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- PDB-8brq: Crystal structure of a surface entropy reduction variant of penic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8brq
タイトルCrystal structure of a surface entropy reduction variant of penicillin G acylase from Bacillaceae i. s. sp. FJAT-27231
要素(Penicillin G ...) x 2
キーワードHYDROLASE / Penicillin / Acylase / Surface entropy reduction / Crystal contact engineering / Crystallizability
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / antibiotic biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Penicillin/GL-7-ACA/AHL acylase / Penicillin/GL-7-ACA/AHL/aculeacin-A acylase / Penicillin amidase type, domain 1 / Penicillin amidase type, N-terminal domain, B-knob / Penicillin amidase type, A-knob / Penicillin amidase / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
(R,R)-2,3-BUTANEDIOL / Penicillin G acylase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus sp. FJAT-27231 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Wichmann, J. / Mayer, J. / Mattes, H. / Lukat, P. / Blankenfeldt, W. / Biedendieck, R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Cryst.Growth Des. / : 2023
タイトル: Multistep Engineering of a Penicillin G Acylase for Systematic Improvement of Crystallization Efficiency
著者: Wichmann, J. / Mayer, J. / Hintmann, M. / Lukat, P. / Blankenfeldt, W. / Biedendieck, R.
履歴
登録2022年11月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Penicillin G acylase
B: Penicillin G acylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,6768
ポリマ-86,0872
非ポリマー5896
15,493860
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13610 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area27540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.252, 102.105, 140.079
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Penicillin G ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Penicillin G acylase


分子量: 24683.795 Da / 分子数: 1 / 変異: K201A, K202A, E203A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Surface entropy reduction variant of penicillin G acylase, alpha-subunit (base variant)
由来: (組換発現) Bacillus sp. FJAT-27231 (バクテリア)
遺伝子: AC623_04440 / 発現宿主: Priestia megaterium (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A0K9H482
#2: タンパク質 Penicillin G acylase


分子量: 61402.891 Da / 分子数: 1 / 変異: K135A, E136A, K403A, E404A, E405A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Surface entropy reduction variant of penicillin G acylase, beta-subunit (base variant)
由来: (組換発現) Bacillus sp. FJAT-27231 (バクテリア)
遺伝子: AC623_04440 / 発現宿主: Priestia megaterium (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A0K9H482

