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- PDB-8ehe: Structure of Tannerella forsythia potempin C in complex with mirolase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ehe
タイトルStructure of Tannerella forsythia potempin C in complex with mirolase
要素
  • Mirolase
  • Potempin C (PotC)
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / Serine-peptidase inhibitor / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


protein processing / serine-type endopeptidase activity / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
PKD-like domain / PKD-like domain / Secretion system C-terminal sorting domain / Secretion system C-terminal sorting domain / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. ...PKD-like domain / PKD-like domain / Secretion system C-terminal sorting domain / Secretion system C-terminal sorting domain / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Mirolase / Lipoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Tannerella forsythia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Gomis-Ruth, F.X.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2023
タイトル: A unique network of attack, defence and competence on the outer membrane of the periodontitis pathogen Tannerella forsythia.
著者: Ksiazek, M. / Goulas, T. / Mizgalska, D. / Rodriguez-Banqueri, A. / Eckhard, U. / Veillard, F. / Waligorska, I. / Benedyk-Machaczka, M. / Sochaj-Gregorczyk, A.M. / Madej, M. / Thogersen, I.B. ...著者: Ksiazek, M. / Goulas, T. / Mizgalska, D. / Rodriguez-Banqueri, A. / Eckhard, U. / Veillard, F. / Waligorska, I. / Benedyk-Machaczka, M. / Sochaj-Gregorczyk, A.M. / Madej, M. / Thogersen, I.B. / Enghild, J.J. / Cuppari, A. / Arolas, J.L. / de Diego, I. / Lopez-Pelegrin, M. / Garcia-Ferrer, I. / Guevara, T. / Dive, V. / Zani, M.L. / Moreau, T. / Potempa, J. / Gomis-Ruth, F.X.
履歴
登録2022年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mirolase
B: Potempin C (PotC)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,69419
ポリマ－54,5702
非ポリマー1,12417
水13,547752
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5240 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area18750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.650, 113.360, 50.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.69, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Mirolase


分子量: 37594.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tannerella forsythia (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A7KVG3
#2: タンパク質 Potempin C (PotC)


分子量: 16974.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tannerella forsythia (バクテリア)
遺伝子: CLI86_13365, TFUB20_02175 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1D3UUC0

-
非ポリマー , 5種, 769分子

#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 752 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: The PotC:mirolase complex at 10 mg/mL in 2 mM calcium chloride, 50 mM sodium chloride, 5 mM Tris-HCl pH 8.0 was crystallised from 19 % (w/v) PEG 2,000 MME in 100 mM of a mixture of succinic ...詳細: The PotC:mirolase complex at 10 mg/mL in 2 mM calcium chloride, 50 mM sodium chloride, 5 mM Tris-HCl pH 8.0 was crystallised from 19 % (w/v) PEG 2,000 MME in 100 mM of a mixture of succinic acid, sodium dihydrogen phosphate, and glycine at molar ratios 2:7:7, pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→56.7 Å / Num. obs: 184353 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 13.8 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rrim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 1.1→1.17 Å / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 26672 / CC1/2: 0.79 / Rrim(I) all: 0.74 / % possible all: 83

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ST3

1st3


解像度: 1.1→42.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.978 / SU R Cruickshank DPI: 0.027 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.028 / SU Rfree Blow DPI: 0.028 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.026
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.148 761 41 %RANDOM
Rwork0.139 ---
obs0.139 184352 97 %-
原子変位パラメータBiso mean: 14.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.4873 Å20 Å2-1.0524 Å2
2--1.1293 Å20 Å2
3----2.6166 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.11 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.1→42.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3618 0 71 752 4441
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0087689HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0213886HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2112SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes120HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1193HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7689HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion5.22
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.65
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion527SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies27HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance1HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9503SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.1→1.13 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2597 -46 %
Rwork0.2237 9898 -
all0.2238 9944 -
obs--71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3275-0.0754-0.0070.3412-0.02640.22970.0039-0.01350.01220.0353-0.0144-0.0147-0.01530.00880.01050.0028-0.0069-0.00370.00150.00020.016315.745827.932430.5022
20.3846-0.1057-0.00180.7738-0.00770.1850.02390.03850.0333-0.0749-0.0401-0.0466-0.0117-0.0150.01610.02790.00720.01210.0141-0.00170.038810.182549.94939.6875
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|183 - 535 A|993 - 999}
2X-RAY DIFFRACTION2{B|24 - 147}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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