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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bh0 | ||||||
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タイトル | O-Methyltransferase Plu4890 in complex with SAH and AQ-270b | ||||||
要素 | Methyltransferase Plu4890 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / methyltransferase / polyketide / anthraquinone | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Photorhabdus laumondii subsp. laumondii TTO1 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Huber, E.M. / Groll, M. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2023 タイトル: A set of closely related methyltransferases for site-specific tailoring of anthraquinone pigments. 著者: Huber, E.M. / Kreling, L. / Heinrich, A.K. / Dunnebacke, M. / Pothig, A. / Bode, H.B. / Groll, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8bh0.cif.gz | 1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8bh0.ent.gz | 881.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8bh0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8bh0_validation.pdf.gz | 4.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8bh0_full_validation.pdf.gz | 4.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8bh0_validation.xml.gz | 92.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8bh0_validation.cif.gz | 127.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/8bh0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/8bh0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8bgtSC 8bgxC 8bgyC 8bgzC 8bibC 8bicC 8bidC 8bieC 8bifC 8bigC 8bihC 8biiC 8bijC 8birC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH
#1: タンパク質 | 分子量: 36550.527 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Photorhabdus laumondii subsp. laumondii TTO1 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6L9JR93 |
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-非ポリマー , 5種, 879分子
#2: 化合物 | ChemComp-SAH / #3: 化合物 | ChemComp-QPO / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-NA / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.11 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Ammoniumsulfate, 0.1 M MES pH 6.5, 30 % PEG5000MME |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→49 Å / Num. obs: 291332 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 11.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.644 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 45939 / % possible all: 94.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 8BGT 解像度: 1.7→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 5.55 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 76.53 Å2 / Biso mean: 30.708 Å2 / Biso min: 19.08 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.7→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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