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- PDB-8ehb: Structure of Tannerella forsythia selenomethionine-derivatized po... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8ehb | ||||||
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Title | Structure of Tannerella forsythia selenomethionine-derivatized potempin D mutant I53M | ||||||
![]() | Putative lipoprotein | ||||||
![]() | HYDROLASE INHIBITOR / Metallopeptidase inhibitor / HYDROLASE | ||||||
Function / homology | Putative lipoprotein![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gomis-Ruth, F.X. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: A unique network of attack, defence and competence on the outer membrane of the periodontitis pathogen Tannerella forsythia. Authors: Ksiazek, M. / Goulas, T. / Mizgalska, D. / Rodriguez-Banqueri, A. / Eckhard, U. / Veillard, F. / Waligorska, I. / Benedyk-Machaczka, M. / Sochaj-Gregorczyk, A.M. / Madej, M. / Thogersen, I.B. ...Authors: Ksiazek, M. / Goulas, T. / Mizgalska, D. / Rodriguez-Banqueri, A. / Eckhard, U. / Veillard, F. / Waligorska, I. / Benedyk-Machaczka, M. / Sochaj-Gregorczyk, A.M. / Madej, M. / Thogersen, I.B. / Enghild, J.J. / Cuppari, A. / Arolas, J.L. / de Diego, I. / Lopez-Pelegrin, M. / Garcia-Ferrer, I. / Guevara, T. / Dive, V. / Zani, M.L. / Moreau, T. / Potempa, J. / Gomis-Ruth, F.X. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 767.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 22.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 31.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8b2mC ![]() 8b2nC ![]() 8b2qC ![]() 8ehcC ![]() 8ehdC ![]() 8eheC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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Components
#1: Protein | Mass: 13148.148 Da / Num. of mol.: 6 / Mutation: I53M Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 43037 / JCM 10827 / CCUG 21028 A / KCTC 5666 / FDC 338 Gene: BFO_2662 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-EDO / | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.22 Å3/Da / Density % sol: 44.63 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: Isolated selenomethionine-derivatised PotD mutant I53M at 14 mgL in 5 mM Tris-HCl, 50 mM sodium chloride, 0.02% sodium azide pH 8.0 was crystallised with 20% PEG 3350, 0.2 M diammonium ...Details: Isolated selenomethionine-derivatised PotD mutant I53M at 14 mgL in 5 mM Tris-HCl, 50 mM sodium chloride, 0.02% sodium azide pH 8.0 was crystallised with 20% PEG 3350, 0.2 M diammonium hydrogen citrate as reservoir solution |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 7, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97926 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→63.2 Å / Num. obs: 27047 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 61.4 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Net I/σ(I): 11.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.55 Å / Rmerge(I) obs: 1.517 / Mean I/σ(I) obs: 2.35 / Num. unique obs: 4462 / CC1/2: 0.776 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: AlphaFold Resolution: 2.4→63.2 Å / SU ML: 0.3908 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 29.0272 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 59.17 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→63.2 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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