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- PDB-8bii: O-Methyltransferase Plu4895 (mutant H229N) in complex with SAH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bii
タイトルO-Methyltransferase Plu4895 (mutant H229N) in complex with SAH
要素methyltransferase Plu4895 H229N mutant
キーワードTRANSFERASE / methyltransferase / polyketide / anthraquinone
機能・相同性
機能・相同性情報


O-methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能
O-methyltransferase domain / O-methyltransferase COMT-type / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Photorhabdus laumondii subsp. laumondii TTO1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Huber, E.M. / Groll, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: A set of closely related methyltransferases for site-specific tailoring of anthraquinone pigments.
著者: Huber, E.M. / Kreling, L. / Heinrich, A.K. / Dunnebacke, M. / Pothig, A. / Bode, H.B. / Groll, M.
履歴
登録2022年11月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年5月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.42024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: methyltransferase Plu4895 H229N mutant
B: methyltransferase Plu4895 H229N mutant
C: methyltransferase Plu4895 H229N mutant
D: methyltransferase Plu4895 H229N mutant
E: methyltransferase Plu4895 H229N mutant
F: methyltransferase Plu4895 H229N mutant
G: methyltransferase Plu4895 H229N mutant
H: methyltransferase Plu4895 H229N mutant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)310,40517
ポリマ－307,2948
非ポリマー3,1119
水93752
1
A: methyltransferase Plu4895 H229N mutant
B: methyltransferase Plu4895 H229N mutant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,5924
ポリマ－76,8242
非ポリマー7692
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6580 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area25870 Å2
手法PISA
2
C: methyltransferase Plu4895 H229N mutant
H: methyltransferase Plu4895 H229N mutant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,5924
ポリマ－76,8242
非ポリマー7692
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6560 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area25180 Å2
手法PISA
3
D: methyltransferase Plu4895 H229N mutant
ヘテロ分子

G: methyltransferase Plu4895 H229N mutant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,5924
ポリマ－76,8242
非ポリマー7692
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area6640 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area25570 Å2
手法PISA
4
E: methyltransferase Plu4895 H229N mutant
F: methyltransferase Plu4895 H229N mutant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,6285
ポリマ－76,8242
非ポリマー8043
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6640 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area25810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.920, 98.300, 531.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
methyltransferase Plu4895 H229N mutant


分子量: 38411.805 Da / 分子数: 8 / 変異: H229N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Photorhabdus laumondii subsp. laumondii TTO1 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6L9JQS9
#2: 化合物
ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.86 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M Sodium citrate, 0.1 M bis-tris propane pH 7.5, 20% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→49 Å / Num. obs: 76974 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.592 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 7541

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8BIG

8big


解像度: 2.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 46.471 / SU ML: 0.394 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.428 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28129 3845 5 %RANDOM
Rwork0.23505 ---
obs0.23734 73065 98.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 73.643 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.56 Å2-0 Å20 Å2
2--2.37 Å2-0 Å2
3---1.19 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20366 0 209 52 20627
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.01320998
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01620079
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1471.62828369
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0311.58646367
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.68352529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.5724.1371037
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.189153856
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8131572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0340.22745
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0223464
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.024600
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7175.14610167
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7175.14610167
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.347.71812679
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.347.71812680
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.3575.12810831
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.3575.12810831
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.7377.67315691
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.49558.07322760
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.49458.07322760
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 274 -
Rwork0.336 5204 -
obs--99.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4505-0.099-0.35570.30170.30541.60350.0149-0.16930.1141-0.037-0.0858-0.0114-0.02170.05840.0710.2337-0.0554-0.03110.4183-0.0520.1825-9.1893-26.6316121.6029
20.62580.0073-0.61210.25830.39271.9453-0.1701-0.0173-0.30590.0234-0.0022-0.0431-0.02870.08560.17230.1761-0.01190.02760.33680.01690.31572.94-46.308891.7776
30.6432-0.2511-0.53980.20120.12462.59550.0585-0.15790.0788-0.1505-0.01690.00050.1096-0.1021-0.04170.3122-0.06210.02440.2719-0.0520.2185-22.8641-52.736953.7009
40.42620.0038-0.55730.2090.21981.81510.0395-0.01030.01020.0072-0.05350.13140.0011-0.05090.0140.4682-0.05420.00850.0543-0.03240.317712.808-78.222138.2569
50.23260.07110.57520.80170.10851.6994-0.08560.01570.0148-0.0650.0861-0.0064-0.02280.2193-0.00040.2209-0.04010.05350.4934-0.0730.140123.5583-99.4638106.7637
60.16820.12940.27220.5288-0.09862.1053-0.0377-0.09930.0853-0.3390.10610.20370.00760.0924-0.06840.4814-0.1172-0.03330.24450.00960.19922.5007-103.296775.2983
70.2347-0.1846-0.58210.77160.48741.5732-0.0512-0.0745-0.0294-0.12630.0013-0.06520.14260.11580.04990.5120.0091-0.03840.06510.05060.2887-22.7494-92.663712.5617
80.45190.1814-0.1780.2275-0.6352.36210.0255-0.03030.0974-0.0449-0.00630.0065-0.1694-0.0084-0.01910.60030.00070.08970.0024-0.01240.2276-15.9123-35.438721.0372
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 900
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 900
3X-RAY DIFFRACTION3C0 - 900
4X-RAY DIFFRACTION4D0 - 900
5X-RAY DIFFRACTION5E0 - 401
6X-RAY DIFFRACTION6F0 - 900
7X-RAY DIFFRACTION7G0 - 900
8X-RAY DIFFRACTION8H0 - 900

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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