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万見
- PDB-8bji: chimera of ExoY Nucleotidyl Cyclase domain from Vibrio nigripulch... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bji
タイトルchimera of ExoY Nucleotidyl Cyclase domain from Vibrio nigripulchritudo fused to a proline-Rich-Domain (PRD) and profilin, bound to ADP-Mg-actin and a sulfate ion
要素
  • Actin, alpha skeletal muscle, intermediate form
  • Putative Adenylate cyclase,Profilin-1
キーワードTOXIN / bacterial nucleotidyl cyclase toxin / activated complex
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium- and calmodulin-responsive adenylate cyclase activity / synapse maturation / adenyl-nucleotide exchange factor activity / modification of postsynaptic actin cytoskeleton / negative regulation of actin filament bundle assembly / positive regulation of actin filament bundle assembly / negative regulation of actin filament polymerization / adenylate cyclase / regulation of actin filament polymerization / Signaling by ROBO receptors ...calcium- and calmodulin-responsive adenylate cyclase activity / synapse maturation / adenyl-nucleotide exchange factor activity / modification of postsynaptic actin cytoskeleton / negative regulation of actin filament bundle assembly / positive regulation of actin filament bundle assembly / negative regulation of actin filament polymerization / adenylate cyclase / regulation of actin filament polymerization / Signaling by ROBO receptors / positive regulation of ATP-dependent activity / proline-rich region binding / PCP/CE pathway / positive regulation of ruffle assembly / negative regulation of stress fiber assembly / cytoskeletal motor activator activity / host cell cytosol / myosin heavy chain binding / tropomyosin binding / actin filament bundle / positive regulation of actin filament polymerization / troponin I binding / filamentous actin / mesenchyme migration / actin filament bundle assembly / skeletal muscle myofibril / striated muscle thin filament / skeletal muscle thin filament assembly / positive regulation of epithelial cell migration / actin monomer binding / skeletal muscle fiber development / stress fiber / titin binding / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / actin filament polymerization / phosphotyrosine residue binding / neural tube closure / actin filament / filopodium / RHO GTPases Activate Formins / modulation of chemical synaptic transmission / small GTPase binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / calcium-dependent protein binding / Platelet degranulation / lamellipodium / transferase activity / toxin activity / cell body / actin binding / actin cytoskeleton organization / cell cortex / blood microparticle / cytoskeleton / hydrolase activity / protein stabilization / cadherin binding / protein domain specific binding / cysteine-type endopeptidase activity / focal adhesion / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / host cell plasma membrane / glutamatergic synapse / magnesium ion binding / proteolysis / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Yersinia/Haemophilus virulence surface antigen / RtxA toxin / RtxA repeat / Profilin1/2/3, vertebrate / Peptidase C58, YopT-type domain / Dermonecrotic/RTX toxin, membrane localization domain / Anthrax toxin, edema factor, central / Anthrax toxin, edema factor, C-terminal / Anthrax toxin, edema factor, central domain superfamily / Anthrax toxin LF subunit ...Yersinia/Haemophilus virulence surface antigen / RtxA toxin / RtxA repeat / Profilin1/2/3, vertebrate / Peptidase C58, YopT-type domain / Dermonecrotic/RTX toxin, membrane localization domain / Anthrax toxin, edema factor, central / Anthrax toxin, edema factor, C-terminal / Anthrax toxin, edema factor, central domain superfamily / Anthrax toxin LF subunit / Membrane Localization Domain / Profilin conserved site / Profilin signature. / Profilin / Profilin / : / Profilin / Profilin superfamily / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / Peptidase C80 family / CGT/MARTX cysteine protease (CPD) domain profile. / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / HYDROGEN PEROXIDE / Putative Adenylate cyclase / Profilin-1 / Actin, alpha skeletal muscle
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio nigripulchritudo (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Teixeira-Nunes, M. / Renault, L. / Retailleau, P.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-18-CE44-0004 フランス
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2023
タイトル: Functional and structural insights into the multi-step activation and catalytic mechanism of bacterial ExoY nucleotidyl cyclase toxins bound to actin-profilin.
著者: Teixeira-Nunes, M. / Retailleau, P. / Raoux-Barbot, D. / Comisso, M. / Missinou, A.A. / Velours, C. / Plancqueel, S. / Ladant, D. / Mechold, U. / Renault, L.
履歴
登録2022年11月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Actin, alpha skeletal muscle, intermediate form
B: Putative Adenylate cyclase,Profilin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,13629
ポリマ－107,0952
非ポリマー2,04127
水17,006944
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.974, 62.854, 93.588
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.280, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Actin, alpha skeletal muscle, intermediate form


