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万見
- PDB-8br0: ExoY Nucleotidyl Cyclase domain from Vibrio nigripulchritudo MART... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8br0
タイトルExoY Nucleotidyl Cyclase domain from Vibrio nigripulchritudo MARTX toxin (residue Q3455 to L3863) in complex with 3'deoxyCTP and two manganese cations bound to Latrunculin-B-ADP-Mn-actin
要素
  • Actin, alpha skeletal muscle, intermediate form
  • Putative Adenylate cyclase,Profilin-1
キーワードTOXIN / bacterial nucleotidyl cyclase toxin / activated complex
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium- and calmodulin-responsive adenylate cyclase activity / modification of postsynaptic actin cytoskeleton / synapse maturation / negative regulation of actin filament bundle assembly / adenyl-nucleotide exchange factor activity / positive regulation of actin filament bundle assembly / negative regulation of actin filament polymerization / adenylate cyclase / regulation of actin filament polymerization / Signaling by ROBO receptors ...calcium- and calmodulin-responsive adenylate cyclase activity / modification of postsynaptic actin cytoskeleton / synapse maturation / negative regulation of actin filament bundle assembly / adenyl-nucleotide exchange factor activity / positive regulation of actin filament bundle assembly / negative regulation of actin filament polymerization / adenylate cyclase / regulation of actin filament polymerization / Signaling by ROBO receptors / positive regulation of ATP-dependent activity / proline-rich region binding / positive regulation of ruffle assembly / PCP/CE pathway / negative regulation of stress fiber assembly / host cell cytosol / cytoskeletal motor activator activity / positive regulation of actin filament polymerization / myosin heavy chain binding / tropomyosin binding / troponin I binding / filamentous actin / mesenchyme migration / actin filament bundle / actin filament bundle assembly / skeletal muscle myofibril / striated muscle thin filament / skeletal muscle thin filament assembly / positive regulation of epithelial cell migration / actin monomer binding / stress fiber / skeletal muscle fiber development / titin binding / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / actin filament polymerization / phosphotyrosine residue binding / filopodium / actin filament / neural tube closure / RHO GTPases Activate Formins / modulation of chemical synaptic transmission / small GTPase binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / calcium-dependent protein binding / Platelet degranulation / lamellipodium / transferase activity / actin binding / cell body / actin cytoskeleton organization / toxin activity / cell cortex / blood microparticle / cytoskeleton / hydrolase activity / protein stabilization / cadherin binding / protein domain specific binding / cysteine-type endopeptidase activity / focal adhesion / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / host cell plasma membrane / glutamatergic synapse / magnesium ion binding / proteolysis / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Yersinia/Haemophilus virulence surface antigen / RtxA toxin / RtxA repeat / Peptidase C58, YopT-type domain / Profilin1/2/3, vertebrate / Dermonecrotic/RTX toxin, membrane localization domain / Anthrax toxin, edema factor, central / Anthrax toxin, edema factor, C-terminal / Anthrax toxin, edema factor, central domain superfamily / Anthrax toxin LF subunit ...Yersinia/Haemophilus virulence surface antigen / RtxA toxin / RtxA repeat / Peptidase C58, YopT-type domain / Profilin1/2/3, vertebrate / Dermonecrotic/RTX toxin, membrane localization domain / Anthrax toxin, edema factor, central / Anthrax toxin, edema factor, C-terminal / Anthrax toxin, edema factor, central domain superfamily / Anthrax toxin LF subunit / Membrane Localization Domain / Profilin conserved site / Profilin signature. / Profilin / Profilin / : / Profilin / Profilin superfamily / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / Peptidase C80 family / CGT/MARTX cysteine protease (CPD) domain profile. / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / 3'-DEOXY-CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / LATRUNCULIN B / : / Putative Adenylate cyclase / Profilin-1 / Actin, alpha skeletal muscle
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio nigripulchritudo SFn135 (バクテリア)
Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.218 Å
データ登録者Texeira-Nuns, M. / Retailleau, P. / Renault, L.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-18-CE44-0001 フランス
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2023
タイトル: Functional and structural insights into the multi-step activation and catalytic mechanism of bacterial ExoY nucleotidyl cyclase toxins bound to actin-profilin.
著者: Teixeira-Nunes, M. / Retailleau, P. / Raoux-Barbot, D. / Comisso, M. / Missinou, A.A. / Velours, C. / Plancqueel, S. / Ladant, D. / Mechold, U. / Renault, L.
履歴
登録2022年11月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Actin, alpha skeletal muscle, intermediate form
B: Putative Adenylate cyclase,Profilin-1
C: Actin, alpha skeletal muscle, intermediate form
D: Putative Adenylate cyclase,Profilin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,10016
ポリマ－214,1914
非ポリマー2,90912
水9,746541
1
A: Actin, alpha skeletal muscle, intermediate form
B: Putative Adenylate cyclase,Profilin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,5508
ポリマ－107,0952
非ポリマー1,4556
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5960 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area31640 Å2
手法PISA
2
C: Actin, alpha skeletal muscle, intermediate form
D: Putative Adenylate cyclase,Profilin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,5508
ポリマ－107,0952
非ポリマー1,4556
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5940 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area32510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.469, 132.503, 96.217
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.400, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Actin, alpha skeletal muscle, intermediate form


