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- PDB-8b2n: Potempin A (PotA) from Tannerella forsythia in complex with the c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b2n
タイトルPotempin A (PotA) from Tannerella forsythia in complex with the catalytic domain of human MMP-12
要素
  • Macrophage metalloelastase
  • Tannerella forsythia potempin A (PotA)
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / Metallopeptidase inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


macrophage elastase / negative regulation of endothelial cell-matrix adhesion via fibronectin / bronchiole development / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in wound healing / elastin catabolic process / regulation of defense response to virus by host / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / wound healing, spreading of epidermal cells / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / lung alveolus development ...macrophage elastase / negative regulation of endothelial cell-matrix adhesion via fibronectin / bronchiole development / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in wound healing / elastin catabolic process / regulation of defense response to virus by host / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / wound healing, spreading of epidermal cells / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / lung alveolus development / response to amyloid-beta / Collagen degradation / collagen catabolic process / positive regulation of interferon-alpha production / extracellular matrix disassembly / core promoter sequence-specific DNA binding / collagen binding / Degradation of the extracellular matrix / extracellular matrix organization / extracellular matrix / metalloendopeptidase activity / cellular response to virus / protein import into nucleus / endopeptidase activity / sequence-specific DNA binding / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / proteolysis / extracellular space / extracellular region / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Peptidoglycan binding-like / Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site / Matrixins cysteine switch. / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin / Putative peptidoglycan binding domain ...Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Peptidoglycan binding-like / Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site / Matrixins cysteine switch. / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin / Putative peptidoglycan binding domain / Hemopexin repeat profile. / Hemopexin-like repeats. / Peptidase M10A / Peptidase M10A, catalytic domain / Peptidase M10, metallopeptidase / Matrixin / PGBD-like superfamily / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Lipoprotein / Macrophage metalloelastase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Tannerella forsythia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Potempa, J. / Ksiazek, M. / Goulas, T. / Cuppari, A. / Rodriguez-Banqueri, A. / Arolas, J.L. / Lopez-Pelegrin, M. / Garcia-Ferrer, I. / Guevara, T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用
ジャーナル: Chem Sci / 年: 2023
タイトル: A unique network of attack, defence and competence on the outer membrane of the periodontitis pathogen Tannerella forsythia.
著者: Ksiazek, M. / Goulas, T. / Mizgalska, D. / Rodriguez-Banqueri, A. / Eckhard, U. / Veillard, F. / Waligorska, I. / Benedyk-Machaczka, M. / Sochaj-Gregorczyk, A.M. / Madej, M. / Thogersen, I.B. ...著者: Ksiazek, M. / Goulas, T. / Mizgalska, D. / Rodriguez-Banqueri, A. / Eckhard, U. / Veillard, F. / Waligorska, I. / Benedyk-Machaczka, M. / Sochaj-Gregorczyk, A.M. / Madej, M. / Thogersen, I.B. / Enghild, J.J. / Cuppari, A. / Arolas, J.L. / de Diego, I. / Lopez-Pelegrin, M. / Garcia-Ferrer, I. / Guevara, T. / Dive, V. / Zani, M.L. / Moreau, T. / Potempa, J. / Gomis-Ruth, F.X.
#1: ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2015
タイトル: KLIKK proteases of Tannerella forsythia: putative virulence factors with a unique domain structure.
著者: Ksiazek, M. / Mizgalska, D. / Eick, S. / Thogersen, I.B. / Enghild, J.J. / Potempa, J.
履歴
登録2022年9月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macrophage metalloelastase
B: Tannerella forsythia potempin A (PotA)
C: Macrophage metalloelastase
D: Tannerella forsythia potempin A (PotA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,99014
ポリマ－56,4874
非ポリマー50210
水4,972276
1
A: Macrophage metalloelastase
B: Tannerella forsythia potempin A (PotA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4957
ポリマ－28,2442
非ポリマー2515
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2020 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area12040 Å2
手法PISA
2
C: Macrophage metalloelastase
D: Tannerella forsythia potempin A (PotA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4957
ポリマ－28,2442
非ポリマー2515
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2000 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area12470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.410, 63.000, 135.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Macrophage metalloelastase / MME / Macrophage elastase / hME / Matrix metalloproteinase-12 / MMP-12


分子量: 17484.475 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MMP12, HME / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39900, macrophage elastase
#2: タンパク質 Tannerella forsythia potempin A (PotA)


分子量: 10759.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tannerella forsythia (バクテリア)
遺伝子: CLI86_08900 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2A6E6U9
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: The PotA:MMP-12 complex at 8.5 mg/mL in 2.5 mM calcium chloride, 150 mM sodium chloride, 20 mM Tris-HCl pH 7.5 was crystallised from 30% (w/v) PEG 3,000, 200 mM sodium chloride, 100 mM Tris-HCl pH 7.0.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→67.7 Å / Num. obs: 40486 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 36.7 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rrim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 1.85→1.96 Å / Rmerge(I) obs: 0.835 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 6285 / CC1/2: 0.9 / Rrim(I) all: 0.878 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JK3

1jk3


解像度: 1.85→67.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU R Cruickshank DPI: 0.149 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.155 / SU Rfree Blow DPI: 0.138 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.136
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 798 1.97 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.19 40484 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 40.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.3973 Å20 Å20 Å2
2--8.1181 Å20 Å2
3----14.5154 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.26 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.85→67.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3947 0 10 276 4233
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0094046HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.995482HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1823SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes684HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4046HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.55
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.81
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion536SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance52HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4945SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2657 -1.66 %
Rwork0.2549 2849 -
all0.255 2897 -
obs--98.36 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1261-1.26890.25483.957-0.43881.83280.26180.23320.0512-0.3423-0.18680.11550.0024-0.0535-0.075-0.0310.03370.02350.03060.0391-0.050511.1011-12.257-30.0813
23.9020.9735-0.87452.28790.45210.386-0.0338-0.15060.1931-0.23960.2239-0.395-0.13440.1005-0.19010.0111-0.0370.070.1005-0.03020.231237.2822-11.0538-27.1046
32.9116-0.2980.30153.81770.77112.16730.03160.0455-0.327-0.063-0.09830.57830.1271-0.08490.0668-0.03980.0032-0.02530.0108-0.04490.0235-28.9863-2.1409-61.7988
44.0025-0.3494-0.75032.59750.49251.7793-0.09990.1058-0.13890.03950.2461-0.39710.15270.2106-0.1462-0.00970.0484-0.02610.1256-0.0944-0.034-2.0581-1.3928-59.1478
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|106 - 263 A|301 - 305 A|479 A|475 A|413 A|427}
2X-RAY DIFFRACTION2{B|27 - 118 }
3X-RAY DIFFRACTION3{C|106 - 263 C|301 - 305 C|463 C|450 C|406 C|419}
4X-RAY DIFFRACTION4{D|24 - 118 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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