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- PDB-8brs: Crystal structure of a variant of penicillin G acylase from Bacil... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8brs | ||||||
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Title | Crystal structure of a variant of penicillin G acylase from Bacillaceae i. s. sp. FJAT-27231 with reduced surface entropy and additionally engineered crystal contact. | ||||||
![]() | (Penicillin G ...) x 2 | ||||||
![]() | HYDROLASE / Penicillin / Acylase / Surface entropy reduction / Crystal contact engineering / Crystallizability | ||||||
Function / homology | ![]() hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / antibiotic biosynthetic process / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wichmann, J. / Mayer, J. / Mattes, H. / Lukat, P. / Blankenfeldt, W. / Biedendieck, R. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Multistep Engineering of a Penicillin G Acylase for Systematic Improvement of Crystallization Efficiency Authors: Wichmann, J. / Mayer, J. / Hintmann, M. / Lukat, P. / Blankenfeldt, W. / Biedendieck, R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 367.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 453.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 454.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 34.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 54.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8brqC ![]() 8brrC ![]() 8brtC ![]() 6nvxS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Penicillin G ... , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 24683.795 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: K201A, K202A, E203A Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: penicillin G acylase, alpha-subunit, Surface entropy reduction variant (variant hypho_4) Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: Protein | Mass: 61386.867 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: K135A, E136A, K137A, K403A, E404A, E405A, K408L Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: penicillin G acylase, beta-subunit, Surface entropy reduction variant (variant hypho_4) Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
-Non-polymers , 4 types, 848 molecules ![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/BU3.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/BU3.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | ChemComp-EPE / | ||||
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#4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 51.07 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: microbatch / pH: 7.5 Details: 100 mM HEPES pH 7.5 30 mg/ml PEG 8000 Microbatch under paraffin oil Cryoprotection: 10 % (v/v) 2,3-(R,R)-butanediol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Sep 8, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.2→82.13 Å / Num. obs: 261459 / % possible obs: 96.3 % / Redundancy: 11.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.056 / Χ2: 0.87 / Net I/σ(I): 21.9 / Num. measured all: 3042104 |
Reflection shell | Resolution: 1.2→1.26 Å / % possible obs: 79.1 % / Redundancy: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.536 / Num. measured all: 202112 / Num. unique obs: 31090 / CC1/2: 0.874 / Rpim(I) all: 0.221 / Rrim(I) all: 0.583 / Χ2: 0.53 / Net I/σ(I) obs: 2.7 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6NVX Resolution: 1.2→46.04 Å / SU ML: 0.09 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 14.69 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.2→46.04 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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