	0.3988	23.4595	78.7355	70.1351
4	4.068	-0.9137	-0.0453	4.2765	1.0306	3.8526	-0.0072	-0.0851	0.8117	-0.4475	-0.0085	0.4674	-1.046	-0.2857	0.0049	0.5988	0.0844	-0.0053	0.4155	-0.0014	0.5495	15.3632	73.735	22.1871
5	3.0442	-1.5991	-0.1971	5.9807	2.0212	3.8612	0.2297	0.54	0.3332	-1.223	-0.4771	0.3613	-0.826	-0.5084	0.0172	0.7614	0.0653	-0.0137	0.5181	-0.0696	0.5366	18.0916	66.8013	12.3574
6	2.3256	-0.4764	-0.1754	2.7928	1.2113	3.1991	-0.0507	0.116	0.0918	-0.222	0.0567	-0.0122	-0.1677	-0.0144	-0.0399	0.2951	0.0023	0.0047	0.3758	-0.0883	0.3155	20.684	55.4798	23.0623
7	3.5586	-1.7842	2.8725	3.0759	-1.4897	4.4385	-0.1577	-0.4924	0.8142	0.012	0.3015	-0.1602	-0.7057	0.1282	-0.0126	0.5223	-0.0037	0.0715	0.5371	-0.168	0.5824	18.75	70.9024	38.2249
8	1.7087	0.052	0.609	2.5741	0.7801	2.6651	-0.099	-0.3121	0.0717	0.0839	-0.1254	0.4162	-0.1116	-0.7371	0.2589	0.3529	0.0532	0.0331	0.6631	-0.2127	0.5054	6.5393	61.4842	42.7677
9	0.7216	-0.4199	0.2759	2.691	1.5839	3.4416	-0.0505	-0.1627	-0.0916	0.408	0.0843	-0.1141	0.5846	0.1084	-0.0994	0.3304	0.0154	0.0021	0.3761	-0.0127	0.3495	21.451	41.7226	32.4108
10	3.2215	-0.8393	-0.5049	4.2417	-0.0184	2.4478	-0.101	0.2021	0.3795	-0.1471	0.0559	0.2952	-0.4361	-0.1533	0.0014	0.4094	-0.0226	-0.0162	0.3924	0.0131	0.3494	14.2284	43.5971	-13.3571
11	2.31	-1.226	0.0394	5.1646	-0.5172	2.4769	0.1388	0.8147	0.0797	-1.2095	-0.1141	0.0004	-0.2363	-0.0113	0.0093	0.5399	-0.0343	0.0012	0.5865	0.0009	0.4392	18.2397	32.5622	-22.6843
12	1.6915	-0.1513	-0.1616	4.106	0.2616	2.2705	-0.0573	0.1081	-0.0688	-0.2444	0.0114	-0.3058	-0.0199	0.3123	0.0355	0.2185	-0.0502	0.0023	0.335	-0.0379	0.2659	24.9526	27.566	-7.7672
13	1.4036	-0.7566	0.4332	1.4241	0.5097	2.258	0.089	-0.0331	-0.1289	-0.0216	-0.1132	0.2556	0.1059	-0.3611	0.1033	0.2891	-0.0489	0.0386	0.3767	-0.0639	0.3996	3.3669	29.6209	0.4715
14	2.3048	-0.5898	1.3021	2.056	0.1723	2.5566	-0.1738	-0.2251	0.0509	0.1284	-0.0304	0.2301	-0.1471	-0.3353	0.0692	0.3298	-0.0419	0.0307	0.4727	-0.0762	0.4294	0.8863	36.309	8.6384
15	1.4526	-0.5328	-0.2394	2.0092	0.8884	2.0914	-0.0492	-0.0826	-0.2005	0.2244	0.0411	-0.1091	0.3328	0.2674	-0.0761	0.3272	0.0068	0.001	0.2952	-0.0174	0.3659	20.1051	14.5297	2.6979
16	2.8921	-0.615	0.119	2.265	-0.4789	1.6022	-0.0431	0.6138	0.1624	-0.6379	0.1446	-0.1985	-0.0335	-0.0147	-0.0928	0.782	-0.1422	0.1051	0.8742	-0.1359	0.3736	22.2714	7.3608	-44.2397
17	1.9609	0.0452	-0.621	1.3022	-0.3179	2.3528	-0.2685	0.2541	-0.3885	-0.3029	0.1869	-0.2143	0.33	0.206	-0.0047	0.6345	-0.0504	0.0939	0.6486	-0.2411	0.5514	24.6331	-3.8479	-33.1692
18	3.0055	0.413	0.556	1.3171	0.7324	3.5867	-0.1342	0.4923	-0.2137	-0.3875	0.2736	0.0986	0.2019	-0.3083	-0.114	0.4623	-0.1267	0.0825	0.6318	-0.0836	0.3967	13.2619	1.2973	-29.7789
19	1.8941	-0.4639	-0.5011	2.5516	0.9689	2.7289	-0.2591	0.2903	-0.2853	-0.0308	0.146	0.2028	0.3561	-0.3716	0.1348	0.507	-0.1451	0.039	0.5105	-0.1115	0.5128	7.8482	-2.9597	-21.8391
20	3.8185	-0.5039	-2.0501	2.6084	0.2769	2.7799	-0.2356	0.1438	-0.649	0.0139	0.0669	-0.3261	0.8836	0.374	0.0099	0.6297	0.061	0.056	0.6431	-0.2154	0.7781	30.4869	-15.486	-24.0908
21	3.3051	0.4796	0.2252	3.1168	-3.6623	4.6953	0.0014	-0.2749	0.2396	0.887	-0.2433	-0.3521	-0.2928	0.7649	0.0653	0.978	-0.122	0.0548	0.8293	-0.2159	0.648	25.7044	98.2624	83.6429
