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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bg5 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the SARS-CoV-2 S RBD in complex with pT1631 scFV | |||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN BINDING / PROTEIN BINDING/IMMUNE SYSTEM | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | |||||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Hansen, G. / Ssebyatika, G.L. / Krey, T. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 6件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Activity of broadly neutralizing antibodies against sarbecoviruses: a trade-off between SARS-CoV-2 variants and distant coronaviruses? 著者: Stein, C.S. / Hansen, G. / Ssebyatika, G.L. / Stroeh, L. / Benecke, T. / Menz, S. / Waldmann, J.-Y. / Vollmer, B. / Tipp, S. / Ochulor, O. / Herold, E. / Schwarzloh, B. / Mutschall, D. / ...著者: Stein, C.S. / Hansen, G. / Ssebyatika, G.L. / Stroeh, L. / Benecke, T. / Menz, S. / Waldmann, J.-Y. / Vollmer, B. / Tipp, S. / Ochulor, O. / Herold, E. / Schwarzloh, B. / Mutschall, D. / Zischke, J.-Y. / Cordes, A. / Puppe, W. / Schneider, T. / Hinrichs, I. / Blasczyk, R. / Kleine-Weber, H. / Hoffmann, M. / Hoeper, M. / Kaiser, F.K. / Gonzalez-Hernandez, M. / Armando, F.K. / Ciurkiewicz, M. / Beythien, G. / Poehlmann, S. / Baumgaertner, W. / Gruenewald, K. / Osterhaus, A. / Schulz, T. / Krey, T. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8bg5.cif.gz | 406.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8bg5.ent.gz | 273.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8bg5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8bg5_validation.pdf.gz | 481 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8bg5_full_validation.pdf.gz | 484.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8bg5_validation.xml.gz | 31.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8bg5_validation.cif.gz | 45.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/8bg5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/8bg5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8becC 8bg1C 8bg2C 8bg3C 8bg4C 8bg6C 8bg8C 7choS 7kgjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 29485.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): S2 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) #2: タンパク質 | 分子量: 25349.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: S, 2 / 細胞株 (発現宿主): S2 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 参照: UniProt: P0DTC2 #3: 糖 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.84 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: pT1631-RBD at 15.8 mg/ml using 16 % PEG 4000, 100 mM Tris pH 8.5, 200 mM Li2SO4 as reservoir and micro seeds in 18% PEG 3350, 100 mM citrate pH 4, 200 mM Na3Cit stabilization solution |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→49.25 Å / Num. obs: 79963 / % possible obs: 99.75 % / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 40.89 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.03156 / Rrim(I) all: 0.1174 / Net I/σ(I): 16.31 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.123 Å / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 1.667 / Mean I/σ(I) obs: 1.37 / Num. unique obs: 7760 / CC1/2: 0.674 / CC star: 0.897 / Rpim(I) all: 0.4625 / Rrim(I) all: 1.731 / % possible all: 97.76 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7KGJ, 7CHO 解像度: 2.05→49.25 Å / SU ML: 0.251 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.7729 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.03 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→49.25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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