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- PDB-8bg1: Crystal structure of the SARS-CoV-2 S RBD in complex with pT1511 scFV -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8bg1 | |||||||||||||||||||||
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Title | Crystal structure of the SARS-CoV-2 S RBD in complex with pT1511 scFV | |||||||||||||||||||||
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![]() | PROTEIN BINDING / PROTEIN BINDING/IMMUNE SYSTEM | |||||||||||||||||||||
Function / homology | ![]() Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||||||||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
![]() | Hansen, G. / Ssebyatika, G.L. / Krey, T. | |||||||||||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Activity of broadly neutralizing antibodies against sarbecoviruses: a trade-off between SARS-CoV-2 variants and distant coronaviruses? Authors: Stein, C.S. / Hansen, G. / Ssebyatika, G.L. / Stroeh, L. / Benecke, T. / Menz, S. / Waldmann, J.-Y. / Vollmer, B. / Tipp, S. / Ochulor, O. / Herold, E. / Schwarzloh, B. / Mutschall, D. / ...Authors: Stein, C.S. / Hansen, G. / Ssebyatika, G.L. / Stroeh, L. / Benecke, T. / Menz, S. / Waldmann, J.-Y. / Vollmer, B. / Tipp, S. / Ochulor, O. / Herold, E. / Schwarzloh, B. / Mutschall, D. / Zischke, J.-Y. / Cordes, A. / Puppe, W. / Schneider, T. / Hinrichs, I. / Blasczyk, R. / Kleine-Weber, H. / Hoffmann, M. / Hoeper, M. / Kaiser, F.K. / Gonzalez-Hernandez, M. / Armando, F.K. / Ciurkiewicz, M. / Beythien, G. / Poehlmann, S. / Baumgaertner, W. / Gruenewald, K. / Osterhaus, A. / Schulz, T. / Krey, T. | |||||||||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 832.1 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 85.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 115.7 KB | Display | |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8becC ![]() 8bg2C ![]() 8bg3C ![]() 8bg4C ![]() 8bg5C ![]() 8bg6C ![]() 8bg8C ![]() 4qf1S ![]() 7kgjS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules CFIL
#3: Protein | Mass: 22361.924 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Antibody , 2 types, 8 molecules ADGJBEHK
#1: Antibody | Mass: 25399.230 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Antibody | Mass: 23913.615 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Sugars , 3 types, 4 molecules ![](data/chem/img/NAG.gif)
#4: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
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#5: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
#6: Sugar |
-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.38 Å3/Da / Density % sol: 63.61 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: pT1511-RBD at 9.5 mg/ml using 16% PEG 3350, 200 mM sodium malonate, 100 mM Bis-tris propane pH 7.5 as reservoir |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Sep 1, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.88→48.83 Å / Num. obs: 85773 / % possible obs: 96.95 % / Redundancy: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 95.53 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1365 / Rpim(I) all: 0.05722 / Rrim(I) all: 0.1484 / Net I/σ(I): 9.38 |
Reflection shell | Resolution: 2.88→2.983 Å / Rmerge(I) obs: 1.604 / Mean I/σ(I) obs: 0.95 / Num. unique obs: 7494 / CC1/2: 0.535 / CC star: 0.835 / Rpim(I) all: 0.6858 / Rrim(I) all: 1.75 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 7KGJ, 4QF1 Resolution: 2.88→48.83 Å / SU ML: 0.5081 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 31.1517 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 105.21 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.88→48.83 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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