22	0.0388	-0.0076	-0.0169	0.0003	0.0116	0.0654	-0.1327	0.7323	-0.6453	0.6173	0.3037	-0.6669	1.7741	-0.9613	0.0962	1.5637	-0.0323	-0.3015	1.3232	-0.2297	1.4419	39.8489	79.2495	76.287
23	0.2242	-0.076	-0.209	0.6632	1.0663	1.5365	-0.0558	-0.0278	-0.0334	0.3798	0.3775	-0.3575	0.5219	0.5966	-0.4255	0.4975	0.0533	0.067	0.6848	-0.2034	0.6427	42.9197	29.9181	4.6651
24	3.5043	0.8909	-1.5425	3.7903	0.5089	4.4687	-0.1632	0.574	-0.7646	-0.2629	0.192	-0.3764	1.361	-0.3883	-0.0402	0.9225	-0.0789	0.0745	0.6344	-0.1636	0.6623	6.1978	56.5868	69.7534
25	2.6272	0.289	-1.0397	2.7431	-0.9149	3.5111	-0.2793	-0.8539	-0.4348	0.5439	-0.0494	-0.5807	0.5612	0.8033	0.2399	0.8573	0.2132	0.0424	0.7571	0.0916	0.7489	10.5362	60.3916	101.1518
26	0.4435	-0.1057	-0.0811	0.7157	-0.3983	0.3002	-0.3694	-0.1732	-1.0544	0.2543	0.1808	-0.6947	1.2238	0.8801	0.3107	1.701	0.3698	0.2028	1.2505	0.2297	1.5921	5.5814	43.6784	103.4404
27	2.1735	0.1469	-1.2934	0.9339	-0.1641	1.5235	-0.3654	0.16	-0.4515	0.1874	0.2909	0.2324	0.8799	-0.2319	-0.025	0.9503	-0.0179	0.1479	0.4614	0.065	0.6323	-3.5253	57.8985	91.7911

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 273 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 274 through 311 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 312 through 439 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 59 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 60 through 88 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 89 through 238 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 239 through 259 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 260 through 372 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 373 through 438 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 1 through 72 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 73 through 102 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 103 through 199 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 200 through 311 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 312 through 372 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 373 through 440 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 1 through 127 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 128 through 214 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 215 through 268 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 269 through 401 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 402 through 441 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 6 through 25 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 26 through 46 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 47 through 141 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 1 through 66 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'F' and (resid 67 through 218 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'F' and (resid 219 through 249 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'F' and (resid 250 through 378 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

-
非ポリマー , 7種, 35分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

-非ポリマー , 7種, 35分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

-
非ポリマー , 7種, 35分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)