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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8brq | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a surface entropy reduction variant of penicillin G acylase from Bacillaceae i. s. sp. FJAT-27231 | ||||||
![]() | (Penicillin G ...) x 2 | ||||||
![]() | HYDROLASE / Penicillin / Acylase / Surface entropy reduction / Crystal contact engineering / Crystallizability | ||||||
機能・相同性 | ![]() hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / antibiotic biosynthetic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wichmann, J. / Mayer, J. / Mattes, H. / Lukat, P. / Blankenfeldt, W. / Biedendieck, R. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Multistep Engineering of a Penicillin G Acylase for Systematic Improvement of Crystallization Efficiency 著者: Wichmann, J. / Mayer, J. / Hintmann, M. / Lukat, P. / Blankenfeldt, W. / Biedendieck, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 455.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 375.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 451.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 451.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 55.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8brrC ![]() 8brsC ![]() 8brtC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-Penicillin G ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 24683.795 Da / 分子数: 1 / 変異: K201A, K202A, E203A / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Surface entropy reduction variant of penicillin G acylase, alpha-subunit (base variant) 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: AC623_04440 / 発現宿主: ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 61402.891 Da / 分子数: 1 / 変異: K135A, E136A, K403A, E404A, E405A / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Surface entropy reduction variant of penicillin G acylase, beta-subunit (base variant) 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: AC623_04440 / 発現宿主: ![]() |
-非ポリマー , 4種, 866分子 






#3: 化合物 | ChemComp-EPE / | ||||
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#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.65 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM HEPES pH 7.5 8 % (w/v) PEG 8000 Cryo-protection: 10 % (v/v) 2,3-(R,R)-butanediol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.63→82.51 Å / Num. obs: 109974 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.091 / Χ2: 0.91 / Net I/σ(I): 15.4 / Num. measured all: 940666 |
反射 シェル | 解像度: 1.63→1.72 Å / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.901 / Num. measured all: 127907 / Num. unique obs: 15686 / CC1/2: 0.805 / Rpim(I) all: 0.33 / Rrim(I) all: 0.962 / Χ2: 0.76 / Net I/σ(I) obs: 2.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.63→52.53 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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