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非ポリマー , 4種, 866分子

#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-BU3 / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / (2R,3R)-2,3-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C4H10O2
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / : Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 860 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES pH 7.5 8 % (w/v) PEG 8000 Cryo-protection: 10 % (v/v) 2,3-(R,R)-butanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→82.51 Å / Num. obs: 109974 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.091 / Χ2: 0.91 / Net I/σ(I): 15.4 / Num. measured all: 940666
反射 シェル解像度: 1.63→1.72 Å / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.901 / Num. measured all: 127907 / Num. unique obs: 15686 / CC1/2: 0.805 / Rpim(I) all: 0.33 / Rrim(I) all: 0.962 / Χ2: 0.76 / Net I/σ(I) obs: 2.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20-4459精密化
autoPROCdata processing
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.63→52.53 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1678 5451 4.96 %
Rwork0.143 --
obs0.1442 109877 99.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→52.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5837 0 35 860 6732
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096175
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9768357
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3782292
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056851
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0111088
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.63-1.650.27561830.23563323X-RAY DIFFRACTION97
1.65-1.670.24511690.21473425X-RAY DIFFRACTION99
1.67-1.690.22891850.19733418X-RAY DIFFRACTION100
1.69-1.710.20721510.18353448X-RAY DIFFRACTION98
1.71-1.730.21331770.17573429X-RAY DIFFRACTION100
1.73-1.750.19231790.17133436X-RAY DIFFRACTION98
1.75-1.780.19731930.16593414X-RAY DIFFRACTION100
1.78-1.810.19211710.16693444X-RAY DIFFRACTION98
1.81-1.830.18112020.16373423X-RAY DIFFRACTION100
1.83-1.860.19272050.16373432X-RAY DIFFRACTION99
1.86-1.90.21341570.16333474X-RAY DIFFRACTION100
1.9-1.930.18191640.17053423X-RAY DIFFRACTION99
1.93-1.970.18971910.15353482X-RAY DIFFRACTION100
1.97-2.010.18611890.15023408X-RAY DIFFRACTION99
2.01-2.050.18391810.14383475X-RAY DIFFRACTION99
2.05-2.10.15031790.13713506X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.150.1661780.13543438X-RAY DIFFRACTION99
2.15-2.210.151680.13563504X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.270.16861640.13223511X-RAY DIFFRACTION100
2.27-2.350.16261740.12963498X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.430.14031810.12833481X-RAY DIFFRACTION99
2.43-2.530.15011910.13243473X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.640.16541650.13273531X-RAY DIFFRACTION100
2.64-2.780.17041780.1373533X-RAY DIFFRACTION100
2.78-2.960.17821900.1413506X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.190.15041950.14343523X-RAY DIFFRACTION100
3.19-3.510.15761790.13323564X-RAY DIFFRACTION100
3.51-4.010.15812080.133545X-RAY DIFFRACTION100
4.01-5.060.13392090.11753586X-RAY DIFFRACTION100
5.06-52.530.18721950.16253773X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5273-2.6151.57332.4557-2.26523.1678-0.3735-0.45170.22510.79140.0973-0.5244-0.62050.38190.23270.2947-0.0164-0.09060.3198-0.01890.233917.0859-3.606245.6206
21.15470.1371-0.11291.06480.41841.1054-0.0027-0.1526-0.0330.1275-0.01590.07-0.0004-0.01820.01990.19670.01060.00550.19080.02160.1391-4.5175-10.773746.04
34.2970.73820.32760.7984-0.10031.4829-0.04470.2464-0.2798-0.08890.04810.02730.0827-0.0806-0.00910.1719-0.0038-0.02240.0922-0.02430.1716-19.1508-18.096510.5937
40.683-0.1601-0.01970.5489-0.04850.8028-0.0261-0.0317-0.00830.04510.0159-0.0292-0.03320.09930.01340.1360.0139-0.00310.1291-0.00030.12855.1424-11.239727.893
51.82982.47251.53444.09591.85391.53650.1905-0.57120.11710.8249-0.81821.03930.5741-0.70940.53650.3815-0.12490.16650.4203-0.04010.4456-26.8043-23.527742.1146
61.60780.27430.20660.786-0.01330.64560.0139-0.0769-0.21180.0032-0.00320.09740.1175-0.0517-0.01560.15860.00710.00460.1170.00590.1848-5.1149-25.020426.4647
71.45560.25610.63651.3542-0.3120.57210.01820.1189-0.0958-0.0782-0.00410.05190.05160.0518-0.01420.16530.01070.00970.1621-0.0320.1374-1.8334-17.085913.2231
82.1501-1.00871.42721.1838-0.47631.41880.05060.37080.0954-0.1577-0.1038-0.082-0.07010.23830.04880.15670.00030.01730.15970.01990.10920.1393-0.16446.3034
92.2866-0.20621.67331.6930.49284.7437-0.20880.27110.3314-0.3744-0.0973-0.0744-0.57770.07970.30870.2951-0.0045-0.0070.14090.03970.2003-6.571813.4642.6675
101.18310.6339-0.04381.527-0.61740.7804-0.00090.05380.0113-0.0380.03670.1696-0.0618-0.1208-0.0310.15580.0208-0.02020.1797-0.00790.149-19.4843-4.02746.3551
111.17840.07441.46380.79680.53352.4681-0.1558-0.07530.2687-0.1643-0.0510.1016-0.4852-0.29620.20640.30460.0511-0.03390.2193-0.00310.2287-15.293312.71897.2648
120.65750.239-0.52860.498-0.25741.77-0.0489-0.08950.07130.08940.03870.0608-0.2353-0.18030.00540.19740.008-0.02060.1823-0.0270.1872-1.33592.122329.6336
130.9037-0.3544-1.05381.07590.67631.8135-0.0571-0.23790.14280.1240.1019-0.1209-0.13230.2787-0.05250.2124-0.0332-0.03230.2149-0.02190.204211.18763.837534.5528
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 25 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 26 through 152 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 153 through 197 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 81 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 82 through 124 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 125 through 229 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 230 through 265 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 266 through 313 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 314 through 345 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 346 through 402 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 403 through 442 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 443 through 473 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 474 through 527 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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