分子量: 41862.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: skeletal muscle / 参照: UniProt: P68135
#2: タンパク質 Putative Adenylate cyclase,Profilin-1 / Epididymis tissue protein Li 184a / Profilin I


分子量: 65232.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio nigripulchritudo SFn135 (バクテリア)
遺伝子: VIBNISFn135_p10220, PFN1 / Cell (発現宿主): BL21(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A6N3LUE9, UniProt: P07737, adenylate cyclase

-
非ポリマー , 5種, 553分子

#3: 化合物 ChemComp-LAB / LATRUNCULIN B / ラトルンクリンB


分子量: 395.513 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H29NO5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 毒素*YM
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-CH1 / 3'-DEOXY-CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / 3′-dCTP


分子量: 467.157 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 541 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.18 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 10mg/mL binary complex in the presence of 15.2 mM 3primedCTP1.6 mM ADP, 20 mM MgCl2, 0.2 mM Latrunculin B, 23 mM KCl, 70 mM LiCl, 8 mM HEPES pH 8.5, 4 mM TCEP and mixed with 17 % PEG4000, 17 ...詳細: 10mg/mL binary complex in the presence of 15.2 mM 3primedCTP1.6 mM ADP, 20 mM MgCl2, 0.2 mM Latrunculin B, 23 mM KCl, 70 mM LiCl, 8 mM HEPES pH 8.5, 4 mM TCEP and mixed with 17 % PEG4000, 17 % Glycerol, 0.01 M Li2SO4, 0.1 M Tris pH 8.5, 5 mM MgCl2, 15 mM MnCl2, 1% 1-Butyl-2,3-dimethylimidazolium tetrafluoroborate (ionic liquid 18 from the Ionic Liquid Screen (Hampton Research)) in a 1:1.2 v/v hanging drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月22日 / 詳細: Bimorph Kirkpatrick-Baez mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.218→48.052 Å / Num. obs: 62059 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 64.232 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.218→2.437 Å / 冗長度: 8.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2919 / CC1/2: 0.59 / Rpim(I) all: 0.471 / % possible all: 49.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (3-FEB-2022)精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
AutoProcess1.0.5データ削減
Aimlessversion 0.7.7データスケーリング
PHASERv1.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PAV

1pav


解像度: 2.218→48.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU R Cruickshank DPI: 0.54 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.527 / SU Rfree Blow DPI: 0.266 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.271
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2428 2974 4.79 %RANDOM
Rwork0.2085 ---
obs0.2102 62059 71.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 191.77 Å2 / Biso mean: 72.02 Å2 / Biso min: 28.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.8889 Å20 Å20.2055 Å2
2---1.8311 Å20 Å2
3----1.0578 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.218→48.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11911 0 170 541 12622
Biso mean--55.97 59.67 -
残基数----1515
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4337SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2136HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it12362HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1628SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10314SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d12362HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg16789HARMONIC20.97
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.03
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.29
LS精密化 シェル解像度: 2.22→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3747 61 4.91 %
Rwork0.2694 1181 -
all0.2747 1242 -
obs--8.43 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.01120.1325-0.16770.28530.05060.98270.0316-0.0716-0.0248-0.07090.15970.0391-0.04930.1826-0.19120.0209-0.03780.02060.0251-0.0488-0.054428.959111.871326.2321
20.28510.4373-0.06341.54920.1145-0.08650.0670.04320.02150.087-0.10240.07420.0013-0.02630.03530.0680.0051-0.0148-0.0384-0.0121-0.0580.0703-13.401520.258
30.0919-0.6679-0.20010.81310.18670.4115-0.2227-0.09380.1808-0.06920.1521-0.23050.1972-0.04070.0705-0.03560.1744-0.0388-0.0345-0.03290.0515-9.4524-19.578462.6664
4-0.0453-0.4131-0.01010.71870.11890.3817-0.0088-0.01570.01460.01950.07620.02130.0150.0186-0.06740.0360.06570.0076-0.01570.0014-0.0357-40.02652.959970.4994
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|5 - A|371 }A5 - 371
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|466 - B| 863 }B466 - 863
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|4 - C|371 }C4 - 371
4X-RAY DIFFRACTION4{ D| 466 - D| 861 }D466 - 861

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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