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Yorodumi- PDB-8clh: Drug cocktail (Colchicine, Epothilone A, Peloruside, Ansamitocin ... -
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8clh | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Drug cocktail (Colchicine, Epothilone A, Peloruside, Ansamitocin P3, Vinblastine) bound to tubulin (T2R-TTL) complex | ||||||||||||
Components |
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Keywords | CELL CYCLE / Drug-tubulin-complex Cell cycle inhibition | ||||||||||||
| Function / homology | Function and homology informationtubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / cellular response to interleukin-4 / tubulin binding / spindle microtubule / protein modification process ...tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / cellular response to interleukin-4 / tubulin binding / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron migration / neuron projection development / mitotic cell cycle / double-stranded RNA binding / microtubule cytoskeleton / growth cone / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement / microtubule / neuron projection / cilium / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||||||||
| Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / FREE ELECTRON LASER / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | ||||||||||||
Authors | Wranik, M. / Bertrand, Q. / Kepa, M.W. / Weinert, T. / Steinmetz, M. / Standfuss, J. | ||||||||||||
| Funding support | Switzerland, 3items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2023Title: A multi-reservoir extruder for time-resolved serial protein crystallography and compound screening at X-ray free-electron lasers. Authors: Wranik, M. / Kepa, M.W. / Beale, E.V. / James, D. / Bertrand, Q. / Weinert, T. / Furrer, A. / Glover, H. / Gashi, D. / Carrillo, M. / Kondo, Y. / Stipp, R.T. / Khusainov, G. / Nass, K. / ...Authors: Wranik, M. / Kepa, M.W. / Beale, E.V. / James, D. / Bertrand, Q. / Weinert, T. / Furrer, A. / Glover, H. / Gashi, D. / Carrillo, M. / Kondo, Y. / Stipp, R.T. / Khusainov, G. / Nass, K. / Ozerov, D. / Cirelli, C. / Johnson, P.J.M. / Dworkowski, F. / Beale, J.H. / Stubbs, S. / Zamofing, T. / Schneider, M. / Krauskopf, K. / Gao, L. / Thorn-Seshold, O. / Bostedt, C. / Bacellar, C. / Steinmetz, M.O. / Milne, C. / Standfuss, J. | ||||||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 8clh.cif.gz | 913.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8clh.ent.gz | 757.5 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8clh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8clh_validation.pdf.gz | 4.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8clh_full_validation.pdf.gz | 4.3 MB | Display | |
| Data in XML | 8clh_validation.xml.gz | 52.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 8clh_validation.cif.gz | 76 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/8clh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/8clh | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 8cl5C ![]() 8cl6C ![]() 8cl7C ![]() 8cl8C ![]() 8cl9C ![]() 8clbC ![]() 8clcC ![]() 8cldC ![]() 8cleC ![]() 8clfC ![]() 8clgC C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 4 types, 6 molecules ACBDEF
| #1: Protein | Mass: 48966.324 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() #2: Protein | Mass: 48260.215 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() #3: Protein | | Mass: 16282.527 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #4: Protein | | Mass: 43964.059 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
|---|
-Non-polymers , 11 types, 143 molecules 




















| #5: Chemical | | #6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Chemical | #8: Chemical | #9: Chemical | ChemComp-LOC / | #10: Chemical | #11: Chemical | ChemComp-POU / | #12: Chemical | ChemComp-VLB / ( | #13: Chemical | ChemComp-BKF / ( | #14: Chemical | ChemComp-ACP / | #15: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.16 Å3/Da / Density % sol: 61.06 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: small tubes / pH: 6.5 Details: 6% PEG4000 (w/v), 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 293 K / Serial crystal experiment: Y |
|---|---|
| Diffraction source | Source: FREE ELECTRON LASER / Site: SwissFEL ARAMIS / Beamline: ESA / Wavelength: 1.03 Å |
| Detector | Type: PSI JUNGFRAU 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 28, 2020 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.03 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.4→15.29 Å / Num. obs: 121575 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 350.9 % / CC1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 6.15 |
| Reflection shell | Resolution: 2.4→2.5 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.77 / Num. unique obs: 12016 / CC1/2: 0.321 |
| Serial crystallography sample delivery | Method: injection |
| Serial crystallography sample delivery injection | Carrier solvent: Hydroxyethylcellulose / Description: High-viscosity injection / Injector diameter: 75 µm |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5→15.29 Å / SU ML: 0.34 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 25.18 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→15.29 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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