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- PDB-8b2q: Matrix-metallopeptidase inhibitor Potempin A (PotA) from Tannerel... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b2q
タイトルMatrix-metallopeptidase inhibitor Potempin A (PotA) from Tannerella forsythia in complex with T. forsythia karilysin.
要素
  • Karilysin long form Kly38
  • Tannerella forsythia potempin A (PotA)
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / Metallopeptidase inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / collagen catabolic process / extracellular matrix organization / extracellular matrix / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Secretion system C-terminal sorting domain / Secretion system C-terminal sorting domain / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Peptidase M10A / Peptidase M10A, catalytic domain / Peptidase M10, metallopeptidase / Matrixin / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily ...Secretion system C-terminal sorting domain / Secretion system C-terminal sorting domain / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Peptidase M10A / Peptidase M10A, catalytic domain / Peptidase M10, metallopeptidase / Matrixin / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Lipoprotein / Karilysin
類似検索 - 構成要素
生物種Tannerella forsythia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Potempa, J. / Ksiazek, M. / Goulas, T. / Cuppari, A. / Rodriguez-Banqueri, A. / Arolas, J.L. / Lopez-Pelegrin, M. / Garcia-Ferrer, I. / Guevara, T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用
ジャーナル: Chem Sci / 年: 2023
タイトル: A unique network of attack, defence and competence on the outer membrane of the periodontitis pathogen Tannerella forsythia.
著者: Ksiazek, M. / Goulas, T. / Mizgalska, D. / Rodriguez-Banqueri, A. / Eckhard, U. / Veillard, F. / Waligorska, I. / Benedyk-Machaczka, M. / Sochaj-Gregorczyk, A.M. / Madej, M. / Thogersen, I.B. ...著者: Ksiazek, M. / Goulas, T. / Mizgalska, D. / Rodriguez-Banqueri, A. / Eckhard, U. / Veillard, F. / Waligorska, I. / Benedyk-Machaczka, M. / Sochaj-Gregorczyk, A.M. / Madej, M. / Thogersen, I.B. / Enghild, J.J. / Cuppari, A. / Arolas, J.L. / de Diego, I. / Lopez-Pelegrin, M. / Garcia-Ferrer, I. / Guevara, T. / Dive, V. / Zani, M.L. / Moreau, T. / Potempa, J. / Gomis-Ruth, F.X.
#1: ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2015
タイトル: KLIKK proteases of Tannerella forsythia: putative virulence factors with a unique domain structure.
著者: Ksiazek, M. / Mizgalska, D. / Eick, S. / Thogersen, I.B. / Enghild, J.J. / Potempa, J.
履歴
登録2022年9月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Karilysin long form Kly38
I: Tannerella forsythia potempin A (PotA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8408
ポリマ－29,2902
非ポリマー5506
水5,495305
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2530 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area12240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.240, 62.940, 108.680
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AI

#1: タンパク質 Karilysin long form Kly38


分子量: 18645.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tannerella forsythia (バクテリア)
株: ATCC 43037 / JCM 10827 / CCUG 21028 A / KCTC 5666 / FDC 338
遺伝子: kly, BFO_2683 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0EM77
#2: タンパク質 Tannerella forsythia potempin A (PotA)


分子量: 10644.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tannerella forsythia (バクテリア)
遺伝子: EII40_07620, TFUB20_02189 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1D3UV35

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非ポリマー , 5種, 311分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: The PotA:karilysin complex at 15 mg/mL in 50 mM sodium chloride, 5 mM calcium chloride, 0.02% sodium azide, 5 mM Tris-HCl pH 8.0 was crystallised from 25% (w/v) PEG 6,000, 100 mM MES, pH 6.0.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→62.9 Å / Num. obs: 57705 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 21.9 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rrim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 20.8
反射 シェル解像度: 1.35→1.42 Å / 冗長度: 12.1 % / Rmerge(I) obs: 0.767 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 7901 / CC1/2: 0.9 / Rrim(I) all: 0.8 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IN9

4in9


解像度: 1.35→36.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9661 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9693 / SU R Cruickshank DPI: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.051 / SU Rfree Blow DPI: 0.051 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.048
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1711 762 1.32 %RANDOM
Rwork0.1542 ---
obs0.1545 57704 98.6 %-
原子変位パラメータBiso max: 101.6 Å2 / Biso mean: 22.28 Å2 / Biso min: 5.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.8346 Å20 Å20 Å2
2--1.5681 Å20 Å2
3---0.2665 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.145 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.35→36.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2065 0 56 328 2449
Biso mean--32 32.65 -
残基数----260
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d914SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes54HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes616HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4196HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion287SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies5HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4455SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4196HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg7549HARMONIC21.07
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.72
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.58
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.39 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 51 1.23 %
Rwork0.234 4088 -
all0.2343 4139 -
obs--97.02 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6540.1060.09070.7139-0.19750.68370.0301-0.0003-0.0334-0.0192-0.02980.00320.07640.0245-0.00030.02750.00970.0027-0.0135-0.0011-0.00548.6858-125.748108.409
20.1081-0.09210.00610.0044-0.52264.7835-0.0047-0.07560.03540.03930.05290.004-0.27310.1108-0.04820.15840.00660.0050.0958-0.00550.039748.3641-126.993135.037
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|35 - 200 A|301 - 303}A35 - 200
2X-RAY DIFFRACTION1{A|35 - 200 A|301 - 303}A999
3X-RAY DIFFRACTION1{A|35 - 200 A|301 - 303}A998
4X-RAY DIFFRACTION1{A|35 - 200 A|301 - 303}A997
5X-RAY DIFFRACTION2{I|25 - 118}I25 - 118

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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