+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8bih | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | O-Methyltransferase Plu4890 in complex with SAH and AQ-284b | ||||||
Components | Methyltransferase Plu4890 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / methyltransferase / polyketide / anthraquinone | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Photorhabdus laumondii subsp. laumondii TTO1 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Huber, E.M. / Groll, M. | ||||||
Funding support | 1items
| ||||||
Citation | Journal: Structure / Year: 2023 Title: A set of closely related methyltransferases for site-specific tailoring of anthraquinone pigments. Authors: Huber, E.M. / Kreling, L. / Heinrich, A.K. / Dunnebacke, M. / Pothig, A. / Bode, H.B. / Groll, M. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8bih.cif.gz | 1.5 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb8bih.ent.gz | 1.2 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8bih.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8bih_validation.pdf.gz | 5.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 8bih_full_validation.pdf.gz | 5.7 MB | Display | |
Data in XML | 8bih_validation.xml.gz | 125.1 KB | Display | |
Data in CIF | 8bih_validation.cif.gz | 160.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/8bih ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/8bih | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8bgtSC 8bgxC 8bgyC 8bgzC 8bh0C 8bibC 8bicC 8bidC 8bieC 8bifC 8bigC 8biiC 8bijC 8birC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
4 |
| ||||||||
5 |
| ||||||||
6 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
-Protein , 1 types, 12 molecules ABCDEFGHIJKL
#1: Protein | Mass: 36550.527 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Photorhabdus laumondii subsp. laumondii TTO1 (bacteria) Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A6L9JR93 |
---|
-Non-polymers , 6 types, 212 molecules
#2: Chemical | ChemComp-SAH / #3: Chemical | ChemComp-QOT / #4: Chemical | ChemComp-CL / #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Details
Has ligand of interest | Y |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47.28 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.5 M Lithium chloride, 0.1 M Tris pH 8.5, 28% PEG6000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Oct 15, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→48 Å / Num. obs: 143304 / % possible obs: 92.4 % / Redundancy: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 6.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.659 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 16771 / % possible all: 94.2 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 8BGT Resolution: 2.4→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 40.997 / SU ML: 0.4 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.21 / ESU R Free: 0.358 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 114.88 Å2 / Biso mean: 54.099 Å2 / Biso min: 21.03 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.4→30 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.4→2.462 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|