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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bid | ||||||
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タイトル | O-Methyltransferase Plu4890 (mutant H229N) in complex with SAH and AQ-270a | ||||||
![]() | methyltransferase Plu4890 H229N mutant | ||||||
![]() | TRANSFERASE / methyltransferase / polyketide / anthraquinone | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Huber, E.M. / Groll, M. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: A set of closely related methyltransferases for site-specific tailoring of anthraquinone pigments. 著者: Huber, E.M. / Kreling, L. / Heinrich, A.K. / Dunnebacke, M. / Pothig, A. / Bode, H.B. / Groll, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 563.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 459.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 51.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 72.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8bgtSC ![]() 8bgxC ![]() 8bgyC ![]() 8bgzC ![]() 8bh0C ![]() 8bibC ![]() 8bicC ![]() 8bieC ![]() 8bifC ![]() 8bigC ![]() 8bihC ![]() 8biiC ![]() 8bijC ![]() 8birC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 36526.480 Da / 分子数: 4 / 変異: H229N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 585分子 ![](data/chem/img/SAH.gif)
![](data/chem/img/QPF.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/QPF.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-SAH / #3: 化合物 | ChemComp-QPF / #4: 化合物 | ChemComp-NA / #5: 化合物 | ChemComp-CL / #6: 化合物 | ChemComp-GOL / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.18 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 25 % PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→49 Å / Num. obs: 159145 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 7.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.626 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 24786 / % possible all: 99.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 8BGT 解像度: 1.75→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 8.915 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 641.01 Å2 / Biso mean: 33.681 Å2 / Biso min: 17.16 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.75→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.75→1.795 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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