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- PDB-8bgy: O-Methyltransferase Plu4890 in complex with SAH and AQ-284a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bgy
タイトルO-Methyltransferase Plu4890 in complex with SAH and AQ-284a
要素Methyltransferase Plu4890
キーワードTRANSFERASE / methyltransferase / polyketide / anthraquinone
機能・相同性
機能・相同性情報


O-methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能
O-methyltransferase domain / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / O-methyltransferase COMT-type / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
1,3-dimethoxy-8-oxidanyl-anthracene-9,10-dione / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Photorhabdus laumondii subsp. laumondii TTO1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Huber, E.M. / Groll, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: A set of closely related methyltransferases for site-specific tailoring of anthraquinone pigments.
著者: Huber, E.M. / Kreling, L. / Heinrich, A.K. / Dunnebacke, M. / Pothig, A. / Bode, H.B. / Groll, M.
履歴
登録2022年10月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年5月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.42024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyltransferase Plu4890
B: Methyltransferase Plu4890
C: Methyltransferase Plu4890
D: Methyltransferase Plu4890
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,93514
ポリマ－146,2024
非ポリマー2,73310
水7,909439
1
A: Methyltransferase Plu4890
B: Methyltransferase Plu4890
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,4747
ポリマ－73,1012
非ポリマー1,3735
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5980 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area25890 Å2
手法PISA
2
D: Methyltransferase Plu4890
ヘテロ分子

C: Methyltransferase Plu4890
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,4617
ポリマ－73,1012
非ポリマー1,3605
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_544-x,y-1/2,-z-11
Buried area6100 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area25950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.130, 77.260, 166.880
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.490, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Methyltransferase Plu4890


分子量: 36550.527 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Photorhabdus laumondii subsp. laumondii TTO1 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6L9JR93

-
非ポリマー , 5種, 449分子

#2: 化合物
ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物
ChemComp-QP3 / 1,3-dimethoxy-8-oxidanyl-anthracene-9,10-dione / 8-ヒドロキシ-1,3-ジメトキシアントラセン-9,10-ジオン


分子量: 284.263 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H12O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 439 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.61 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Sodium acetate, 0.1 M Sodium cacodylate pH 6.5, 30 % PEG8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→48 Å / Num. obs: 116636 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 1.95→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.629 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 15941 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8BGT

8bgt


解像度: 1.95→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 10.023 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.461 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2207 5655 5 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.201 107439 96.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 78.28 Å2 / Biso mean: 38.747 Å2 / Biso min: 22.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.37 Å20 Å20.55 Å2
2---0.73 Å2-0 Å2
3----0.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10296 0 190 440 10926
Biso mean--40.28 42.92 -
残基数----1276
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.01310815
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01610076
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1411.6414600
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0581.58923203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.68751292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.98622.842584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.472151912
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2861557
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0350.21342
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0212271
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022607
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.167320891
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 424 -
Rwork0.291 8047 -
all-8471 -
obs--98.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1341-0.0232-0.08850.0687-0.05380.3966-0.0143-0.03380.00520.00620.0097-0.0012-0.01960.03170.00470.02430.0068-0.02640.059-0.00510.031223.0728-11.30817.2588
20.08050.0229-0.01690.03750.08530.3951-0.01080.01710.0014-0.01110.00480.0056-0.0239-0.01620.00610.0262-0.0046-0.02840.04890.00380.033510.4516-12.2831-18.2837
30.27280.09890.10640.08980.02960.15020.0259-0.0367-0.0140.0143-0.0172-0.00670.0045-0.0115-0.00870.0201-0.0021-0.02510.05650.00130.034427.1236.2353-64.198
40.19670.04280.11520.07370.02740.22110.015-0.0215-0.01280.0107-0.0075-0.0060.00870.0012-0.00750.0172-0.0007-0.02420.05450.0010.0355-3.0117-33.3021-65.0002
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 402
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 402
3X-RAY DIFFRACTION3C0 - 402
4X-RAY DIFFRACTION4D0 - 402

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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