分子量: 41862.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: skeletal muscle / 参照: UniProt: P68135
#2: タンパク質 Putative Adenylate cyclase,Profilin-1 / MARTX toxin / Epididymis tissue protein Li 184a / Profilin I


分子量: 65232.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: chimera containing ExoY nucleotidyl cyclase domain from Vibrio nigripulchritudo MARTX (amino-acids 4 to 446), fused to a Proline-Rich-Motif (amino-acids 447 to 450) and human profilin 1 ...詳細: chimera containing ExoY nucleotidyl cyclase domain from Vibrio nigripulchritudo MARTX (amino-acids 4 to 446), fused to a Proline-Rich-Motif (amino-acids 447 to 450) and human profilin 1 (amino-acids 453 to 591, Uniprot: P07737)
由来: (組換発現) Vibrio nigripulchritudo (バクテリア), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: VIBNISFn135_p10220, PFN1 / Cell (発現宿主): BL21(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A6N3LUE9, UniProt: P07737, adenylate cyclase

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非ポリマー , 8種, 971分子

#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 化合物
ChemComp-PEO / HYDROGEN PEROXIDE


分子量: 34.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O2
#9: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 944 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.5
詳細: 30% peg 4000, 0.2 M Lithium Sulfate (LiSO4), 0.1 M TrisHCl pH8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→61.81 Å / Num. obs: 83837 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 1.64→1.82 Å / Rmerge(I) obs: 1.094 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4192

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3 (20-MAY-2020)精密化
AutoProcess1.0.5 (20200206)data processing
XDSVersion Jan 31, 2020 BUILT=20200131データ削減
AimlessVersion 0.7.4データスケーリング
STARANISOVersion 2.3.24 (29-Jan-2020)データスケーリング
PHASERVersion 2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2PAV

2pav


解像度: 1.75→25.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU R Cruickshank DPI: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.138 / SU Rfree Blow DPI: 0.126 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.121
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2121 4141 5.04 %RANDOM
Rwork0.1753 ---
obs0.1772 82105 85.4 %-
原子変位パラメータBiso max: 92.73 Å2 / Biso mean: 30.28 Å2 / Biso min: 12.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.0937 Å20 Å20.4811 Å2
2--0.171 Å20 Å2
3----0.2647 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→25.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6726 0 125 944 7795
Biso mean--42.05 38.89 -
残基数----864
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2506SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1234HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7126HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion929SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7067SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d7126HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg9661HARMONIC20.92
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.31
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.83
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.8 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2688 70 4.26 %
Rwork0.2246 1573 -
all0.2267 1643 -
obs--22.2 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 26.3109 Å / Origin y: 0.1767 Å / Origin z: 11.3893 Å
111213212223313233
T-0.0036 Å2-0.0091 Å20.0082 Å2--0.0182 Å2-0.0113 Å2---0.0058 Å2
L0.0497 °2-0.0253 °20.0974 °2-0.0048 °20.0096 °2--0.3795 °2
S-0.0085 Å °0.0078 Å °0.0144 Å °0.0017 Å °-0.0069 Å °-0.0184 Å °-0.0044 Å °-0.0251 Å °0.0154 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A | * }
2X-RAY DIFFRACTION1{ B | * }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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