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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8c58 | |||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | CpG specific M.MpeI methyltransferase crystallized in the presence of 5-hydroxycytosine and 5-methylcytosine containing dsDNA | |||||||||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / M.MpeI / DNA methyltransferase (DNAメチルトランスフェラーゼ) / DNA (デオキシリボ核酸) / 5-methylcytosine (5-メチルシトシン) / 5-hydroxycytosine / 5mC / 5OHC / CpG | |||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNAメチルトランスフェラーゼ / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / DNA restriction-modification system 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Malacoplasma penetrans HF-2 (バクテリア) synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | |||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Wojciechowski, M. / Czapinska, H. / Krwawicz, J. / Rafalski, D. / Bochtler, M. | |||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ポーランド, European Union, 8件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cytosine analogues as DNA methyltransferase substrates and inhibitors 著者: Wojciechowski, M. / Czapinska, H. / Krwawicz, J. / Rafalski, D. / Bochtler, M. #1: ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2013 タイトル: CpG underrepresentation and the bacterial CpG-specific DNA methyltransferase M.MpeI. 著者: Wojciechowski, M. / Czapinska, H. / Bochtler, M. #2: ジャーナル: Science / 年: 2012 タイトル: Structure-based mechanistic insights into DNMT1-mediated maintenance DNA methylation. 著者: Song, J. / Teplova, M. / Ishibe-Murakami, S. / Patel, D.J. | |||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8c58.cif.gz | 248.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8c58.ent.gz | 197.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8c58.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/8c58 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/8c58 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 46238.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Malacoplasma penetrans HF-2 (バクテリア) 株: HF-2 / 遺伝子: MYPE4940 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 2566 / 参照: UniProt: Q8EVR5 |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 BC
#2: DNA鎖 | 分子量: 4265.782 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物) |
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#3: DNA鎖 | 分子量: 4325.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 4種, 559分子
#4: 化合物 | ChemComp-SAM / | ||||
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#5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 化合物 | ChemComp-CO3 / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.34 % |
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結晶化 | 温度: 294 K 詳細: Since the pH of the crystallization drop (reservoir buffer pH 5.6) was close to the pK for the HCO3-/CO32-+H+ equilibrium (pKa=6.1), a mixture of carbonate and hydrogencarbonate is likely present in the crystal. 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 10% PEG 3350, 150 mM NaCl, 50 mM sodium citrate (final pH, 5.6). For cryoprotection glycerol was added to 25% v/v |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.2782 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.2782 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→20 Å / Num. obs: 54230 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.67 % / Biso Wilson estimate: 43.5 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.048 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 21.76 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.96 Å / 冗長度: 5.66 % / Mean I/σ(I) obs: 1.97 / Num. unique obs: 8502 / CC1/2: 0.737 / Rrim(I) all: 1.067 / Rsym value: 0.967 / % possible all: 99 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4DKJ 解像度: 1.85→19.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 6.808 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGEN ATOMS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES : WITH TLS ADDED SOLVENT MOLECULES HAVE BEEN MODELLED TENTATIVELY. S-ADENOSYLMETHIONINE (SAM) HAS BEEN MODELLED IN THE CO- ...詳細: HYDROGEN ATOMS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES : WITH TLS ADDED SOLVENT MOLECULES HAVE BEEN MODELLED TENTATIVELY. S-ADENOSYLMETHIONINE (SAM) HAS BEEN MODELLED IN THE CO-SUBSTRATE BINDING POCKET BUT ONLY PARTS OF THE MOLECULE CORRESPONDING TO ITS BASE AND AMINO ACID END ARE RESOLVED IN THE ELECTRON DENSITY. THE CENTRAL PART OF THE CO-SUBSTRATE COULD NOT BE UNAMBIGUOUSLY TRACED, WHICH MAY BE DUE TO ITS DECOMPOSITION TO HOMOSERINE LACTONE (HSL) AND METHYLTHIOADENOSINE (MTA). THE RESIDUAL DIFFERENCE DENSITY NEXT TO THE SUBSTRATE BASE LIKELY RESULTS FROM THE RESIDUAL PRESENCE OF THE ACTIVE SITE LOOP IN THE "IN" CONFORMATION BUT THE OCCUPANCY OF THIS CONFORMER WAS TOO LOW TO BE INCLUDED IN THE MODEL.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.188 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.85→19.95 Å
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拘束条件 |
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